1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' |
GCGCTTGACATCTTGGCAAGAGTTCCCTTATGGAAGGATGGTTTGGACTATAGACATGGAACTGGTCATGGTGTTGGTTGCTACCTAAATGTGCATGAAGgtatgtccggaacgatattcagtcctcaatttcactcctctgtaactgtcggttcaagacttttacagagaatctgttgtttggagtctcttttacctga...
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S96_73V6.1 |
intron # | 13 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TAGACATGGAACTGGTCATGGTGTTGGTTGCTACCTAAATGTGCATGAAG GACCTCACCTTATCAGCTTCAGGCCACAAGCAAGGAATGTTGCTTTACAGGEST: gi|37822244|gb|BJ580310.1|BJ580310
genomic: TAGACATGGAACTGGTCATGGTGTTGGTTGCTACCTAAATGTGCATGAAGgtatgtccgg ... ttgttaacagGACCTCACCTTATCAGCTTCAGGCCACAAGCAAGGAATGTTGCTTTACAGG
EST: TAGACATGGAACTGGTCATGGTGTTGGTTGCTACCTAAATGTGCATGAAG GACCTCACCTTATCAGCTTCAGGCCACAAGCAAGGAATGTTGCTTTACAGGEST: gi|162171231|gb|FC347195.1|FC347195
genomic: TAGACATGGAACTGGTCATGGTGTTGGTTGCTACCTAAATGTGCATGAAGgtatgtccgg ... ttgttaacagGACCTCACCTTATCAGCTTCAGGCCACAAGCAAGGAATGTTGCTTTACAGG
EST: TAGACATGGAACTGGTCATGGTGTTGGTTGCTACCTAAATGTGCATGAAG GACCTCACCTTATCAGCTTCAGGCCACAAGCAAGGAATGTTGCTTTACAGGEST: gi|162175007|gb|FC350906.1|FC350906
genomic: TAGACATGGAACTGGTCATGGTGTTGGTTGCTACCTAAATGTGCATGAAGgtatgtccgg ... ttgttaacagGACCTCACCTTATCAGCTTCAGGCCACAAGCAAGGAATGTTGCTTTACAGG
EST: TAGACATGGAACTGGTCATGGTGTTGGTTGCTACCTAAATGTGCATGAAG GACCTCACCTTATCAGCTTCAGGCCACAAGCAAGGAATGTTGCTTTACAGGEST: gi|162197121|gb|FC374137.1|FC374137
genomic: TAGACATGGAACTGGTCATGGTGTTGGTTGCTACCTAAATGTGCATGAAGgtatgtccgg ... ttgttaacagGACCTCACCTTATCAGCTTCAGGCCACAAGCAAGGAATGTTGCTTTACAGG
EST: TAGACATGGAACTGGTCATGGTGTTGGTTGCTACCTAAATGTGCATGAAG GACCTCACCTTATCAGCTTCAGGCCACAAGCAAGGAATGTTGCTTTACAGGEST: gi|100440020|gb|BY980355.1|BY980355
genomic: TAGACATGGAACTGGTCATGGTGTTGGTTGCTACCTAAATGTGCATGAAGgtatgtccgg ... ttgttaacagGACCTCACCTTATCAGCTTCAGGCCACAAGCAAGGAATGTTGCTTTACAGG
EST: TAGACATGGAACTGGTCATGGTGTTGGTTGCTACCTAAATGTGCATGAAG GACCCTCAC-TTATCAGCTTCAGGGCACAAGCAAGGAATGTTGCTTTACAGEST: gi|162175424|gb|FC350907.1|FC350907
genomic: TAGACATGGAACTGGTCATGGTGTTGGTTGCTACCTAAATGTGCATGAAGgtatgtccgg ... ttgttaacagGACC-TCACCTTATCAGCTTCAGGCCACAAGCAAGGAATGTTGCTTTACAG
EST: TAGACATGGAACTGGTCATGGTGTTGGTTGCTACCTAAATGTGCATGAAG GACCTCACCTTATCAGCTTCAGGCCACAAGCAAGGAATGTTGCTTTACAGGEST: gi|162255109|gb|FC430724.1|FC430724
genomic: TAGACATGGAACTGGTCATGGTGTTGGTTGCTACCTAAATGTGCATGAAGgtatgtccgg ... ttgttaacagGACCTCACCTTATCAGCTTCAGGCCACAAGCAAGGAATGTTGCTTTACAGG
EST: TAGACATGGAACTGGTCATGGTGTTGGTTGCTACCTAAATGTGCATGAAG GACCTCACCTTATCAGCTTCAGGCCACAAGCAAGGAATGTTGCTTTACAGG
genomic: TAGACATGGAACTGGTCATGGTGTTGGTTGCTACCTAAATGTGCATGAAGgtatgtccgg ... ttgttaacagGACCTCACCTTATCAGCTTCAGGCCACAAGCAAGGAATGTTGCTTTACAGG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GCGCTTGACATCTTGGCAAGAGTTCCCTTATGGAAGGATGGTTTGGACTATAGACATGGAACTGGTCATGGTGTTGGTTGCTACCTAAATGTGCATGAAGgtatgtccggaacgatattcagtcctcaatttcactcctctgtaactgtcggttcaagacttttacagagaatctgttgtttggagtctcttttacctga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA