Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGTTGAAGGGGCACATTGCCTTGGACATGGCTGTCTTTCCAAGTGGCACGACGGgtatgatatgaacttttaaatggtcgattaggcctctttacttttgattttaaaatgctactcaattgttctctacttagagtggggctctgtgtacgtg...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S96_73V6.1
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162167143|gb|FC343619.1|FC343619
EST:     GAAGGGGCACATTGCCTTGGACATGGCTGTCTTTCCAAGTGGCACGACGG                         GTCACGCGCTTGACATCTTGGCAAGAGTTCCCTTATGGAAGGATGGTTTGG
genomic: GAAGGGGCACATTGCCTTGGACATGGCTGTCTTTCCAAGTGGCACGACGGgtatgatatg ... ccaatgatagGTCACGCGCTTGACATCTTGGCAAGAGTTCCCTTATGGAAGGATGGTTTGG
EST: gi|37822244|gb|BJ580310.1|BJ580310
EST:     GAAGGGGCACATTGCCTTGGACATGGCTGTCTTTCCAAGTGGCACGACGG                         GTCACGCGCTTGACATCTTGGCAAGAGTTCCCTTATGGAAGGATGGTTTGG
genomic: GAAGGGGCACATTGCCTTGGACATGGCTGTCTTTCCAAGTGGCACGACGGgtatgatatg ... ccaatgatagGTCACGCGCTTGACATCTTGGCAAGAGTTCCCTTATGGAAGGATGGTTTGG
EST: gi|162171231|gb|FC347195.1|FC347195
EST:     GAAGGGGCACATTGCCTTGGACATGGCTGTCTTTCCAAGTGGCACGACGG                         GTCACGCGCTTGACATCTTGGCAAGAGTTCCCTTATGGAAGGATGGTTTGG
genomic: GAAGGGGCACATTGCCTTGGACATGGCTGTCTTTCCAAGTGGCACGACGGgtatgatatg ... ccaatgatagGTCACGCGCTTGACATCTTGGCAAGAGTTCCCTTATGGAAGGATGGTTTGG
EST: gi|162175007|gb|FC350906.1|FC350906
EST:     GAAGGGGCACATTGCCTTGGACATGGCTGTCTTTCCAAGTGGCACGACGG                         GTCACGCGCTTGACATCTTGGCAAGAGTTCCCTTATGGAAGGATGGTTTGG
genomic: GAAGGGGCACATTGCCTTGGACATGGCTGTCTTTCCAAGTGGCACGACGGgtatgatatg ... ccaatgatagGTCACGCGCTTGACATCTTGGCAAGAGTTCCCTTATGGAAGGATGGTTTGG
EST: gi|162197121|gb|FC374137.1|FC374137
EST:     GTGGCACGACGG                         GTCACGCGCTTGACATCTTGGCAAGAGTTCCCTTATGGAAGGATGGTTTGG
genomic: GTGGCACGACGGgtatgatatg ... ccaatgatagGTCACGCGCTTGACATCTTGGCAAGAGTTCCCTTATGGAAGGATGGTTTGG
EST: gi|100440020|gb|BY980355.1|BY980355
EST:     GAAGGGGCACATTGCCTTGGACATGGCTGTCTTTCCAAGTGGCACGACGG                         GTCACGCGCTTGACATCTTGGCAAGAGTTCCCTTATGGAAGGATGGTTTGG
genomic: GAAGGGGCACATTGCCTTGGACATGGCTGTCTTTCCAAGTGGCACGACGGgtatgatatg ... ccaatgatagGTCACGCGCTTGACATCTTGGCAAGAGTTCCCTTATGGAAGGATGGTTTGG
EST: gi|162175424|gb|FC350907.1|FC350907
EST:     GAAGGGGCACATTGCCTTGGACATGGCTGTCTTTCCAAGTGGCACGACGG                         GTCACGCGCTTGACATCTTGGCAAGAGTTCCCTTATGGAAGGATGGTTTGG
genomic: GAAGGGGCACATTGCCTTGGACATGGCTGTCTTTCCAAGTGGCACGACGGgtatgatatg ... ccaatgatagGTCACGCGCTTGACATCTTGGCAAGAGTTCCCTTATGGAAGGATGGTTTGG
EST: gi|162255109|gb|FC430724.1|FC430724
EST:     GAAGGGGCACATTGCCTTGGACATGGCTGTCTTTCCAAGTGGCACGACGG                         GTCACGCGCTTGACATCTTGGCAAGAGTTCCCTTATGGAAGGATGGTTTGG
genomic: GAAGGGGCACATTGCCTTGGACATGGCTGTCTTTCCAAGTGGCACGACGGgtatgatatg ... ccaatgatagGTCACGCGCTTGACATCTTGGCAAGAGTTCCCTTATGGAAGGATGGTTTGG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 35 (upstream exon), 34 (downstream exon)
Score: 12

GTGTTGAAGGGGCACATTGCCTTGGACATGGCTGTCTTTCCAAGTGGCACGACGGgtatgatatg ... ccaatgatagGTCACGCGCTTGACATCTTGGCAAGAGTTCCCTTATGGAAGGATGGTTTGGACTATAGACATGGAACTGGTCATGGTGTTGGTTGCTACCTAAATGTGCA




<











<


<