Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAGGACGTGGGAATGTCTGGTATGGATATGTCTTCCTTCTCTGGCTGCAGGCTCCAAGgtccgtcgtgccaggaattcgtgccctcaaccatattcatagaaagttttaagcaaataaattgtaccgaaatcagtcttgcattccttatctggttctctacgaaccctccaacgctgtcccgtcttcaagttgtcatcccttgtttgcag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S62_157V6.4
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208352746|gb|DC905880.1|DC905880
EST:     GGGAATGTCTGGTATGGATATGTCTTCCTTCTCTGGCTGCAGGCTCCAAG                         TTAAAGGCAGCAAGAAACCAGCTTCCTTGACTGTCAAGACCACTTCAGGTG
genomic: GGGAATGTCTGGTATGGATATGTCTTCCTTCTCTGGCTGCAGGCTCCAAGgtccgtcgtg ... ttgtttgcagTTAAAGGCAGCAAGAAACCAGCTTCCTTGACTGTCAAGACCACTTCAGGTG
EST: gi|18329065|gb|BJ161071.1|BJ161071
EST:     GGGAATGTCTGGTATGGATATGTCTTCCTTCTCTGGCTGCAGGCTCCAAG                         TTAAAGGCAGCAAGAAACCAGCTTCCTTGACTGTCAAGACCACTTCAGGTG
genomic: GGGAATGTCTGGTATGGATATGTCTTCCTTCTCTGGCTGCAGGCTCCAAGgtccgtcgtg ... ttgtttgcagTTAAAGGCAGCAAGAAACCAGCTTCCTTGACTGTCAAGACCACTTCAGGTG
EST: gi|18345934|gb|BJ177977.1|BJ177977
EST:     GGGAATGTCTGGTATGGATATGTCTTCCTTCTCTGGCTGCAGGCTCCAAG                         TTAAAGGCAGCAAGAAACCAGCTTCCTTGACTGTCAAGACCACTTCAGGTG
genomic: GGGAATGTCTGGTATGGATATGTCTTCCTTCTCTGGCTGCAGGCTCCAAGgtccgtcgtg ... ttgtttgcagTTAAAGGCAGCAAGAAACCAGCTTCCTTGACTGTCAAGACCACTTCAGGTG
EST: gi|162156416|gb|FC332648.1|FC332648
EST:     GGGAATGTCTGGTATGGATATGTCTTCCTTCTCTGGCTGCAGGCTCCAAG                         TTAAAGGCAGCAAGAAACCAGCTTCCTTGACTGTCAAGACCACTTCAGGTG
genomic: GGGAATGTCTGGTATGGATATGTCTTCCTTCTCTGGCTGCAGGCTCCAAGgtccgtcgtg ... ttgtttgcagTTAAAGGCAGCAAGAAACCAGCTTCCTTGACTGTCAAGACCACTTCAGGTG
EST: gi|18343769|gb|BJ175807.1|BJ175807
EST:     GGGAATGTCTGGTATGGATATGTCTTCCTTCTCTGGCTGCAGGCTCCAAG                         TTAAAGGCAGCAAGAAACCAGCTTCCTTGACTGTCAAGACCACTTCAGGTG
genomic: GGGAATGTCTGGTATGGATATGTCTTCCTTCTCTGGCTGCAGGCTCCAAGgtccgtcgtg ... ttgtttgcagTTAAAGGCAGCAAGAAACCAGCTTCCTTGACTGTCAAGACCACTTCAGGTG
EST: gi|18347535|gb|BJ179582.1|BJ179582
EST:     GGGAATGTCTGGTATGGATATGTCTTCCTTCTCTGGCTGCAGGCTCCAAG                         TTAAAGGCAGCAAGAAACCAGCTTCCTTGACTGTCAAGACCACTTCAGGTG
genomic: GGGAATGTCTGGTATGGATATGTCTTCCTTCTCTGGCTGCAGGCTCCAAGgtccgtcgtg ... ttgtttgcagTTAAAGGCAGCAAGAAACCAGCTTCCTTGACTGTCAAGACCACTTCAGGTG
EST: gi|18346948|gb|BJ178993.1|BJ178993
EST:     GGGAATGTCTGGTATGGATATGTCTTCCTTCTCTGGCTGCAGGCTCCAAG                         TTAAAGGCAGCAAGAAACCAGCTTCCTTGACTGTCAAGACCACTTCAGGTG
genomic: GGGAATGTCTGGTATGGATATGTCTTCCTTCTCTGGCTGCAGGCTCCAAGgtccgtcgtg ... ttgtttgcagTTAAAGGCAGCAAGAAACCAGCTTCCTTGACTGTCAAGACCACTTCAGGTG
EST: gi|100451228|gb|CJ974660.1|CJ974660
EST:     GGGAATGTCTGGTATGGATATGTCTTCCTTCTCTGGCTGCAGGCTCCAAG                         TTAAAGGCAGCAAGAAACCAGCTTCCTTGACTGTCAAGACCACTTCANGTG
genomic: GGGAATGTCTGGTATGGATATGTCTTCCTTCTCTGGCTGCAGGCTCCAAGgtccgtcgtg ... ttgtttgcagTTAAAGGCAGCAAGAAACCAGCTTCCTTGACTGTCAAGACCACTTCAGGTG
EST: gi|18329484|gb|BJ161490.1|BJ161490
EST:     GGGAATGTCTGGTATGGATATGTCTTCCTTCTCTGGCTGCAGGCTCCAAG                         TTAAAGGCAGCAAGAAACCAGCTTCCTTGACTGTCAAGACCACTTCAGGTG
genomic: GGGAATGTCTGGTATGGATATGTCTTCCTTCTCTGGCTGCAGGCTCCAAGgtccgtcgtg ... ttgtttgcagTTAAAGGCAGCAAGAAACCAGCTTCCTTGACTGTCAAGACCACTTCAGGTG
EST: gi|18354978|gb|BJ187037.1|BJ187037
EST:     GGGAATGTCTGGTATGGATATGTCTTCCTTCTCTGGCTGCAGGCTCCAAG                         TTAAAGGCAGCAAGAAACCAGCTTCCTTGACTGTCAAGACCACTTCAGGTG
genomic: GGGAATGTCTGGTATGGATATGTCTTCCTTCTCTGGCTGCAGGCTCCAAGgtccgtcgtg ... ttgtttgcagTTAAAGGCAGCAAGAAACCAGCTTCCTTGACTGTCAAGACCACTTCAGGTG
EST: gi|100409386|gb|BY991986.1|BY991986
EST:     GGGAATGTCTGGTATGGATATGTCTTCCTTCTCTGGCTGCAGGCTCCAAG                         TTAAAGGCAGCAAGAAACCAGCTTCCTTGACTGTCAAGACCACTTCAGGTG
genomic: GGGAATGTCTGGTATGGATATGTCTTCCTTCTCTGGCTGCAGGCTCCAAGgtccgtcgtg ... ttgtttgcagTTAAAGGCAGCAAGAAACCAGCTTCCTTGACTGTCAAGACCACTTCAGGTG
EST: gi|18328096|gb|BJ160100.1|BJ160100
EST:     GGGAATGTCTGGTATGGATATGTCTTCCTTCTCTGGCTGCAGGCTCCAAG                         TTAAAGGCAGCAAGAAACCAGCTTCCTTGACTGTCAAGACCACTTCAGGTG
genomic: GGGAATGTCTGGTATGGATATGTCTTCCTTCTCTGGCTGCAGGCTCCAAGgtccgtcgtg ... ttgtttgcagTTAAAGGCAGCAAGAAACCAGCTTCCTTGACTGTCAAGACCACTTCAGGTG
EST: gi|162250938|gb|FC425760.1|FC425760
EST:     GGGAATGTCTGGTATGGATATGTCTTCCTTCTCTGGCTGCAGGCTCCAAG                         TTAAAGGCAGCAAGAAACCAGCTTCCTTGACTGTCAAGACCACTTCAGGTG
genomic: GGGAATGTCTGGTATGGATATGTCTTCCTTCTCTGGCTGCAGGCTCCAAGgtccgtcgtg ... ttgtttgcagTTAAAGGCAGCAAGAAACCAGCTTCCTTGACTGTCAAGACCACTTCAGGTG
EST: gi|18371305|gb|BJ202907.1|BJ202907
EST:     GGGAATGTCTGGTATGGATATGTCTTCCTTCTCTGGCTGCAGGCTCCAAG                         TTAAAGGCAGCAAGAAACCAGCTTCCTTGACTGTCAAGACCACTTCAGGTG
genomic: GGGAATGTCTGGTATGGATATGTCTTCCTTCTCTGGCTGCAGGCTCCAAGgtccgtcgtg ... ttgtttgcagTTAAAGGCAGCAAGAAACCAGCTTCCTTGACTGTCAAGACCACTTCAGGTG
EST: gi|18363878|gb|BJ195950.1|BJ195950
EST:     GGGAATGTCTGGTATGGATATGTCTTCCTTCTCTGGCTGCAGGCTCCAAG                         TTAAAGGCAGCAAGAAACCAGCTTCCTTGACTGTCAAGACCACTTCAGGTG
genomic: GGGAATGTCTGGTATGGATATGTCTTCCTTCTCTGGCTGCAGGCTCCAAGgtccgtcgtg ... ttgtttgcagTTAAAGGCAGCAAGAAACCAGCTTCCTTGACTGTCAAGACCACTTCAGGTG
EST: gi|18358530|gb|BJ190589.1|BJ190589
EST:     GGGAATGTCTGGTATGGATATGTCTTCCTTCTCTGGCTGCAGGCTCCAAG                         TTAAAGGCAGCAAGAAACCAGCTTCCTTGACTGTCAAGACCACTTCAGGTG
genomic: GGGAATGTCTGGTATGGATATGTCTTCCTTCTCTGGCTGCAGGCTCCAAGgtccgtcgtg ... ttgtttgcagTTAAAGGCAGCAAGAAACCAGCTTCCTTGACTGTCAAGACCACTTCAGGTG
EST: gi|162179792|gb|FC356383.1|FC356383
EST:     GGGAATGTCTGGTATGGATATGTCTTCCTTCTCTGGCTGCAGGCTCCAAG                         TTAAAGGCAGCAAGAAACCAGCTTCCTTGACTGTCAAGACCACTTCAGGTG
genomic: GGGAATGTCTGGTATGGATATGTCTTCCTTCTCTGGCTGCAGGCTCCAAGgtccgtcgtg ... ttgtttgcagTTAAAGGCAGCAAGAAACCAGCTTCCTTGACTGTCAAGACCACTTCAGGTG
EST: gi|100375682|gb|BY968157.1|BY968157
EST:     GGGAATGTCTGGTATGGATATGTCTTCCTTCTCTGGCTGCAGGCTCCAAG                         TTAAAGGCAGCAAGAAACCAGCTTCCTTGACTGTCAAGACCACTTCAGGTG
genomic: GGGAATGTCTGGTATGGATATGTCTTCCTTCTCTGGCTGCAGGCTCCAAGgtccgtcgtg ... ttgtttgcagTTAAAGGCAGCAAGAAACCAGCTTCCTTGACTGTCAAGACCACTTCAGGTG
EST: gi|100379666|gb|BY949883.1|BY949883
EST:     GGGAATGTCTGGTATGGATATGTCTTCCTTCTCTGGCTGCAGGCTCCAAG                         TTAAAGGCAGCAAGAAGCCAGCTTCCTTGACTGTCAAGACCACTTCAGGTG
genomic: GGGAATGTCTGGTATGGATATGTCTTCCTTCTCTGGCTGCAGGCTCCAAGgtccgtcgtg ... ttgtttgcagTTAAAGGCAGCAAGAAACCAGCTTCCTTGACTGTCAAGACCACTTCAGGTG
EST: gi|162168654|gb|FC343916.1|FC343916
EST:     GGGAATGTCTGGTATGGATATGTCTTCCTTCTCTGGCTGCAGGCTCCAAG                         TTAAAGGCAGCAAGAAACCAGCTTCCTTGACTGTCAAGACCACTTCAGGTG
genomic: GGGAATGTCTGGTATGGATATGTCTTCCTTCTCTGGCTGCAGGCTCCAAGgtccgtcgtg ... ttgtttgcagTTAAAGGCAGCAAGAAACCAGCTTCCTTGACTGTCAAGACCACTTCAGGTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AAGGACGTGGGAATGTCTGGTATGGATATGTCTTCCTTCTCTGGCTGCAGGCTCCAAGgtccgtcgtgccaggaattcgtgccctcaaccatattcatagaaagttttaagcaaataaattgtaccgaaatcagtcttgcattccttatctggttctctacgaaccctccaacgctgtcccgtcttcaagttgtcatcccttgtttgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG