Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAGgtaacaaatgaactaatttggatataggaatttggtcaccgctgttcactttatttgcctttcttttcttatttgatgtacttcacctaacag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os11g24540.2
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29667215|gb|CB663490.1|CB663490
EST:     GGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAG                         GATTTGCAAGGATTGTGGACAGAAGACTGTACAACTCCCCTTTTTTGGGGA
genomic: GGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAGgtaacaaatg ... cacctaacagGATTTGCAAGGATTGTGGACAGAAGACTGTACAACTCCCCTTTTTTGGGGA
EST: gi|58601056|gb|CK011584.1|CK011584
EST:     GGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAG                         GATTTGCAAGGATTGTGGACAGAAGACTGTACAACTCCCCTTTTTTGGGGA
genomic: GGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAGgtaacaaatg ... cacctaacagGATTTGCAAGGATTGTGGACAGAAGACTGTACAACTCCCCTTTTTTGGGGA
EST: gi|218487041|gb|FG950201.1|FG950201
EST:     GGTATGCATGTTGGCTTGGTCACACTTCTCACTAG                         GATTTGCAAGGATTGTGGACAGAAGACTGTACAACTCCCCTTTTTTGGGGA
genomic: GGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAGgtaacaaatg ... cacctaacagGATTTGCAAGGATTGTGGACAGAAGACTGTACAACTCCCCTTTTTTGGGGA
EST: gi|88688575|gb|CI732151.1|CI732151
EST:     GGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAG                         GATTTGCAAGGATTGTGGACAGAAGACTGTACAACTCCCCTTTTTTGGGGA
genomic: GGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAGgtaacaaatg ... cacctaacagGATTTGCAAGGATTGTGGACAGAAGACTGTACAACTCCCCTTTTTTGGGGA
EST: gi|88688415|gb|CI731991.1|CI731991
EST:     GGTATGCATGTNTGCTTGGTCACACTTCTCACTAG                         GATTTGCAAGGATTGTGGACAGAAGACTGTACAACT
genomic: GGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAGgtaacaaatg ... cacctaacagGATTTGCAAGGATTGTGGACAGAAGACTGTACAACT
EST: gi|286796|gb|D15603.1|D15603
EST:     GGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAG                         GATTTGCAAGGATTGTGGACAGAAGACTGTACAACTCCCCTTTTTTGGGGA
genomic: GGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAGgtaacaaatg ... cacctaacagGATTTGCAAGGATTGTGGACAGAAGACTGTACAACTCCCCTTTTTTGGGGA
EST: gi|88691769|gb|CI733346.1|CI733346
EST:     GGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAG                         GATTTGCAAGGATTGTGGACAGAAGACTGTACAACTCCCCTTTTTTGGGGA
genomic: GGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAGgtaacaaatg ... cacctaacagGATTTGCAAGGATTGTGGACAGAAGACTGTACAACTCCCCTTTTTTGGGGA
EST: gi|88691004|gb|CI735083.1|CI735083
EST:     GGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAG                         GATTTGCAAGGATTGTGGACAGAAGACTGTACAACTCCCCTTTTTTGGGGA
genomic: GGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAGgtaacaaatg ... cacctaacagGATTTGCAAGGATTGTGGACAGAAGACTGTACAACTCCCCTTTTTTGGGGA
EST: gi|218478582|gb|FG949084.1|FG949084
EST:     GGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAG                         GATTTGCAAGGATTGTGGACAGAAGACTGTACAACTCCCCTTTTTTGGGGA
genomic: GGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAGgtaacaaatg ... cacctaacagGATTTGCAAGGATTGTGGACAGAAGACTGTACAACTCCCCTTTTTTGGGGA
EST: gi|88690551|gb|CI734630.1|CI734630
EST:     GGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAG                         GATTTGCAAGGATTGTGGACAGAAGACTGTACAACTCCCCTTTTTTGGGGA
genomic: GGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAGgtaacaaatg ... cacctaacagGATTTGCAAGGATTGTGGACAGAAGACTGTACAACTCCCCTTTTTTGGGGA
EST: gi|396941284|gb|HO188493.1|HO188493
EST:     GGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAG                         GATTTGCAAGGATTGTGGACAGAAGACTGTACAACTCCCCTTTTTTGGGGA
genomic: GGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAGgtaacaaatg ... cacctaacagGATTTGCAAGGATTGTGGACAGAAGACTGTACAACTCCCCTTTTTTGGGGA
EST: gi|27578188|gb|CB000883.1|CB000883
EST:     TGGTATTGAGGGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAG                         GATTTGCAAGGATTGTGGACAGAAGACTGTACAACTCCCCTTTTTTGGGGA
genomic: TGGTATTGAGGGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAGgtaacaaatg ... cacctaacagGATTTGCAAGGATTGTGGACAGAAGACTGTACAACTCCCCTTTTTTGGGGA
EST: gi|88688359|gb|CI731935.1|CI731935
EST:     GGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAG                         GATTTGCAAGGATTGTGGACAGAAGACTGTACAACTCCCCTTT
genomic: GGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAGgtaacaaatg ... cacctaacagGATTTGCAAGGATTGTGGACAGAAGACTGTACAACTCCCCTTT
EST: gi|88691243|gb|CI733827.1|CI733827
EST:     GGTATGCATGTNTGCTTGGTCACACTTCTCACTAG                         GATTTGCAAGGATTGTGGACAGAAGACTGTACAACTCCCCTTTTTTG
genomic: GGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAGgtaacaaatg ... cacctaacagGATTTGCAAGGATTGTGGACAGAAGACTGTACAACTCCCCTTTTTTG
EST: gi|218501626|gb|FG955998.1|FG955998
EST:     GTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAG                         GATTTGCAAGGATTGTGGACAGAAGACTGTACAACTCCCCTTTTTTGGGGA
genomic: GTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAGgtaacaaatg ... cacctaacagGATTTGCAAGGATTGTGGACAGAAGACTGTACAACTCCCCTTTTTTGGGGA
EST: gi|58592179|gb|CF990487.1|CF990487
EST:     GGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAG                         GATTTGCAAGGATTGTGGACAGAAGACTGTACAACTCCCCTTTTTTGGGGA
genomic: GGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAGgtaacaaatg ... cacctaacagGATTTGCAAGGATTGTGGACAGAAGACTGTACAACTCCCCTTTTTTGGGGA
EST: gi|218504564|gb|FG954781.1|FG954781
EST:     GGTATGCATG-TTGCTTGGTCACACTTCTCACTAG                         GATTTGCAAGGATTGTGGACAGAAGACTGTACAACTCCCCTTTTTTGGGGA
genomic: GGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAGgtaacaaatg ... cacctaacagGATTTGCAAGGATTGTGGACAGAAGACTGTACAACTCCCCTTTTTTGGGGA
EST: gi|29664758|gb|CB661033.1|CB661033
EST:     GGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAN                         GATTTGCAAGGATTGT
genomic: GGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAGgtaacaaatg ... cacctaacagGATTTGCAAGGATTGT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 62 (upstream exon), 75 (downstream exon)
Score: 59

GGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAGgtaacaaatg ... cacctaacagGATTTGCAAGGATTGTGGACAGAAGACTGTACAACTCCCCTTTTTTGGGGAGGTGTTGACCCTTTCTGTTCTGATTGTACCATTTTGCACTATCTTTGCA




<











<


<