Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtatatgcatcgttcctttagcacacaatcatggattgtttttattcttttctttccatatgactcttaagtcattgcaagtgacgactcccatgtatttctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGAATTATGGTAGAAGTCAAACAGAAAATTTAGTCGACGAACCATAGAAGAA

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os11g24540.2
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os11g24540.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 13
lower sequence: GRMZM2G082330_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 1
gtaagtatatgcatcgttcctttagcacacaatcatggattgtttttattcttttctttccatatgactcttaagtcattgcaagtgacgactcccatgtatttctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGAATTATGGTAGAAGTCAAACAGAAAATTTAGTCGACGAACCATAGAAGAA
                              ||  |||||    ||  |   |  |  || |||   || ||     |||||    | | ||  |   | | ||| |  | |||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||| ||| ||||  ||||||| |  || | ||||| |  ||||||||| ||| | |||||||   |  |
----------------------------gtaagtatggacgtgttccagaatcctagtttcattctacccta----cattgtgtttaatgatgcatct-tgttttttatgccagGGGTTATTGTTATTCTTGGTTGGTTAAGAGGTGAGCTTTATGAATTATGGAACTTCGGAAAAAGTCCAGGAGAAAATTTTGTCAATGAACCATGACAACA

upper sequence: LOC_Os11g24540.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 13
lower sequence: GRMZM2G082330_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 12
gtaagtatatgcatcgttcctttagcacacaatcatggattgtttttattcttttctttccatatgactcttaagtcattgcaagtgacgactcccatgtatttctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGAATTATGGTAGAAGTCAAACAGAAAATTTAGTCGACGAACCATAGAAGAA
                              ||  |||||    ||  |   |  |  || |||   || ||     |||||    | | ||  |   | | ||| |  | |||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||| ||| ||||  ||||||| |  || | ||||| |  ||||||||| ||| | |||||||       
----------------------------gtaagtatggacgtgttccagaatcctagtttcattctacccta----cattgtgtttaatgatgcatct-tgttttttatgccagGGGTTATTGTTATTCTTGGTTGGTTAAGAGGTGAGCTTTATGAATTATGGAACTTCGGAAAAAGTCCAGGAGAAAATTTTGTCAATGAACCATGA-----
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86879369|gb|CI327101.1|CI327101
EST:     GAACGGACATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG                         GGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
genomic: GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAGgtaagtatat ... ctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
EST: gi|88243152|gb|CI244274.1|CI244274
EST:     GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG                         GGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
genomic: GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAGgtaagtatat ... ctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
EST: gi|88319398|gb|CI515859.1|CI515859
EST:     GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG                         GGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
genomic: GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAGgtaagtatat ... ctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
EST: gi|88838737|gb|CI376275.1|CI376275
EST:     GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG                         GGCTTATTGGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGG
genomic: GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAGgtaagtatat ... ctcgttccagGGCTTATT-GTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGG
EST: gi|38474789|gb|CF958922.1|CF958922
EST:     GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG                         GGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
genomic: GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAGgtaagtatat ... ctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
EST: gi|86869282|gb|CI339006.1|CI339006
EST:     GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG                         GGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
genomic: GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAGgtaagtatat ... ctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
EST: gi|88460977|gb|CI515080.1|CI515080
EST:     GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG                         GGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
genomic: GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAGgtaagtatat ... ctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
EST: gi|58691853|gb|CK080540.1|CK080540
EST:     GGACGGGCATGGTCTACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG                         GGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
genomic: GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAGgtaagtatat ... ctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
EST: gi|86603913|gb|CI114687.1|CI114687
EST:     GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG                         GGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
genomic: GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAGgtaagtatat ... ctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
EST: gi|86835687|gb|CI348144.1|CI348144
EST:     GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG                         GGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGACGGTGAACTTCATGATCTATGG
genomic: GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAGgtaagtatat ... ctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGA-GGTGAACTTCATGATCTATGG
EST: gi|88436052|gb|CI516588.1|CI516588
EST:     GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG                         GGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
genomic: GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAGgtaagtatat ... ctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
EST: gi|86838495|gb|CI329026.1|CI329026
EST:     GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG                         GGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
genomic: GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAGgtaagtatat ... ctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
EST: gi|88374503|gb|CI515987.1|CI515987
EST:     GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG                         GGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
genomic: GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAGgtaagtatat ... ctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
EST: gi|58591329|gb|CF989637.1|CF989637
EST:     GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG                         GGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
genomic: GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAGgtaagtatat ... ctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
EST: gi|88374680|gb|CI518547.1|CI518547
EST:     GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG                         GGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
genomic: GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAGgtaagtatat ... ctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
EST: gi|86870209|gb|CI319315.1|CI319315
EST:     GGAC-GGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTTTTCCATGTACATTAG                         GGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
genomic: GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAGgtaagtatat ... ctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
EST: gi|88437428|gb|CI528787.1|CI528787
EST:     GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG                         GGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
genomic: GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAGgtaagtatat ... ctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
EST: gi|29664759|gb|CB661034.1|CB661034
EST:     GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG                         GGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
genomic: GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAGgtaagtatat ... ctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
EST: gi|88546090|gb|CI475698.1|CI475698
EST:     GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG                         GGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
genomic: GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAGgtaagtatat ... ctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
EST: gi|88254286|gb|CI352912.1|CI352912
EST:     GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG                         GGCTTATGGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
genomic: GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAGgtaagtatat ... ctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
EST: gi|25799734|gb|CA755695.1|CA755695
EST:     GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG                         GGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
genomic: GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAGgtaagtatat ... ctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
EST: gi|88251917|gb|CI349154.1|CI349154
EST:     GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG                         GGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
genomic: GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAGgtaagtatat ... ctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
EST: gi|88420034|gb|CI516483.1|CI516483
EST:     GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG                         GGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
genomic: GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAGgtaagtatat ... ctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
EST: gi|88971846|gb|CI390439.1|CI390439
EST:     GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG                         GGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
genomic: GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAGgtaagtatat ... ctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
EST: gi|29667214|gb|CB663489.1|CB663489
EST:     GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG                         GGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
genomic: GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAGgtaagtatat ... ctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
EST: gi|88288133|gb|CI512810.1|CI512810
EST:     GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG                         GGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
genomic: GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAGgtaagtatat ... ctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
EST: gi|88319130|gb|CI513194.1|CI513194
EST:     GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG                         GGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
genomic: GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAGgtaagtatat ... ctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
EST: gi|88368414|gb|CI561488.1|CI561488
EST:     GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG                         GGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
genomic: GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAGgtaagtatat ... ctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
EST: gi|29641729|gb|CB646736.1|CB646736
EST:     GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG                         GGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
genomic: GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAGgtaagtatat ... ctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
EST: gi|88374517|gb|CI516001.1|CI516001
EST:     GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG                         GGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
genomic: GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAGgtaagtatat ... ctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
EST: gi|58696086|gb|CK084773.1|CK084773
EST:     GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG                         GGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
genomic: GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAGgtaagtatat ... ctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
EST: gi|88274189|gb|CI394595.1|CI394595
EST:     GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG                         GGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
genomic: GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAGgtaagtatat ... ctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
EST: gi|88462370|gb|CI514502.1|CI514502
EST:     GGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG                         GGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
genomic: GGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAGgtaagtatat ... ctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
EST: gi|58677052|gb|CK065739.1|CK065739
EST:     GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG                         GGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
genomic: GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAGgtaagtatat ... ctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
EST: gi|89173316|gb|CI041209.1|CI041209
EST:     GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG                         GGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
genomic: GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAGgtaagtatat ... ctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
EST: gi|86832540|gb|CI344790.1|CI344790
EST:     GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG                         GGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
genomic: GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAGgtaagtatat ... ctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
EST: gi|88833460|gb|CI076941.1|CI076941
EST:     GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG                         GGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
genomic: GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAGgtaagtatat ... ctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
EST: gi|88958714|gb|CI381517.1|CI381517
EST:     GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG                         GGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
genomic: GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAGgtaagtatat ... ctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
EST: gi|88271842|gb|CI387895.1|CI387895
EST:     GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG                         GGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
genomic: GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAGgtaagtatat ... ctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
EST: gi|27578188|gb|CB000883.1|CB000883
EST:     GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG                         GGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGG
genomic: GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAGgtaagtatat ... ctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGG
EST: gi|88303941|gb|CI513015.1|CI513015
EST:     GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG                         GGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
genomic: GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAGgtaagtatat ... ctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
EST: gi|88978660|gb|CI385001.1|CI385001
EST:     GGAC-GGCATGCTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG                         GGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
genomic: GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAGgtaagtatat ... ctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
EST: gi|29633639|gb|CB638648.1|CB638648
EST:     GGACGGGCATGGTCAACTTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG                         GGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
genomic: GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAGgtaagtatat ... ctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
EST: gi|86842032|gb|CI338410.1|CI338410
EST:     GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG                         GGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
genomic: GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAGgtaagtatat ... ctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
EST: gi|29677381|gb|CB673656.1|CB673656
EST:     GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG                         GGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
genomic: GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAGgtaagtatat ... ctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
EST: gi|12404778|gb|AU166379.1|AU166379
EST:     GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG                         GGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
genomic: GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAGgtaagtatat ... ctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
EST: gi|86490199|gb|CI132832.1|CI132832
EST:     GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG                         GGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
genomic: GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAGgtaagtatat ... ctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
EST: gi|86426221|gb|CI071318.1|CI071318
EST:     GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG                         GGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
genomic: GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAGgtaagtatat ... ctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
EST: gi|86414835|gb|CI069238.1|CI069238
EST:     GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG                         GGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
genomic: GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAGgtaagtatat ... ctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
EST: gi|88957318|gb|CI095283.1|CI095283
EST:     GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG                         GGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
genomic: GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAGgtaagtatat ... ctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
EST: gi|86483132|gb|CI125765.1|CI125765
EST:     GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG                         GGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
genomic: GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAGgtaagtatat ... ctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
EST: gi|86870154|gb|CI318068.1|CI318068
EST:     GACGGGCAT-GTCAACCTGCGGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG                         GGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGT-AACTTCATGATCTATGGA
genomic: GACGGGCATGGTCAACCTGC-GCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAGgtaagtatat ... ctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
EST: gi|86866114|gb|CI336829.1|CI336829
EST:     GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG                         GGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
genomic: GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAGgtaagtatat ... ctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
EST: gi|88464665|gb|CI534802.1|CI534802
EST:     GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG                         GGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
genomic: GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAGgtaagtatat ... ctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
EST: gi|88474473|gb|CI411744.1|CI411744
EST:     GGGCGGGCATGGTCAACCTGCCCTGCTGTACCTTNTTCCATGTACATTAG                         GGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
genomic: GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAGgtaagtatat ... ctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
EST: gi|88245493|gb|CI245342.1|CI245342
EST:     GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG                         GGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
genomic: GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAGgtaagtatat ... ctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
EST: gi|86487274|gb|CI129907.1|CI129907
EST:     GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG                         GGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA
genomic: GGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAGgtaagtatat ... ctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 75 (upstream exon), 75 (downstream exon)
Score: 93

GCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAGgtaagtatat ... ctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGAATTATGGTAGAAGTCAAACAGAAAATTTAGTCGACGAACCATAGAAGAA




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ccatatgactcttaagtcattgcaagtgacgactcccatgtatttctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGAATTATGGTAGAAGTCAAACAGAAAATTTAGTCGACGAACCATAGAAGAA
                                          tttctcgttcc  CT-rich tract
                                     atgtattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaagtatatgcatcgttcctttagcacacaatcatggattgtttttattcttttctttccatatgactcttaagtcattgcaagtgacgactcccatgtatttctcgttccagGGCTTATTGTTATACTTGGTTGGTTTAGAGGTGAACTTCATGATCTATGGAATTATGGTAGAAGTCAAACAGAAAATTTAGTCGACGAACCATAGAAGAA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAAGT