Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gattcatgtgtacatgcatgtcattgtgttatggcatgaacacatgtttgtggagaccttggatatgtcgtaatgggattacattttttttttcatgtagGCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os11g24540.2
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os11g24540.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 12
lower sequence: GRMZM2G082330_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 12
-gattc-atgtgtacatgcatgtcattgtgttatggcatgaacacatgtttgtggagaccttggatatgtcgtaatgggattacattttttttttcatgtagGCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG
 | | | ||  || |||      |||  | ||     ||  | | ||  |||    |       | |   | |  ||  ||||||| |||| |  ||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||| |
tgttgctataggtgcattgtgaacatgttatttgactatagagaaatagttgcattgttgcaaaaaaatacatggtga-attacatattttctc-catgtagGCCTTTTCATTACGTATCTTGCGCTGTTCTTGATGGACGGGCATGGTCAACCTGCGTTGTTGTACCTTGTGCCATGTACATTGG

upper sequence: LOC_Os11g24540.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 12
lower sequence: GLYMA10G44490.1 (Glycine max), 3'ss of exon 12
gattcatgtgtacatgcatgtcattgtgttatggcatgaacacatgtttgtggagaccttggatatgtcg-taatgggattacattttttttttcatgtagGCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG
              |   |    |  |  ||     |  | |  |  | ||      ||   |  ||| |     ||||  |||||||  | ||     |||||| ||| | || ||||| | ||| |   ||||| |||| ||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||| |||
-------------gtaagttgtgtaatactacaatgtttaaaggtagtagtattattctataaggtgttgactgagggaggacattttcatgttt---cagGCCTCTTCTTCACATATCTGGGGCTATATATGATGAACGGTCATGGACAACCTGCACTGCTCTACCTGGTTCCATGTACACTAG

upper sequence: LOC_Os11g24540.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 12
lower sequence: GLYMA20G39260.1 (Glycine max), 3'ss of exon 11
gattcatgtgtacatgcatgtcattgtgttatggcatgaacacatgtttgtggagacc-ttggatatgtcgtaatgggattacattttttttttcatgtagGCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG
       ||         ||| ||  |  ||||   | ||   ||  || |    |   ||  ||| |   |     ||  | | |||  | || |   |||||| ||| | || ||||| | ||| |   ||||| |||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||
-------gtaagttgttgtgtaatactactatg-tttaaaggtattattattattattgttctataaggtcttgaatgaggatactttcatgttta---agGCCTCTTCTTCACATATCTGGGGCTATATATGATGAACGGTCATGGACAACCTGCACTGCTGTACCTGGTTCCATGTACACTAG

upper sequence: LOC_Os11g24540.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 12
lower sequence: Vv05s0062g01250.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 12
gattcatgtgtacatgcatgtcattgtgttatggcatgaacacatgtttgtggagaccttggatatgtcg-taatgggattacattttttttttcat-gtagGCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG
| |        |||   | || | |   | |||   | |    | | | |  |  |  | |  | | | | | |||  | |  ||  ||      || | ||| || ||  ||||||| || |   | |  |||||| | ||||||||||||||||| || || || ||||||||||||||  |||
ggtcaccagaaacacttaagtaact-cataatgagttcatttta-gctagctgccatatggagtttcttgctgatgataatgaatgattcacggtattgcagGTCTCTTGTTTACCTACCTAGGCTTATATCTGATGAATGGGCATGGTCAACCTGCACTCCTCTATCTTGTTCCATGTACTCTAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86879369|gb|CI327101.1|CI327101
EST:     GGCCTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTG                         GCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTGTTCCTGATGAACGGACATGGTCAAC
genomic: GGCCTCTTCAATGGGTATTTTCTAT-GGCTGACGGTGGGATATGCTGTTGgtaagctgtt ... tttcatgtagGCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
EST: gi|88243152|gb|CI244274.1|CI244274
EST:     GGGCCTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTG                         GCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
genomic: GGGCCTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTGgtaagctgtt ... tttcatgtagGCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
EST: gi|88319398|gb|CI515859.1|CI515859
EST:     TGGGATATGCTGTTG                         GCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
genomic: TGGGATATGCTGTTGgtaagctgtt ... tttcatgtagGCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
EST: gi|88838737|gb|CI376275.1|CI376275
EST:     GCCTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGGTGGGATATGGCTGTTG                         GCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAA
genomic: GCCTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGAC-GGTGGGATAT-GCTGTTGgtaagctgtt ... tttcatgtagGCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAA
EST: gi|38474789|gb|CF958922.1|CF958922
EST:     GGGCCTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTG                         GCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
genomic: GGGCCTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTGgtaagctgtt ... tttcatgtagGCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
EST: gi|86869282|gb|CI339006.1|CI339006
EST:     GGGCCTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTG                         GCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
genomic: GGGCCTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTGgtaagctgtt ... tttcatgtagGCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
EST: gi|58691853|gb|CK080540.1|CK080540
EST:     GGGCCTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTG                         GCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCTAC
genomic: GGGCCTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTGgtaagctgtt ... tttcatgtagGCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
EST: gi|86603913|gb|CI114687.1|CI114687
EST:     CTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTG                         GCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
genomic: CTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTGgtaagctgtt ... tttcatgtagGCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
EST: gi|86835687|gb|CI348144.1|CI348144
EST:     TGGGATATGCTGTTG                         GCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
genomic: TGGGATATGCTGTTGgtaagctgtt ... tttcatgtagGCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
EST: gi|86838495|gb|CI329026.1|CI329026
EST:     GGGCCTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTG                         GCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
genomic: GGGCCTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTGgtaagctgtt ... tttcatgtagGCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
EST: gi|88374503|gb|CI515987.1|CI515987
EST:     ACGGTGGGATATGCTGTTG                         GCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
genomic: ACGGTGGGATATGCTGTTGgtaagctgtt ... tttcatgtagGCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
EST: gi|58591329|gb|CF989637.1|CF989637
EST:     GGGCCTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTG                         GCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
genomic: GGGCCTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTGgtaagctgtt ... tttcatgtagGCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
EST: gi|88374680|gb|CI518547.1|CI518547
EST:     TATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTG                         GCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
genomic: TATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTGgtaagctgtt ... tttcatgtagGCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
EST: gi|86870209|gb|CI319315.1|CI319315
EST:     TGGCTGACGGT-GGATATGCTGTT-                         GCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGAC-GGCATGGTCAAC
genomic: TGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTGgtaagctgtt ... tttcatgtagGCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
EST: gi|88437428|gb|CI528787.1|CI528787
EST:     TGGCTTACGGTGGGATATGCTNTTG                         GCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
genomic: TGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTGgtaagctgtt ... tttcatgtagGCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
EST: gi|29664759|gb|CB661034.1|CB661034
EST:     GGGCCTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTG                         GCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
genomic: GGGCCTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTGgtaagctgtt ... tttcatgtagGCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
EST: gi|88546090|gb|CI475698.1|CI475698
EST:     ATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTG                         GCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
genomic: ATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTGgtaagctgtt ... tttcatgtagGCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
EST: gi|88254286|gb|CI352912.1|CI352912
EST:     GACGGTGGGATATGCT-TTG                         GCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
genomic: GACGGTGGGATATGCTGTTGgtaagctgtt ... tttcatgtagGCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
EST: gi|25799734|gb|CA755695.1|CA755695
EST:     GGGCCTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTG                         GCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
genomic: GGGCCTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTGgtaagctgtt ... tttcatgtagGCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
EST: gi|88251917|gb|CI349154.1|CI349154
EST:     TCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTG                         GCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
genomic: TCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTGgtaagctgtt ... tttcatgtagGCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
EST: gi|88971846|gb|CI390439.1|CI390439
EST:     GGGCCTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTG                         GCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
genomic: GGGCCTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTGgtaagctgtt ... tttcatgtagGCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
EST: gi|29667214|gb|CB663489.1|CB663489
EST:     GGGCCTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTG                         GCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
genomic: GGGCCTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTGgtaagctgtt ... tttcatgtagGCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
EST: gi|88288133|gb|CI512810.1|CI512810
EST:     GTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTG                         GCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
genomic: GTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTGgtaagctgtt ... tttcatgtagGCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
EST: gi|29641729|gb|CB646736.1|CB646736
EST:     GGGCCTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTG                         GCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
genomic: GGGCCTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTGgtaagctgtt ... tttcatgtagGCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
EST: gi|58696086|gb|CK084773.1|CK084773
EST:     GGGCCTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTG                         GCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
genomic: GGGCCTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTGgtaagctgtt ... tttcatgtagGCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
EST: gi|88274189|gb|CI394595.1|CI394595
EST:     TCTATGGCTGACGGGTGGGATATGCTGTTG                         GCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
genomic: TCTATGGCTGAC-GGTGGGATATGCTGTTGgtaagctgtt ... tttcatgtagGCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
EST: gi|58677052|gb|CK065739.1|CK065739
EST:     GGGCCTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTG                         GCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
genomic: GGGCCTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTGgtaagctgtt ... tttcatgtagGCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
EST: gi|89173316|gb|CI041209.1|CI041209
EST:     GGGCCTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTG                         GCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
genomic: GGGCCTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTGgtaagctgtt ... tttcatgtagGCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
EST: gi|86832540|gb|CI344790.1|CI344790
EST:     TTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTG                         GCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
genomic: TTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTGgtaagctgtt ... tttcatgtagGCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
EST: gi|88833460|gb|CI076941.1|CI076941
EST:     GGGCCTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTG                         GCCTTTTCCTGACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
genomic: GGGCCTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTGgtaagctgtt ... tttcatgtagGCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
EST: gi|88958714|gb|CI381517.1|CI381517
EST:     ATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTG                         GCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
genomic: ATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTGgtaagctgtt ... tttcatgtagGCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
EST: gi|88271842|gb|CI387895.1|CI387895
EST:     GGCCCTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTG                         GCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
genomic: GGGCCTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTGgtaagctgtt ... tttcatgtagGCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
EST: gi|27578188|gb|CB000883.1|CB000883
EST:     GGGCCTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTG                         GCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
genomic: GGGCCTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTGgtaagctgtt ... tttcatgtagGCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
EST: gi|88303941|gb|CI513015.1|CI513015
EST:     TTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTG                         GCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
genomic: TTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTGgtaagctgtt ... tttcatgtagGCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
EST: gi|88978660|gb|CI385001.1|CI385001
EST:     GGGCCTCTTCAAT-GGTATTTTCTAT-GCTGACGGTGGGATATGCTGTTG                         GCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGAC-GGCATGCTCAAC
genomic: GGGCCTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTGgtaagctgtt ... tttcatgtagGCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
EST: gi|29633639|gb|CB638648.1|CB638648
EST:     GGGCCTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTG                         GCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
genomic: GGGCCTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTGgtaagctgtt ... tttcatgtagGCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
EST: gi|86842032|gb|CI338410.1|CI338410
EST:     GGCCCTCTTCAATGGGTATTTTCTAT-GCTGACGGTGGGATATGCTGTTG                         CCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
genomic: GGGCCTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTGgtaagctgtt ... tttcatgtagGCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
EST: gi|29677381|gb|CB673656.1|CB673656
EST:     GGGCCTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTG                         GCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
genomic: GGGCCTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTGgtaagctgtt ... tttcatgtagGCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
EST: gi|12404778|gb|AU166379.1|AU166379
EST:     TCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTG                         GCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
genomic: TCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTGgtaagctgtt ... tttcatgtagGCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
EST: gi|86490199|gb|CI132832.1|CI132832
EST:     GGGCCTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTG                         GCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
genomic: GGGCCTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTGgtaagctgtt ... tttcatgtagGCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
EST: gi|86426221|gb|CI071318.1|CI071318
EST:     GGGCCTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTG                         GCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
genomic: GGGCCTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTGgtaagctgtt ... tttcatgtagGCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
EST: gi|86414835|gb|CI069238.1|CI069238
EST:     GGGCCTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTG                         GCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
genomic: GGGCCTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTGgtaagctgtt ... tttcatgtagGCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
EST: gi|88957318|gb|CI095283.1|CI095283
EST:     CTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTG                         GCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
genomic: CTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTGgtaagctgtt ... tttcatgtagGCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
EST: gi|86483132|gb|CI125765.1|CI125765
EST:     GGGCCTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTG                         NCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
genomic: GGGCCTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTGgtaagctgtt ... tttcatgtagGCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
EST: gi|218501626|gb|FG955998.1|FG955998
EST:     GGGCCTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTG                         GCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
genomic: GGGCCTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTGgtaagctgtt ... tttcatgtagGCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
EST: gi|86870154|gb|CI318068.1|CI318068
EST:     ACGGTGGGATAGGCTGTTG                         CCCTTTTCCTTACCTATCTTGCTCTCTTCCTGATGGACGGGCAT-GTCAAC
genomic: ACGGTGGGATATGCTGTTGgtaagctgtt ... tttcatgtagGCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
EST: gi|86866114|gb|CI336829.1|CI336829
EST:     GCCTCTTCAATGGGGTATTTTCTATGGGCTGACGGTGGGATATGCTTTTG                         GCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
genomic: GCCTCTTCAAT-GGGTATTTTCTAT-GGCTGACGGTGGGATATGCTGTTGgtaagctgtt ... tttcatgtagGCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
EST: gi|88474473|gb|CI411744.1|CI411744
EST:     TATGGCTGACGGTGGGATATGCTNTTG                         GCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGGCGGGCATGGTCAAC
genomic: TATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTGgtaagctgtt ... tttcatgtagGCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
EST: gi|88245493|gb|CI245342.1|CI245342
EST:     GGGCCTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTG                         GCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
genomic: GGGCCTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTGgtaagctgtt ... tttcatgtagGCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
EST: gi|86487274|gb|CI129907.1|CI129907
EST:     CTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTG                         GCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC
genomic: CTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTGgtaagctgtt ... tttcatgtagGCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAAC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 71 (upstream exon), 75 (downstream exon)
Score: 31

ATTTGATAGAGCAAGCAAAAGGGGCCTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTGgtaagctgtt ... tttcatgtagGCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtttgtggagaccttggatatgtcgtaatgggattacattttttttttcatgtagGCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG
                                 ttacattttttttttc  CT-rich tract
                                attacatttttttttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gattcatgtgtacatgcatgtcattgtgttatggcatgaacacatgtttgtggagaccttggatatgtcgtaatgggattacattttttttttcatgtagGCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGCT
-attcatg
- - - - - - - tgcatgt
- - - - - - - - - - - -ttgtgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - -gcatgaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtttgt