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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtattttctcatacatttgttatgtgcattgtgctatttcttattggtaccatcttaacacttctttcccttttgttttcattgaatgttgaagtataccttttttttttttttcattttcctttgttgagagattcagctatgagactgactatgaattttacagGGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os11g24540.2
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29667215|gb|CB663490.1|CB663490
EST:     CTTGGTTCGTCTGGCTGCTAATTGTATTATTCTGCATTGGTGGTATTGAG                         GGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAG
genomic: CTTGGTTCGTCTGGCTGCTAATTGTATTATTCTGCATTGGTGGTATTGAGgtattttctc ... aattttacagGGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAG
EST: gi|58601056|gb|CK011584.1|CK011584
EST:     CTTGGTTCGTCTGGCTGCTAATTGTATTATTCTGCATTGGTGGTATTGAG                         GGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAG
genomic: CTTGGTTCGTCTGGCTGCTAATTGTATTATTCTGCATTGGTGGTATTGAGgtattttctc ... aattttacagGGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAG
EST: gi|218487041|gb|FG950201.1|FG950201
EST:     CTTGGTTCGTCTGGCTGCTAATTGTATTATTCTGCATTGGTGGTATTGAG                         GGTATGCATGTTGGCTTGGTCACACTTCTCACTAG
genomic: CTTGGTTCGTCTGGCTGCTAATTGTATTATTCTGCATTGGTGGTATTGAGgtattttctc ... aattttacagGGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAG
EST: gi|88688575|gb|CI732151.1|CI732151
EST:     CTTGGTTCGTCTGGCTGCTAATTGTATTATTCTGCATTGGTGGTATTGAG                         GGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAG
genomic: CTTGGTTCGTCTGGCTGCTAATTGTATTATTCTGCATTGGTGGTATTGAGgtattttctc ... aattttacagGGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAG
EST: gi|88688415|gb|CI731991.1|CI731991
EST:     CTTGGTTCGTCTGGCTGCTAATTGTATTATTCTGCATTGGTGGTATTGAG                         GGTATGCATGTNTGCTTGGTCACACTTCTCACTAG
genomic: CTTGGTTCGTCTGGCTGCTAATTGTATTATTCTGCATTGGTGGTATTGAGgtattttctc ... aattttacagGGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAG
EST: gi|286796|gb|D15603.1|D15603
EST:     GTCTGGCCTGCTAATTGTATTATTCTGCATTGGTGGTATTGAG                         GGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAG
genomic: GTCTGG-CTGCTAATTGTATTATTCTGCATTGGTGGTATTGAGgtattttctc ... aattttacagGGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAG
EST: gi|88691769|gb|CI733346.1|CI733346
EST:     CTTGGTTCGTCTGGCTGCTAATTGTATTATTCTGCATTGGTGGTATTGAG                         GGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAG
genomic: CTTGGTTCGTCTGGCTGCTAATTGTATTATTCTGCATTGGTGGTATTGAGgtattttctc ... aattttacagGGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAG
EST: gi|88691004|gb|CI735083.1|CI735083
EST:     CTTGGTTCGTCTGGCTGCTAATTGTATTATTCTGCATTGGTGGTATTGAG                         GGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAG
genomic: CTTGGTTCGTCTGGCTGCTAATTGTATTATTCTGCATTGGTGGTATTGAGgtattttctc ... aattttacagGGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAG
EST: gi|218478582|gb|FG949084.1|FG949084
EST:     CTTGGTTCGTCTGGCTGCTAATTGTATTATTCTGCATTGGTGGTATTGAG                         GGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAG
genomic: CTTGGTTCGTCTGGCTGCTAATTGTATTATTCTGCATTGGTGGTATTGAGgtattttctc ... aattttacagGGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAG
EST: gi|88690551|gb|CI734630.1|CI734630
EST:     CTTGGTTCGTCTGGCTGCTAATTGTATTATTCTGCATTGGTGGTATTGAG                         GGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAG
genomic: CTTGGTTCGTCTGGCTGCTAATTGTATTATTCTGCATTGGTGGTATTGAGgtattttctc ... aattttacagGGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAG
EST: gi|396941284|gb|HO188493.1|HO188493
EST:     CTTGGTTCGTCTGGCTGCTAATTGTATTATTCTGCATTGGTGGTATTGAG                         GGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAG
genomic: CTTGGTTCGTCTGGCTGCTAATTGTATTATTCTGCATTGGTGGTATTGAGgtattttctc ... aattttacagGGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAG
EST: gi|88688359|gb|CI731935.1|CI731935
EST:     CTTGGTTCGTCTGGCTGCTAATTGTATTATTCTGCATTGGTGGTATTGAG                         GGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAG
genomic: CTTGGTTCGTCTGGCTGCTAATTGTATTATTCTGCATTGGTGGTATTGAGgtattttctc ... aattttacagGGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAG
EST: gi|88691243|gb|CI733827.1|CI733827
EST:     CTTGGTTCGTCTGGCTGCTAATTGTATTATTCTGCATTGGTGGTATTGAG                         GGTATGCATGTNTGCTTGGTCACACTTCTCACTAG
genomic: CTTGGTTCGTCTGGCTGCTAATTGTATTATTCTGCATTGGTGGTATTGAGgtattttctc ... aattttacagGGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAG
EST: gi|58592179|gb|CF990487.1|CF990487
EST:     CTTGGTTCGTCTGGCTGCTAATTGTATTATTCTGCATTGGTGGTATTGAG                         GGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAG
genomic: CTTGGTTCGTCTGGCTGCTAATTGTATTATTCTGCATTGGTGGTATTGAGgtattttctc ... aattttacagGGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAG
EST: gi|218504564|gb|FG954781.1|FG954781
EST:     CTAATTGTA-TATTCTGCATTGGTGGTATTGAG                         GGTATGCATG-TTGCTTGGTCACACTTCTCACTAG
genomic: CTAATTGTATTATTCTGCATTGGTGGTATTGAGgtattttctc ... aattttacagGGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAG
EST: gi|29664758|gb|CB661033.1|CB661033
EST:     CTTGGTTCGTCTGGCTGCTAATTGTATTATTCTGCATTGGTGGTATTGAG                         GGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAN
genomic: CTTGGTTCGTCTGGCTGCTAATTGTATTATTCTGCATTGGTGGTATTGAGgtattttctc ... aattttacagGGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 75 (upstream exon), 35 (downstream exon)
Score: 57

TATTTTAGTAGCTTCAGTTTTCCTCCTCCTCCTCTTCTACTTCATGTCTTCTTGGTTCGTCTGGCTGCTAATTGTATTATTCTGCATTGGTGGTATTGAGgtattttctc ... aattttacagGGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAG




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 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttcattttcctttgttgagagattcagctatgagactgactatgaattttacagGGTATGCATGTTTGCTTGGTCACACTTCTCACTAG
                                  gactgac  putative branch site (score: 57)
                                         tatgaatttta  TA-rich tract