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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgcctttttgtcttgagaggccctgtaagaaatctgtaatgcagatctgctccaaactaagtggttacggacgaactatctcctgtatgctatcattcattctctgtactcatctttgactcagGTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGTCAAGCTTGTCGCCTGGTACGACAACGAGTGGGGTTACAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os08g03290.3
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os08g03290.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G180625_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 10
--------------gtatgcctttttgtcttgagaggccc-tgtaagaaatctgtaatgcaga----tctgctccaaactaagtggttacg---gacgaactatctcctgtatgctatcattcattctctgtactcatct-------ttgactcagGTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGTCAAGCTTGTCGCCTGGTACGACAACGAGTGGGGTTACAG----------
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gtatgggctctctgctctggcaccatttattaggaacccaacataactgaccattatagcacacgcttatgtttgagttctgattgtgtcgtttgtggaatttgtttggacatattctgatccattttgt-cactcggctgtttctactcacccagGTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCCGGGATTGCCCTGAACGACCACTTCATCAAGCTCGTCTCTTGGTACGACAACGAGTGGGGCTACAGCAACCGCGTC

upper sequence: LOC_Os08g03290.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G046804_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 10
gtatgcctttttgtcttgagaggccctgtaagaaatctgtaatgcagatctgctccaaactaagtggttacggacgaactatctcctgtatgctatcattcattctctgtactcatctttgactcagGTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGTCAAGCTTGTCGCCTGGTACGACAACGAGTGGGGTTACAG----------
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gtatggatttgcttct------atcatttagcaaccaactaacgaaactgtgct----actacggaattctcagtg------ttcctccatgattcatttttgtcattctgcctttttcccactcagGTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCCGGGATCGCTCTGAACGACCACTTCGTCAAGCTCGTCTCGTGGTACGACAACGAGTGGGGCTACAGCAACCGCGTC

upper sequence: LOC_Os08g03290.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: GLYMA04G36870.1 (Glycine max), 3'ss of exon 10
gtatgcctttttgtcttgagaggccctgtaagaaatctgtaatgcagatctgctcca-aactaagtggttacggacgaactatctcctgtatg--ctatcattcattctctgtactcatctttgactcagGTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGTCAAGCTTGTCGCCTGGTACGACAACGAGTGGGGTTACAG
                |   |       ||| | |  |||        |    |  | ||||      |          || | ||| | | |  || | |  |||| | | ||   ||| |||   ||| || || || || || || ||||||||||||||  | ||  | |||||||| ||||||||  | |||||||||||||||||||| |||||
---------------gtataaattatgttaacataattgttgccttttttcagttgataacttgacattattcattttcctgtttccggaaaggtctgttaaccatttttttta---atcattgttccagATCAAGTATTTTTGATGCAAAGGCTGGAATTGCATTGAATAAGAACTTTGTGAAGCTTGTTTCTTGGTACGACAACGAGTGGGGATACAG

upper sequence: LOC_Os08g03290.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: GLYMA04G36860.2 (Glycine max), 3'ss of exon 9
gtatgcctttttgtcttgagaggccctgtaagaaatctgtaatgcagatctgctcca-aactaagtggttacggacgaactatctcctgtatgctatcattcattctctgtactcatctttgactcagGTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGTCAAGCTTGTCGCCTGGTACGACAACGAGTGGGGTTACAG
                |   |       ||| | |  |||        |    |  | ||||      |          || | ||| | | | | |  || |   | | |  | ||| |||   ||| || || || || || || ||||||||||||||  | ||  | |||||||| ||||||||| | ||||| |||||||||||||| |||||
---------------gtataaattatgttaacataattgttgccttttttcagttgataacttgacattattcatttttctgtttcccgaaaggt-ttgttaaccattt-ttttaatcattgttccagATCAAGTATTTTTGATGCAAAGGCTGGAATTGCATTGAATAAGAACTTTGTGAAGCTTGTCTCTTGGTATGACAACGAGTGGGGATACAG

upper sequence: LOC_Os08g03290.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: GLYMA18G01330.2 (Glycine max), 3'ss of exon 10
gtatgcctttttgtcttgagaggccctgtaagaaatctgtaatgcagatctgctccaaactaagtggttacggacgaactatctcctgtatgctatcattcattctctgtactcatctttgactcagGTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGTCAAGCTTGTCGCCTGGTACGACAACGAGTGGGGTTACAG
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gtgatgtgttgtgttttgaagcaacat-tcgaagataaactatcattatcagtttttggtt---ttctcttagtctaattacttgccatgt-tgaatgttactttcatgtgc-------------agGTCTAGCATATTTGACGCCAAGGCCGGAATTTCTTTGAATGACAACTTTGTAAAACTTGTTTCCTGGTATGACAACGAATGGGGTTACAG

upper sequence: LOC_Os08g03290.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: GLYMA06G18110.4 (Glycine max), 3'ss of exon 10
gtatgcctttttgtcttgagaggccctgtaagaaatctgtaatgcagatctgctccaaactaagtggttacggacgaactatctcctgtatgc-tatcattcattctctgt----actcatctttgactcagGTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGTCAAGCTTGTCGCCTGGTACGACAACGAGTGGGGTTACAG----------
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------gtataaattatggtaaaagctgaaaatttattttaacaca-attgttgcctttttatgttgacaacctgacattattattcatttacctgttaaccattttttgtttaaaaaaatcattgttccagATCAAGTATTTTTGATGCAAAGGCTGGAATTGCATTGAATAAGAACTTTGTGAAGCTTGTTTCTTGGTACGACAACGAGTGGGGATACAGGTAAATGCAC

upper sequence: LOC_Os08g03290.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: GLYMA06G18110.1 (Glycine max), 3'ss of exon 10
gtatgcctttttgtcttgagaggccctgtaagaaatctgtaatgcagatctgctccaaactaagtggttacggacgaactatctcctgtatgc-tatcattcattctctgt----actcatctttgactcagGTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGTCAAGCTTGTCGCCTGGTACGACAACGAGTGGGGTTACAG
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------gtataaattatggtaaaagctgaaaatttattttaacaca-attgttgcctttttatgttgacaacctgacattattattcatttacctgttaaccattttttgtttaaaaaaatcattgttccagATCAAGTATTTTTGATGCAAAGGCTGGAATTGCATTGAATAAGAACTTTGTGAAGCTTGTTTCTTGGTACGACAACGAGTGGGGATACAG

upper sequence: LOC_Os08g03290.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: GLYMA11G37360.1 (Glycine max), 3'ss of exon 10
gtatgcctttttgtcttgaga-ggccctgtaaga-aatctgtaatgcagatctgctccaaactaagtggttacggacgaactatctcctgtatgctatcattcattctctgtactcatctttgactcagGTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGTCAAGCTTGTCGCCTGGTACGACAACGAGTGGGGTTACAG
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--gtgatgttgtgttttgaagtaacattggaagataaactatcatgatcacttttttggtgttctcttagtctataatgact-taccatgttgaatgttactt-----------tcatctg-----cagGTCTAGCATATTTGACGCCAAGGCCGGAATTTCTTTGAATGAAAACTTTGTAAAACTTGTTTCCTGGTATGACAACGAATGGGGTTACAG

upper sequence: LOC_Os08g03290.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: Vv14s0171g00440.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 9
gtatgcctttttgtcttgagaggccctgtaagaaatctgtaatgcagatctgctccaaactaagtggttacggacgaactatctcctgtatgctatcattcattctctgtactcatctttgactcagGTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGTCAAGCTTGTCGCCTGGTACGACAACGAGTGGGGTTACAG
                          ||    ||||||    ||||    |||      ||   |  |     ||    |   |  | |     || | |  |    |  |||   |||||   ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| || || |||||| ||||| | ||| | ||||| || || || |||||||||||
-------------------------gtgaggcaaatct----tgcaataatgcctttgcctcc-tcttcttcaacattttgcttattctgcaa-atgaattgtatgatcaactgtcctttgg--cagGTCGAGTATTTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTGAATGAAAACTTTATCAAGTTGGTCTCTTGGTATGATAATGAATGGGGTTACAG

upper sequence: LOC_Os08g03290.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: Vv17s0000g10430.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 10
gtatgcctttttgtcttgagaggccctgtaagaaatctgtaatgcagatctgctccaaactaagtg-gttacggacgaactatctcctgtatgctatcattcattctctgtactcatctttgactcagGTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGTCAAGCTTGTCGCCTGGTACGACAACGAGTGGGGTTACAG
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----------------tggatcacctttttccatgcagattg-atatgtgaactccaagataactctgccacagccacaccacctgacatgtaattccatt-att------attcaatttg----cagGTCCAGCATCTTTGATGCCAAGGCTGGAATAGCACTCAACGAGAAGTTCTTGAAGATTGTCGCTTGGTATGACAATGAATGGGGTTACAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|163926393|gb|EG712901.1|EG712901
EST:     GGATATGTTGAGGAAGACCTGGTTTCTACTGACTTTGTTGGT-ACAGCAG                         GTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGT
genomic: GGATATGTTGAGGAAGACCTGGTTTCTACTGACTTTGTTGGTGACAGCAGgtatgccttt ... tttgactcagGTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGT
EST: gi|8527527|gb|AU092342.1|AU092342
EST:     GGATATGTTGAGGAAGACCTGGTTTCTACTGACTTTGTTGGTGACAGCAG                         GTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGT
genomic: GGATATGTTGAGGAAGACCTGGTTTCTACTGACTTTGTTGGTGACAGCAGgtatgccttt ... tttgactcagGTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGT
EST: gi|8528318|gb|AU093133.1|AU093133
EST:     GGATATGTTGAGGAAGACCTGGTTTCTACTGACTTTGTTGGTGACAGCAG                         GTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGT
genomic: GGATATGTTGAGGAAGACCTGGTTTCTACTGACTTTGTTGGTGACAGCAGgtatgccttt ... tttgactcagGTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGT
EST: gi|18385483|gb|BM418682.1|BM418682
EST:     GGATATGTTGAGGAAGACCTGGTTTCTACTGACTTTGTTGGTGACAGCAG                         GTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGT
genomic: GGATATGTTGAGGAAGACCTGGTTTCTACTGACTTTGTTGGTGACAGCAGgtatgccttt ... tttgactcagGTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGT
EST: gi|88219863|gb|CI219423.1|CI219423
EST:     GGATATGTTGAGGAAGACCTGGTTTCTACTGACTTTGTTGGTGACAGCAG                         GTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGT
genomic: GGATATGTTGAGGAAGACCTGGTTTCTACTGACTTTGTTGGTGACAGCAGgtatgccttt ... tttgactcagGTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGT
EST: gi|18386453|gb|BM419651.1|BM419651
EST:     GGATATGTTGAGGAAGACCTGGTTTCTACTGACTTTGTTGGTGACAGCAG                         GTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGT
genomic: GGATATGTTGAGGAAGACCTGGTTTCTACTGACTTTGTTGGTGACAGCAGgtatgccttt ... tttgactcagGTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGT
EST: gi|29618937|gb|CB623949.1|CB623949
EST:     GGATATGTTGAGGAAGACCTGGTTTCTACTGACTTTGTTGGTGACAGCAG                         GTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGT
genomic: GGATATGTTGAGGAAGACCTGGTTTCTACTGACTTTGTTGGTGACAGCAGgtatgccttt ... tttgactcagGTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGT
EST: gi|27578024|gb|CB000719.1|CB000719
EST:     GGATATGTTGAGGAAGACCTGGTTTCTACTGACTTTGTTGGTGACAGCAG                         GTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGT
genomic: GGATATGTTGAGGAAGACCTGGTTTCTACTGACTTTGTTGGTGACAGCAGgtatgccttt ... tttgactcagGTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGT
EST: gi|29669182|gb|CB665457.1|CB665457
EST:     GGATATGTTGAGGAAGACCTGGTTTCTACTGACTTTGTTGGTGACAGCAG                         GTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGT
genomic: GGATATGTTGAGGAAGACCTGGTTTCTACTGACTTTGTTGGTGACAGCAGgtatgccttt ... tttgactcagGTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGT
EST: gi|86418892|gb|CI053693.1|CI053693
EST:     GGATATGTTGAGGAAGACCTGGTTTCTACTGACTTTGTTGGTGACAGCAG                         GTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGT
genomic: GGATATGTTGAGGAAGACCTGGTTTCTACTGACTTTGTTGGTGACAGCAGgtatgccttt ... tttgactcagGTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGT
EST: gi|218485784|gb|FG945170.1|FG945170
EST:     GGATATGTTGAGGAAGACCTAGTTTCTACTGACTTTGTTGGTGACAGCAG                         GTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGT
genomic: GGATATGTTGAGGAAGACCTGGTTTCTACTGACTTTGTTGGTGACAGCAGgtatgccttt ... tttgactcagGTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGT
EST: gi|58680834|gb|CK069521.1|CK069521
EST:     GGATATGTTGAGGAAGACCTGGTTTCTACTGACTTTGTTGGTGACAGCAG                         GTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGT
genomic: GGATATGTTGAGGAAGACCTGGTTTCTACTGACTTTGTTGGTGACAGCAGgtatgccttt ... tttgactcagGTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGT
EST: gi|218496543|gb|FG959297.1|FG959297
EST:     GGATATGTTGAGGAAGACCTGGTTTCTACTGACTTTGTTGGTGACAGCAG                         GTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGT
genomic: GGATATGTTGAGGAAGACCTGGTTTCTACTGACTTTGTTGGTGACAGCAGgtatgccttt ... tttgactcagGTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGT
EST: gi|88254688|gb|CI353512.1|CI353512
EST:     CCTGGTTTCTACTGACTTTGTTGGTGACAGCAG                         GTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGT
genomic: CCTGGTTTCTACTGACTTTGTTGGTGACAGCAGgtatgccttt ... tttgactcagGTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGT
EST: gi|86904737|gb|CI321645.1|CI321645
EST:     GGATATGTTGAGGAAGACCTGGTTTCTACT-ACTTTTTTGGTGACACCAG                         GTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGT
genomic: GGATATGTTGAGGAAGACCTGGTTTCTACTGACTTTGTTGGTGACAGCAGgtatgccttt ... tttgactcagGTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGT
EST: gi|1854278|gb|AA231892.1|AA231892
EST:     CTTTGTTGGTGACAGCAG                         GTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGT
genomic: CTTTGTTGGTGACAGCAGgtatgccttt ... tttgactcagGTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGT
EST: gi|86252043|gb|CI055780.1|CI055780
EST:     GGATATGTTGAGGAAGACCTGGTTTCTACTGACTTTGTTGGTGACAGCAG                         GTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGT
genomic: GGATATGTTGAGGAAGACCTGGTTTCTACTGACTTTGTTGGTGACAGCAGgtatgccttt ... tttgactcagGTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGT
EST: gi|88835063|gb|CI370366.1|CI370366
EST:     TGGTTTCTACTGACTTTGTTGGTGACAGCAG                         GTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGT
genomic: TGGTTTCTACTGACTTTGTTGGTGACAGCAGgtatgccttt ... tttgactcagGTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGT
EST: gi|218485686|gb|FG958996.1|FG958996
EST:     GGATATGTTGAGGAAGACCTGGTTTCTACTGACTTTGTTGGTGACAGCAG                         GTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGT
genomic: GGATATGTTGAGGAAGACCTGGTTTCTACTGACTTTGTTGGTGACAGCAGgtatgccttt ... tttgactcagGTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGT
EST: gi|88433613|gb|CI557349.1|CI557349
EST:     TTGGTGACAGCAG                         GTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGT
genomic: TTGGTGACAGCAGgtatgccttt ... tttgactcagGTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGT
EST: gi|218481567|gb|FG958457.1|FG958457
EST:     GGATATGTTGAGGAAGACCTGGTTTCTACTGACTTTGTTGGTGACAGCAG                         GTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGT
genomic: GGATATGTTGAGGAAGACCTGGTTTCTACTGACTTTGTTGGTGACAGCAGgtatgccttt ... tttgactcagGTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGT
EST: gi|22306244|gb|BQ907466.1|BQ907466
EST:     GGATATGTTGAGGAAGACCTGGTTTCTACTGACTTTGTTGGTGACAGCAG                         GTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGT
genomic: GGATATGTTGAGGAAGACCTGGTTTCTACTGACTTTGTTGGTGACAGCAGgtatgccttt ... tttgactcagGTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGT
EST: gi|58676445|gb|CK065132.1|CK065132
EST:     GGATATGTTGAGGAAGACCTGGTTTCTACTGACTTTGTTGGTGACAGCAG                         GTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGT
genomic: GGATATGTTGAGGAAGACCTGGTTTCTACTGACTTTGTTGGTGACAGCAGgtatgccttt ... tttgactcagGTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGT
EST: gi|58687028|gb|CK075715.1|CK075715
EST:     GGATATGTTGAGGAAGACCTGGTTTCTACTGACTTTGTTGGTGACAGCAG                         GTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGT
genomic: GGATATGTTGAGGAAGACCTGGTTTCTACTGACTTTGTTGGTGACAGCAGgtatgccttt ... tttgactcagGTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGT
EST: gi|18387990|gb|BM421188.1|BM421188
EST:     GGATATGTTGAGGAAGACCTGGTTTCTACTGACTTTGTTGGTGACAGCAG                         GTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGT
genomic: GGATATGTTGAGGAAGACCTGGTTTCTACTGACTTTGTTGGTGACAGCAGgtatgccttt ... tttgactcagGTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGT
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EST:     GGATATGTTGAGGAAGACCTGGTTTCTACTGACTTTGTTGGTGACAGCAG                         GTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGT
genomic: GGATATGTTGAGGAAGACCTGGTTTCTACTGACTTTGTTGGTGACAGCAGgtatgccttt ... tttgactcagGTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGT
EST: gi|88843069|gb|CI371969.1|CI371969
EST:     -GATATGTTGAGGAAGACCTGGTTTCTACTGACTTTGTTGGTGACAGCAG                         GTCGATCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGT
genomic: GGATATGTTGAGGAAGACCTGGTTTCTACTGACTTTGTTGGTGACAGCAGgtatgccttt ... tttgactcagGTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 75 (upstream exon), 75 (downstream exon)
Score: 579

GTCTGCATCAGAGGGAAAGCTCAAGGGAATCATAGGATATGTTGAGGAAGACCTGGTTTCTACTGACTTTGTTGGTGACAGCAGgtatgccttt ... tttgactcagGTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGTCAAGCTTGTCGCCTGGTACGACAACGAGTGGGGTTACAG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gacgaactatctcctgtatgctatcattcattctctgtactcatctttgactcagGTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGTCAAGCTTGTCGCCTGGTACGACAACGAGTGGGGTTACAG
                                            ctttgac  putative branch site (score: 579)
                                       ctcatcttt  CT-rich tract
                     tatcatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgcctttttgtcttgagaggccctgtaagaaatctgtaatgcagatctgctccaaactaagtggttacggacgaactatctcctgtatgctatcattcattctctgtactcatctttgactcagGTCGAGCATCTTCGACGCCAAGGCTGGAATTGCTCTTAACGATAACTTTGTCAAGCTTGTCGCCTGGTACGACAACGAGTGGGGTTACAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT