1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' |
CCTCTTTTCTGCTGCTGGTCTTCCTCATAATGAAATTGCTGCCCAAATTTGTCGTCAGGCTGGCCTTGTGAAAAGCTTGGAGAAAGGCAAGCATGCAGAGgtagccaagcatttctctcacataaagataatctgactatttgatgacccagtgagatttgggctcacatatatagcttaataactttagttgtacatgg...
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os06g37180.1 |
intron # | 7 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GTCCTCAGGCTGGCCTTGTGAAAAGCTTGGAGAAAGGCAAGCATGCAGAG GGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATCGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAATEST: gi|428226|gb|D24374.1|D24374
genomic: GTCGTCAGGCTGGCCTTGTGAAAAGCTTGGAGAAAGGCAAGCATGCAGAGgtagccaagc ... taatctccagGGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATCGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAAT
EST: GTCGTCAGGCTGGCCTTGTGAAAAGCTTGGAGAAAGGCAAGCATGCAGAG GGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATCGTGTTTGCTGCTATGGGAGTEST: gi|33798187|gb|CF324953.1|CF324953
genomic: GTCGTCAGGCTGGCCTTGTGAAAAGCTTGGAGAAAGGCAAGCATGCAGAGgtagccaagc ... taatctccagGGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATCGTGTTTGCTGCTATGGGAGT
EST: GTCGTCAGGCTGGCCTTGTGAAAAGCTTGGAGAAAGGCAAGCATGCAGAG GGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATCGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAATEST: gi|58685054|gb|CK073741.1|CK073741
genomic: GTCGTCAGGCTGGCCTTGTGAAAAGCTTGGAGAAAGGCAAGCATGCAGAGgtagccaagc ... taatctccagGGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATCGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAAT
EST: GTCGTCAGGCTGGCCTTGTGAAAAGCTTGGAGAAAGGCAAGCATGCAGAG GGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATCGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAATEST: gi|29668004|gb|CB664279.1|CB664279
genomic: GTCGTCAGGCTGGCCTTGTGAAAAGCTTGGAGAAAGGCAAGCATGCAGAGgtagccaagc ... taatctccagGGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATCGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAAT
EST: GTCGTCAGGCTGGCCTTGTGAAAAGCTTGGAGAAAGGCAAGCATGCAGAG GGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATCGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAATEST: gi|29641774|gb|CB646781.1|CB646781
genomic: GTCGTCAGGCTGGCCTTGTGAAAAGCTTGGAGAAAGGCAAGCATGCAGAGgtagccaagc ... taatctccagGGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATCGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAAT
EST: GTCGTCAGGCTGGCCTTGTGAAAAGCTTGGAGAAAGGCAAGCATGCAGAG GGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATCGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAATEST: gi|58675652|gb|CK064339.1|CK064339
genomic: GTCGTCAGGCTGGCCTTGTGAAAAGCTTGGAGAAAGGCAAGCATGCAGAGgtagccaagc ... taatctccagGGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATCGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAAT
EST: GTCGTCAGGCTGGCCTTGTGAAAAGCTTGGAGAAAGGCAAGCATGCAGAG GGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATCGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAATEST: gi|33793646|gb|CF322707.1|CF322707
genomic: GTCGTCAGGCTGGCCTTGTGAAAAGCTTGGAGAAAGGCAAGCATGCAGAGgtagccaagc ... taatctccagGGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATCGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAAT
EST: GTCGTCAGGCTGGCCTTGTGAAAAGCTTGGAGAAAGGCAAGCATGCAGAG GGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATCGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAATEST: gi|29683215|gb|CB679490.1|CB679490
genomic: GTCGTCAGGCTGGCCTTGTGAAAAGCTTGGAGAAAGGCAAGCATGCAGAGgtagccaagc ... taatctccagGGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATCGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAAT
EST: GTCGTCAGGCTGGCCTTGTGAAAAGCTTGGAGAAAGGCAAGCATGCAGAG GGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATCGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAATEST: gi|29630856|gb|CB635865.1|CB635865
genomic: GTCGTCAGGCTGGCCTTGTGAAAAGCTTGGAGAAAGGCAAGCATGCAGAGgtagccaagc ... taatctccagGGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATCGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAAT
EST: GTCGTCAGGCTGGCCTTGTGAAAAGCTTGGAGAAAGGCAAGCATGCAGAG GGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATCGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAATEST: gi|29617703|gb|CB622715.1|CB622715
genomic: GTCGTCAGGCTGGCCTTGTGAAAAGCTTGGAGAAAGGCAAGCATGCAGAGgtagccaagc ... taatctccagGGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATCGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAAT
EST: GTCGTCAGGCTGGCCTTGTGAAAAGCTTGGAGAAAGGCAAGCATGCAGAG GGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATCGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAATEST: gi|33675121|gb|CF303360.1|CF303360
genomic: GTCGTCAGGCTGGCCTTGTGAAAAGCTTGGAGAAAGGCAAGCATGCAGAGgtagccaagc ... taatctccagGGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATCGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAAT
EST: GTCGTCAGGCTGGCCTTGTGAAAAGCTTGGAGAAAGGCAAGCATGCAGAG GGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATCGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAATEST: gi|29675287|gb|CB671562.1|CB671562
genomic: GTCGTCAGGCTGGCCTTGTGAAAAGCTTGGAGAAAGGCAAGCATGCAGAGgtagccaagc ... taatctccagGGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATCGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAAT
EST: GTCGTCAGGCTGGCCTTGTGAAAAGCTTGGAGAAAGGCAAGCATGCAGAG GGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATCGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAATEST: gi|300215980|gb|HO088606.1|HO088606
genomic: GTCGTCAGGCTGGCCTTGTGAAAAGCTTGGAGAAAGGCAAGCATGCAGAGgtagccaagc ... taatctccagGGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATCGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAAT
EST: GTCGTCAGGCTGGCCTTGTGAAAAGCTTGGAGAAAGGCAAGCATGCAGAG GGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATCGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAATEST: gi|29669854|gb|CB666129.1|CB666129
genomic: GTCGTCAGGCTGGCCTTGTGAAAAGCTTGGAGAAAGGCAAGCATGCAGAGgtagccaagc ... taatctccagGGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATCGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAAT
EST: GTCGTCAGGCTGGCCTTGTGAAAAGCTTGGAGAAAGGCAAGCATGCAGAG GGTGGTGAAGATGACAACCTTGCTATCGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAATEST: gi|33676278|gb|CF304517.1|CF304517
genomic: GTCGTCAGGCTGGCCTTGTGAAAAGCTTGGAGAAAGGCAAGCATGCAGAGgtagccaagc ... taatctccagGGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATCGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAAT
EST: GTCGTCAGGCTGGCCTTGTGAAAAGCTTGGAGAAAGGCAAGCATGCAGAG GGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATCGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAATEST: gi|29630446|gb|CB635455.1|CB635455
genomic: GTCGTCAGGCTGGCCTTGTGAAAAGCTTGGAGAAAGGCAAGCATGCAGAGgtagccaagc ... taatctccagGGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATCGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAAT
EST: GTCGTCAGGCTGGCCTTGTGAAAAGCTTGGAGAAAGGCAAGCATGCAGAG GGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATCGTGTTTGCTGCTATGGEST: gi|218488188|gb|FG959862.1|FG959862
genomic: GTCGTCAGGCTGGCCTTGTGAAAAGCTTGGAGAAAGGCAAGCATGCAGAGgtagccaagc ... taatctccagGGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATCGTGTTTGCTGCTATGG
EST: TCGTCAGGCTGGCC-TGCTGAAAAGCTTGGAGAAAGGCAAGCATGCAGAG GGTGGTGAAGATGACAACTTCGCTATCGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAATEST: gi|29681069|gb|CB677344.1|CB677344
genomic: TCGTCAGGCTGGCCTTG-TGAAAAGCTTGGAGAAAGGCAAGCATGCAGAGgtagccaagc ... taatctccagGGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATCGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAAT
EST: GTCGTCAGGCTGGCCTTGTGAAAAGCTTGGAGAAAGGCAAGCATGCAGAG GGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATCGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAATEST: gi|29665772|gb|CB662047.1|CB662047
genomic: GTCGTCAGGCTGGCCTTGTGAAAAGCTTGGAGAAAGGCAAGCATGCAGAGgtagccaagc ... taatctccagGGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATCGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAAT
EST: GTCGTCAGGCTGGCCTTGTGAAAAGCTTGGAGAAAGGCAAGCATGCAGAG GGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATCGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAATEST: gi|29642143|gb|CB647150.1|CB647150
genomic: GTCGTCAGGCTGGCCTTGTGAAAAGCTTGGAGAAAGGCAAGCATGCAGAGgtagccaagc ... taatctccagGGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATCGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAAT
EST: GTCGTCAGGCTGGCCTTGTGAAAAGCTTGGAGAAAGGCAAGCATGCAGAG GGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATCGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAAT
genomic: GTCGTCAGGCTGGCCTTGTGAAAAGCTTGGAGAAAGGCAAGCATGCAGAGgtagccaagc ... taatctccagGGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATCGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAAT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CCTCTTTTCTGCTGCTGGTCTTCCTCATAATGAAATTGCTGCCCAAATTTGTCGTCAGGCTGGCCTTGTGAAAAGCTTGGAGAAAGGCAAGCATGCAGAGgtagccaagcatttctctcacataaagataatctgactatttgatgacccagtgagatttgggctcacatatatagcttaataactttagttgtacatgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA