Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGTGCTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAGgtaaacatttggactccatacatttgatttcatttaagctatggcaaatacttacagtggagctcatttatgctgtttcatgttacag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os06g37180.1
intron # 13
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os06g37180.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 13
lower sequence: GRMZM2G181151_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 13
AGTGCTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAGgtaaacatttggactccat---acatttgat-------ttcat---ttaagctatggcaaatacttacagtg------gagctcatttatgctgtttcatgttacag
||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| ||||||||||| |||||| | | |  || |||||   |  ||||||       | |||    |  ||||      | || |   |||      ||  | |  | ||||||||  | || |||
AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTAGAGACCATTCGGATGTGTCTAATCAGgtacatactatgagtccatgttatttttgataagggagtccatagtctttgctacccttcagacatgatgtgcaagatgaattgacatctgctgttttctctttcag

upper sequence: LOC_Os06g37180.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 13
lower sequence: GRMZM2G094497_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 12
AGTGCTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAGgtaaacatttggactccatacatttgatttcatttaagctatggcaaatacttacagtggagctcatttatgctgtttcatgttacag
||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||   |||  || ||||||   ||  |||    | ||  |||     ||     ||  ||  | |  | | ||||||  |||| |||
AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAATCAGgtacctattatgagtccataggctttgttt----tcagacatgatgtgta-----agatgaattgacatctactgttttctgtt-cag

upper sequence: LOC_Os06g37180.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 13
lower sequence: Vv18s0001g01020.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 13
AGTGCTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAGgtaaacatttggactccatacatttgatttca-tttaagctatggcaaatacttacagtggagctcatttatgctgtttcatgttacag------
||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||| | |||||||| ||||||||||  |||  ||   | ||  | || ||| | |||   | ||   |  | |||  ||     || |   |  |||||  || || ||       
AGTGCCATTGGTGAGGGAATGACTCGTCGAGACCATGCTGATGTGTCCAACCAGgtaag-attcagaaggcttaagtgtgtttttaattttctccattatat-tgctttaaggcctcctaaccgaccctgttg-atttttcaccttcag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58693038|gb|CK081725.1|CK081725
EST:     GTGTCTAACCAG                         CTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCCTT
genomic: GTGTCTAACCAGgtaaacattt ... catgttacagCTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
EST: gi|88231545|gb|CI231394.1|CI231394
EST:     ATGTGTCTAACCAG                         CTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
genomic: ATGTGTCTAACCAGgtaaacattt ... catgttacagCTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
EST: gi|87038558|gb|CI193180.1|CI193180
EST:     CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAG                         CTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
genomic: CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAGgtaaacattt ... catgttacagCTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
EST: gi|33684047|gb|CF312286.1|CF312286
EST:     TATTGGNTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAG                         CTTTATGCCAACTATGCAATTGG
genomic: TATTGG-TGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAGgtaaacattt ... catgttacagCTTTATGCCAACTATGCAATTGG
EST: gi|24468720|gb|CA305669.1|CA305669
EST:     CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAG                         CTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
genomic: CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAGgtaaacattt ... catgttacagCTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
EST: gi|29665773|gb|CB662048.1|CB662048
EST:     CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAG                         CTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
genomic: CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAGgtaaacattt ... catgttacagCTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
EST: gi|29681070|gb|CB677345.1|CB677345
EST:     CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAG                         CTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
genomic: CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAGgtaaacattt ... catgttacagCTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
EST: gi|86854632|gb|CI258925.1|CI258925
EST:     ATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAG                         CTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
genomic: ATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAGgtaaacattt ... catgttacagCTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
EST: gi|86537237|gb|CI177443.1|CI177443
EST:     CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAG                         CTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
genomic: CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAGgtaaacattt ... catgttacagCTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
EST: gi|88197212|gb|CI197062.1|CI197062
EST:     TGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAG                         CTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGTCGTT
genomic: TGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAGgtaaacattt ... catgttacagCTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
EST: gi|5055986|gb|AU075365.1|AU075365
EST:     GTGTCTAACCAG                         TTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAAGGATGTCCAGGCCATAAAAGCCGN
genomic: GTGTCTAACCAGgtaaacattt ... catgttacagCTTTATGCCAACTATGCAATTGGG-AAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGT
EST: gi|29675288|gb|CB671563.1|CB671563
EST:     CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAG                         CTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
genomic: CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAGgtaaacattt ... catgttacagCTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
EST: gi|29642144|gb|CB647151.1|CB647151
EST:     CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAG                         CTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
genomic: CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAGgtaaacattt ... catgttacagCTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
EST: gi|89187389|gb|CI047456.1|CI047456
EST:     CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAG                         CTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
genomic: CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAGgtaaacattt ... catgttacagCTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
EST: gi|29684019|gb|CB680294.1|CB680294
EST:     CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAG                         CTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
genomic: CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAGgtaaacattt ... catgttacagCTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
EST: gi|29630857|gb|CB635866.1|CB635866
EST:     CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAG                         CTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
genomic: CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAGgtaaacattt ... catgttacagCTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
EST: gi|88198947|gb|CI198797.1|CI198797
EST:     CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAG                         CTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
genomic: CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAGgtaaacattt ... catgttacagCTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
EST: gi|29630447|gb|CB635456.1|CB635456
EST:     CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAG                         CTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
genomic: CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAGgtaaacattt ... catgttacagCTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
EST: gi|218488216|gb|FG965996.1|FG965996
EST:     CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAG                         CTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
genomic: CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAGgtaaacattt ... catgttacagCTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
EST: gi|58674437|gb|CK063123.1|CK063123
EST:     CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAG                         CTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
genomic: CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAGgtaaacattt ... catgttacagCTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
EST: gi|29633930|gb|CB638939.1|CB638939
EST:     GGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAG                         CTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
genomic: GGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAGgtaaacattt ... catgttacagCTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
EST: gi|29678975|gb|CB675250.1|CB675250
EST:     CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAG                         CTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
genomic: CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAGgtaaacattt ... catgttacagCTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
EST: gi|86536379|gb|CI176585.1|CI176585
EST:     CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAG                         CTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
genomic: CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAGgtaaacattt ... catgttacagCTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
EST: gi|25801982|gb|CA757943.1|CA757943
EST:     CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAG                         CTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
genomic: CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAGgtaaacattt ... catgttacagCTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
EST: gi|300215980|gb|HO088606.1|HO088606
EST:     CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAG                         CTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
genomic: CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAGgtaaacattt ... catgttacagCTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
EST: gi|58594202|gb|CF992510.1|CF992510
EST:     CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAG                         CTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
genomic: CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAGgtaaacattt ... catgttacagCTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
EST: gi|86535166|gb|CI175372.1|CI175372
EST:     CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAG                         CTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
genomic: CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAGgtaaacattt ... catgttacagCTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
EST: gi|87039627|gb|CI194249.1|CI194249
EST:     GTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAG                         CTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
genomic: GTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAGgtaaacattt ... catgttacagCTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
EST: gi|27554550|gb|CA998450.1|CA998450
EST:     CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAG                         CTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
genomic: CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAGgtaaacattt ... catgttacagCTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
EST: gi|29678974|gb|CB675249.1|CB675249
EST:     CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAG                         CTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
genomic: CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAGgtaaacattt ... catgttacagCTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
EST: gi|58682214|gb|CK070901.1|CK070901
EST:     CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAG                         CTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
genomic: CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAGgtaaacattt ... catgttacagCTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
EST: gi|7332665|gb|AU086011.1|AU086011
EST:     CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAG                         CTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
genomic: CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAGgtaaacattt ... catgttacagCTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
EST: gi|29668005|gb|CB664280.1|CB664280
EST:     CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAG                         CTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
genomic: CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAGgtaaacattt ... catgttacagCTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
EST: gi|58662859|gb|CK051545.1|CK051545
EST:     CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAG                         CTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
genomic: CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAGgtaaacattt ... catgttacagCTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
EST: gi|29617704|gb|CB622716.1|CB622716
EST:     CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAG                         CTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
genomic: CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAGgtaaacattt ... catgttacagCTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
EST: gi|87024279|gb|CI257020.1|CI257020
EST:     CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAG                         CTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
genomic: CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAGgtaaacattt ... catgttacagCTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
EST: gi|29684020|gb|CB680295.1|CB680295
EST:     CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAG                         CTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
genomic: CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAGgtaaacattt ... catgttacagCTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
EST: gi|29669855|gb|CB666130.1|CB666130
EST:     CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAG                         CTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
genomic: CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAGgtaaacattt ... catgttacagCTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
EST: gi|58688525|gb|CK077212.1|CK077212
EST:     CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAG                         CTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
genomic: CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAGgtaaacattt ... catgttacagCTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
EST: gi|88902578|gb|CI088116.1|CI088116
EST:     CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAG                         CTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
genomic: CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAGgtaaacattt ... catgttacagCTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
EST: gi|29665772|gb|CB662047.1|CB662047
EST:     CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAG                         CTTTATGCCAACTATGCAATTG
genomic: CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAGgtaaacattt ... catgttacagCTTTATGCCAACTATGCAATTG
EST: gi|56157325|gb|D41816.2|D41816
EST:     CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAG                         CTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT
genomic: CTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAGgtaaacattt ... catgttacagCTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 56 (upstream exon), 73 (downstream exon)
Score: 30

AGTGCTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAGgtaaacattt ... catgttacagCTTTATGCCAACTATGCAATTGGGAAGGATGTCCAGGCCATGAAAGCCGTTGTGGGAGAGGAGGCGCTCTCTTCTGAGGATCTG




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AGTGCTATTGGTGAGGGTATGACCCGTCGAGACCATTCAGATGTGTCTAACCAGgtaaacatttggactccatacatttgatttcatttaagctatggcaaatacttacagtggagctcatttatgctgtttcatgttacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGATG