Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGCATAAATTCTGTGTTCTATTTCTCATCAACTGTGTTCAGAAGTGTGGGTGTGCCCCCTAACCTTGCGAACATATGCATGGGGATAGCAAATTTATCAGgtgggctcattggagcatcttctctttttttctgttgttctactgttctgttatattgatggttgatggattttgtttgatgtgtttgcttccag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g17500.2
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os02g17500.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G412899_T05 (Zea mays), 5'ss of exon 10
GGCATAAATTCTGTGTTCTATTTCTCATCAACTGTGTTCAGAAGTGTGGGTGTGCCCCCTAACCTTGCGAACATATGCATGGGGATAGCAAATTTATCAGgtgggctcattggagcatcttctctttttttctgttgttctact-gttctgttatattgatggttgatggattttgtttgatgtgtttgcttccag
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||  | ||| |||||||||  ||||    |||    | |||  |    || | || |  |  || ||| | ||   |  ||  ||  |  ||| | |               
GGCATAAATTCTGTGTTCTATTTCTCATCAACTGTATTCAGAAGTGTGGGGGTGCCCTCTAACCTTGCCAACATATGCATGGGGATTTCTAATCTATCAGgtgcactca---aagc----tgtctcatacagtggtattatgttcattttgtcacatgacttatttttgtgtgctgtcttacag------------

upper sequence: LOC_Os02g17500.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 9
lower sequence: AT1G79820.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 10
GGCATAAATTCTGTGTTCTATTTCTCATCAACTGTGTTCAGAAGTGTGGGTGTGCCCCCTAACCTTGCGAACATATGCATGGGGATAGCAAATTTATCAGgtgggctcattggagcatcttctctttttttctgttgt--tctactgttctgttatattgatggttgatggattttgtttg-atgtgtttgcttccag---
|| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||  |  |  ||||| ||  |   |  ||| ||||||||  | ||  |    ||  | | ||||      | ||   | | ||||  |   ||||  | |    |      |  | ||||| ||| |        |  |   | | |||  |||   |     
GGGATAAATGCTGTGTTCTATTTCTCATCAACTGTCTTCAAGAAAGCTGGTGTACCTTCAGCCTCTGCAAACATATGTGTAGGAGTTTGCAACCTCTTAGgtat-tgaaatgtgactttttcttgtacattctactatggcttgaaaggccatcatattcatgataagctagataagcaagtaggtgaatgcagtcttcct

upper sequence: LOC_Os02g17500.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 9
lower sequence: Vv09s0002g04380.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 9
GGCATAAATTCTGTGTTCTATTTCTCATCAACTGTGTTCAGAAGTGTGGGTGTGCCCCCTAACCTTGCGAACATATGCATGGGGATAGCAAATTTATCAGgtgg-gctcattggagcatcttctctttttttctgttgttctactgttctgttat-attgatggttgatggattttgtttgatgtgtttgcttccag
||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||| | | |  || || || ||  ||||||| || || ||  | || || |||||||||||||||   | ||| ||       ||     | | || ||| ||  | |      |||| |||     ||  |  | | |      |    ||  ||    
GGCATAAATGCTGTGTTCTATTTCTCTTCAACTGTCTTCAAAGGAGCTGGAGTACCTCCAGACCTTGCAAATATGTGTGTTGGAATTGCAAATTTATCAGgtaaagatcactgacttcagttgcaaatatctcagtt-ttgcattccaaaattatgattagccatttctttactgtaccctttaaacttctttag--

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29643521|gb|CB648528.1|CB648528
EST:     TGTGCCCCCTAACCTTGCGAACATATGCATGGGGATAGCAAATTTATCAG                         GCTCAATTGTAGCTATGCTTCTAATGGACAAACTAGGAAGGAAAGTACTTC
genomic: TGTGCCCCCTAACCTTGCGAACATATGCATGGGGATAGCAAATTTATCAGgtgggctcat ... ttgcttccagGCTCAATTGTAGCTATGCTTCTAATGGACAAACTAGGAAGGAAAGTACTTC
EST: gi|218501803|gb|FG948060.1|FG948060
EST:     TGTGCCCCCTAACCTTGCGAACATATGCATGGGGATAGCAAATTTATCAG                         GCTCAATTGTAGCTATGCTTCTAATGGACAAACTAGGAAGGAAAGTACTTC
genomic: TGTGCCCCCTAACCTTGCGAACATATGCATGGGGATAGCAAATTTATCAGgtgggctcat ... ttgcttccagGCTCAATTGTAGCTATGCTTCTAATGGACAAACTAGGAAGGAAAGTACTTC
EST: gi|218493904|gb|FG949299.1|FG949299
EST:     TGTGCCCCCTAACCTTGCGAACATATGCATGGGGATAGCAAATTTATCAG                         GCTCAATTGTAGCTATGCTTCTAATGGACAAACTAGGAAGGAAAGTACTTC
genomic: TGTGCCCCCTAACCTTGCGAACATATGCATGGGGATAGCAAATTTATCAGgtgggctcat ... ttgcttccagGCTCAATTGTAGCTATGCTTCTAATGGACAAACTAGGAAGGAAAGTACTTC
EST: gi|218498875|gb|FG949815.1|FG949815
EST:     TGTGCCCCCTAACCTTGCGAACATATGCATGGGGATAGCAAATTTATCAG                         GCTCAATTGTAGCTATGCTTCTAATGGACAAACTAGGAAGGAAAGTACTTC
genomic: TGTGCCCCCTAACCTTGCGAACATATGCATGGGGATAGCAAATTTATCAGgtgggctcat ... ttgcttccagGCTCAATTGTAGCTATGCTTCTAATGGACAAACTAGGAAGGAAAGTACTTC
EST: gi|88827907|gb|CI778472.1|CI778472
EST:     TGTGCCCCCTAACCTTGCGAACATATGCATGGGGATAGCAAATTTATCAG                         GCTCAATTGTAGCTATGCTTCTAATGGACAAACTAGGAAGGAAAGTACTTC
genomic: TGTGCCCCCTAACCTTGCGAACATATGCATGGGGATAGCAAATTTATCAGgtgggctcat ... ttgcttccagGCTCAATTGTAGCTATGCTTCTAATGGACAAACTAGGAAGGAAAGTACTTC
EST: gi|218496023|gb|FG951379.1|FG951379
EST:     TGTGCCCCCTAACCTTGCGAACATATGCATGGGGATAGCAAATTTATCAG                         GCTCAATTGTAGCTATGCTTCTAATGGACAAACTAGGAAGGAAAGTACTTC
genomic: TGTGCCCCCTAACCTTGCGAACATATGCATGGGGATAGCAAATTTATCAGgtgggctcat ... ttgcttccagGCTCAATTGTAGCTATGCTTCTAATGGACAAACTAGGAAGGAAAGTACTTC
EST: gi|88732502|gb|CI755679.1|CI755679
EST:     TGTGCCCCCTAACCTTGCGAACATATGCATGGGGATAGCAAATTTATCAG                         GCTCAATTGTAGCTATGCTTCTAATGGACAAACTAGGAAGGAAAGTACTTC
genomic: TGTGCCCCCTAACCTTGCGAACATATGCATGGGGATAGCAAATTTATCAGgtgggctcat ... ttgcttccagGCTCAATTGTAGCTATGCTTCTAATGGACAAACTAGGAAGGAAAGTACTTC
EST: gi|66922886|gb|CX109734.1|CX109734
EST:     TGTGCCCCCTAACCTTGCGAACATATGCATGGGGATAGCAAATTTATCAG                         GCTCAATTGTAGCTATGCTTCTAATGGACAAACTAGGAAGGAAAGTAC
genomic: TGTGCCCCCTAACCTTGCGAACATATGCATGGGGATAGCAAATTTATCAGgtgggctcat ... ttgcttccagGCTCAATTGTAGCTATGCTTCTAATGGACAAACTAGGAAGGAAAGTAC
EST: gi|218498315|gb|FG958350.1|FG958350
EST:     TGTGCCCCCTAACCTTGCGAACATATGCATGGGGATAGCAAATTTATCAG                         GCTCAATTGTAGCTATGCTTCTAATGGACAAACTAGGA
genomic: TGTGCCCCCTAACCTTGCGAACATATGCATGGGGATAGCAAATTTATCAGgtgggctcat ... ttgcttccagGCTCAATTGTAGCTATGCTTCTAATGGACAAACTAGGA
EST: gi|88827571|gb|CI778136.1|CI778136
EST:     TGTGCCCCCTAACCTTGCGAACATATGCATGGGGATAGCAAATTTATCAG                         GCTCAATTGTAGCTATGCTTCTAATGGACAAACTAGGAAGGAAAGTACTTC
genomic: TGTGCCCCCTAACCTTGCGAACATATGCATGGGGATAGCAAATTTATCAGgtgggctcat ... ttgcttccagGCTCAATTGTAGCTATGCTTCTAATGGACAAACTAGGAAGGAAAGTACTTC