Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TACATCCTGAAGGTTGGTGAGGGAACTGCTACCCAGTGCATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtaaattatccacctctcagagcgtttttgcatttttcaccatcaatgaccctttttgtgtagcatgtactgctcaaacagaacaattgcataagtaatc...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g47410.2
intron # 13
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g47410.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 13
lower sequence: GLYMA15G11670.1 (Glycine max), 5'ss of exon 12
TACATCCTGAAGGTTGGTGAGGGAACTGCTACCCAGTGCATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtaaattatccacctctcagagcgtttttgcat----ttttcaccat--caatgacccttt--ttgtgtagcat---gtactgctcaaacagaacaat---tgcataagtaatc---
|| || |||||||| ||||| ||  |||   |||| ||||| ||||| || || ||| ||||  |||||||||||||||||||||| ||||| |   |    |  | | |     ||||| |         || ||  || | ||| |||  |||||  ||||    ||    ||  ||  ||       ||||| |  |||    
TATATACTGAAGGTGGGTGAAGGTCCTGAAGCCCAATGCATTAGTGGCTTTACTGCTTTGGATGTTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTATGgtacaaactatgacattaaaatttaatttgcttgaggcacatactatggcatttaccttttaattgtgatgcatttgatatgattctcacttaatggcacatgcatcataaatgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86837657|gb|CI345830.1|CI345830
EST:     ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGTTCCTCTCTG                         GATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
genomic: ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtaaattatc ... gctgttgcagGATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
EST: gi|88848279|gb|CI086801.1|CI086801
EST:     ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
genomic: ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtaaattatc ... gctgttgcagGATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
EST: gi|88961195|gb|CI096599.1|CI096599
EST:     ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
genomic: ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtaaattatc ... gctgttgcagGATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
EST: gi|89162364|gb|CI104692.1|CI104692
EST:     ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
genomic: ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtaaattatc ... gctgttgcagGATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
EST: gi|66919051|gb|CX105899.1|CX105899
EST:     ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
genomic: ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtaaattatc ... gctgttgcagGATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
EST: gi|86490999|gb|CI133632.1|CI133632
EST:     ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
genomic: ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtaaattatc ... gctgttgcagGATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
EST: gi|86823254|gb|CI254102.1|CI254102
EST:     ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
genomic: ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtaaattatc ... gctgttgcagGATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
EST: gi|88990622|gb|CI108009.1|CI108009
EST:     ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
genomic: ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtaaattatc ... gctgttgcagGATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
EST: gi|88260092|gb|CI361593.1|CI361593
EST:     ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
genomic: ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtaaattatc ... gctgttgcagGATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
EST: gi|89175124|gb|CI111643.1|CI111643
EST:     ATCAGTGGATTCACAGCTATAGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
genomic: ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtaaattatc ... gctgttgcagGATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
EST: gi|89163381|gb|CI100271.1|CI100271
EST:     ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
genomic: ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtaaattatc ... gctgttgcagGATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
EST: gi|88502618|gb|CI430124.1|CI430124
EST:     ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
genomic: ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtaaattatc ... gctgttgcagGATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
EST: gi|88262487|gb|CI366261.1|CI366261
EST:     ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCT-                         GATCTTGGGAGATGTCTTTAT-GGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
genomic: ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtaaattatc ... gctgttgcagGATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
EST: gi|89174577|gb|CI110775.1|CI110775
EST:     ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
genomic: ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtaaattatc ... gctgttgcagGATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
EST: gi|89174564|gb|CI110762.1|CI110762
EST:     ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
genomic: ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtaaattatc ... gctgttgcagGATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
EST: gi|88512430|gb|CI439936.1|CI439936
EST:     ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
genomic: ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtaaattatc ... gctgttgcagGATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
EST: gi|88967838|gb|CI098080.1|CI098080
EST:     ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
genomic: ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtaaattatc ... gctgttgcagGATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
EST: gi|15849953|gb|BI798229.1|BI798229
EST:     ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
genomic: ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtaaattatc ... gctgttgcagGATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
EST: gi|88525445|gb|CI453986.1|CI453986
EST:     ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
genomic: ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtaaattatc ... gctgttgcagGATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
EST: gi|15847030|gb|BI795306.1|BI795306
EST:     ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
genomic: ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtaaattatc ... gctgttgcagGATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
EST: gi|2799539|gb|AA752528.1|AA752528
EST:     ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTVGTGGTCCTCTSNG                         GATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGGRGCCTACCATACCGT
genomic: ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtaaattatc ... gctgttgcagGATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGA-GCCTACCATACCGT
EST: gi|86485963|gb|CI128596.1|CI128596
EST:     ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
genomic: ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtaaattatc ... gctgttgcagGATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
EST: gi|15848544|gb|BI796820.1|BI796820
EST:     ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
genomic: ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtaaattatc ... gctgttgcagGATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
EST: gi|86491950|gb|CI134583.1|CI134583
EST:     ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
genomic: ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtaaattatc ... gctgttgcagGATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
EST: gi|89165697|gb|CI102787.1|CI102787
EST:     ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
genomic: ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtaaattatc ... gctgttgcagGATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
EST: gi|86428765|gb|CI075446.1|CI075446
EST:     ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GGTCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
genomic: ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtaaattatc ... gctgttgcagGATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
EST: gi|86435036|gb|CI106269.1|CI106269
EST:     ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
genomic: ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtaaattatc ... gctgttgcagGATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
EST: gi|88835718|gb|CI370823.1|CI370823
EST:     ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
genomic: ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtaaattatc ... gctgttgcagGATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
EST: gi|88251440|gb|CI349868.1|CI349868
EST:     ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
genomic: ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtaaattatc ... gctgttgcagGATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
EST: gi|88289223|gb|CI553199.1|CI553199
EST:     ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
genomic: ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtaaattatc ... gctgttgcagGATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
EST: gi|88515707|gb|CI443361.1|CI443361
EST:     ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
genomic: ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtaaattatc ... gctgttgcagGATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
EST: gi|88956423|gb|CI092685.1|CI092685
EST:     ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
genomic: ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtaaattatc ... gctgttgcagGATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
EST: gi|3762082|gb|C99330.1|C99330
EST:     ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
genomic: ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtaaattatc ... gctgttgcagGATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
EST: gi|88468051|gb|CI517510.1|CI517510
EST:     ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
genomic: ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtaaattatc ... gctgttgcagGATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
EST: gi|15849091|gb|BI797353.1|BI797353
EST:     ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
genomic: ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtaaattatc ... gctgttgcagGATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
EST: gi|86485865|gb|CI128498.1|CI128498
EST:     ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
genomic: ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtaaattatc ... gctgttgcagGATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
EST: gi|88551666|gb|CI481744.1|CI481744
EST:     ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
genomic: ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtaaattatc ... gctgttgcagGATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
EST: gi|86492539|gb|CI135172.1|CI135172
EST:     ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GACCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
genomic: ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtaaattatc ... gctgttgcagGATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
EST: gi|86483624|gb|CI126257.1|CI126257
EST:     ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
genomic: ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtaaattatc ... gctgttgcagGATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
EST: gi|88262344|gb|CI366118.1|CI366118
EST:     ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
genomic: ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtaaattatc ... gctgttgcagGATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
EST: gi|89162553|gb|CI099245.1|CI099245
EST:     ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
genomic: ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtaaattatc ... gctgttgcagGATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
EST: gi|89165391|gb|CI102481.1|CI102481
EST:     ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
genomic: ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtaaattatc ... gctgttgcagGATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
EST: gi|88544497|gb|CI472600.1|CI472600
EST:     ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCCTGGTCCTCTCTG                         GATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
genomic: ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtaaattatc ... gctgttgcagGATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
EST: gi|86489443|gb|CI132076.1|CI132076
EST:     GTCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
genomic: ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtaaattatc ... gctgttgcagGATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
EST: gi|89181833|gb|CI113339.1|CI113339
EST:     ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG
genomic: ATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtaaattatc ... gctgttgcagGATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 74 (upstream exon), 31 (downstream exon)
Score: 8

TACATCCTGAAGGTTGGTGAGGGAACTGCTACCCAGTGCATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtaaattatc ... gctgttgcagGATCTTGGGAGATGTCTTTATGGGAGCCTACCATACCGTGTTTGACTATGGCAACCTGAAGGTTGGCTTCGCAGAGGCGGCATAATGCCCCCCATGGTGA




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TACATCCTGAAGGTTGGTGAGGGAACTGCTACCCAGTGCATCAGTGGATTCACAGCTATGGACATTCCTCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtaaattatccacctctcagagcgtttttgcatttttcaccatcaatgaccctttttgtgtagcatgtactgctcaaacagaacaattgcataagtaatc

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTCCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTCCTC