Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATGCACAGGATCTTGGCATTTCTATTGAACTTCTTCCCTTGAGTCACCCTGATGAGGTGTTCAATGTATCTCAATTCTATGCTgtatgtctacacacctttgacatatatttgttatgctcccccctccccccatttcttctgttaattgatactaattatatgatttattcatgcttacttatcaattgtatgtcttttag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G39280.1
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G39280.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os07g08729.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
GATGCACAGGATCTTGGCATTTCTATTGAACTTCTTCCCTTGAGTCACCCTGATGAGGTGTTCAATGTATCTCAATTCTATGCTgtatgtctacacacctttgacatatatttgttatgctcccccctccccccatttcttctgttaattgatactaattatatgatttattcatgcttacttatcaattgtatgtcttttag
|||||||| ||||||||| | || |||||||||||||| ||||||   || ||||||| ||||||  | || |  || ||||| |||  |||     | |||  || |||||      ||  |||  |       || |  | | |||   | ||  |||                                           
GATGCACAAGATCTTGGCCTGTCCATTGAACTTCTTCCTTTGAGTAGGCCCGATGAGGAGTTCAACATGTCCCTGTTTTATGCAgtaaatct-----cttttatcacatatt----gcgcaacccttttaa---gttccaacggctaaacaacacctatttcccag-------------------------------------

upper sequence: GLYMA20G39280.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
lower sequence: GRMZM2G414496_T07 (Zea mays), 5'ss of exon 7
GATGCACAGGATCTTGGCATTTCTATTGAACTTCTTCCCTTGAGTCACCCTGATGAGGTGTTCAATGTATCTCAATTCTATGCTgtatgtctacacacctttgacatatatttgttatgctcccccctccccccatttcttctgttaattgatactaattatatgatttattcatgcttacttatcaattgtatgtcttttag
|||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||  |||| |  ||||||||   ||||||  | || |  || ||||| ||| |||| ||             || ||||| |  | ||   || |    |     ||| | |   ||   ||||                                           
GATGCACAAGATCTTGGCCTGTCTATTGAACTTCTTCCACTGAGCCCGCCTGATGACCAGTTCAACATGTCCCTGTTTTATGCAgtaagtctcca-------------taattgttttttttccttttctctatgtgctaactgctgaacaatttcaattgcccag-------------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18040442|gb|BM308736.1|BM308736
EST:     TTCCCTTGAGTCACCCTGATGAGGTGTTCAATGTATCTCAATTCTATGCT                         GATTTGATTGNGTTGGAAGGAGATGATCTTGTAGACTTTATGCCATCAGCA
genomic: TTCCCTTGAGTCACCCTGATGAGGTGTTCAATGTATCTCAATTCTATGCTgtatgtctac ... tgtcttttagGATTTGATTGGGTTGGAAGGAGATGATCTTGTAGACTTTATGCCATCAGCA