Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...atgtaaattagacagttcactgctgttaatttgctaaatcatggaacctctatgcttgttgtttagtgacttacagatattatttctttttaattggcagCCTATCCTTGTCTATATGTCCAAGGTGGATGGGAAATTCAATTTTAGCCCAATTAGTGTTAATTTTTTGACCGAGATTACAAAGGTTTTCTTTGCTATTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G39020.3
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|19934510|gb|BQ079540.1|BQ079540
EST:     CTCAACGTCTTTTTGGTCGTTGGTGATTGTGTTCTAGTTGGCTTCCAG                         CCTATCCTTGTCTATATGTCCAAGGTGGATGGGAAATTCAATTTTAGCCCA
genomic: CTCAACGTCTTTTTGGTCGTTGGTGATTGTGTTCTAGTTGGCTTCCAGgtgatcttct ... taattggcagCCTATCCTTGTCTATATGTCCAAGGTGGATGGGAAATTCAATTTTAGCCCA
EST: gi|213598689|gb|DB958189.1|DB958189
EST:     CACTCAACGTCTTTTTGGTCGTTGGTGATTGTGTTCTAGTTGGCTTCCAG                         CCTATCCTTGTCTATATGTCCAAGGTGGATGGGAAATTCAATTTTAGCCCA
genomic: CACTCAACGTCTTTTTGGTCGTTGGTGATTGTGTTCTAGTTGGCTTCCAGgtgatcttct ... taattggcagCCTATCCTTGTCTATATGTCCAAGGTGGATGGGAAATTCAATTTTAGCCCA
EST: gi|192326776|gb|FK018903.1|FK018903
EST:     CACTCAACGTCTTTTTGGTCGTTGGTGATTGTGTTCTAGTTGGCTTCCAG                         CCTATCCTTGTCTATATGTCCAAGGTGGATGGGAAATTCAATTTTAGCCCA
genomic: CACTCAACGTCTTTTTGGTCGTTGGTGATTGTGTTCTAGTTGGCTTCCAGgtgatcttct ... taattggcagCCTATCCTTGTCTATATGTCCAAGGTGGATGGGAAATTCAATTTTAGCCCA
EST: gi|192298860|gb|FG987605.1|FG987605
EST:     CACTCAACGTCTTTTTGGTCGTTGGTGATTGTGTTCTAGTTGGCTTCCAG                         TCTATCCTTGTCTATATGTCCAAGGTGGATGGGAAATTCAATTTTAGCCCA
genomic: CACTCAACGTCTTTTTGGTCGTTGGTGATTGTGTTCTAGTTGGCTTCCAGgtgatcttct ... taattggcagCCTATCCTTGTCTATATGTCCAAGGTGGATGGGAAATTCAATTTTAGCCCA
EST: gi|21993638|gb|BQ785166.1|BQ785166
EST:     CACTCAACGTCTTTTTGGTCGTTGGTGATTGTGTTCTAGTTGGCTTCCAG                         CCTATCCTTGTCTATATGTCCAAGGTGGATGGGAAATTCAATTTTAGCCCA
genomic: CACTCAACGTCTTTTTGGTCGTTGGTGATTGTGTTCTAGTTGGCTTCCAGgtgatcttct ... taattggcagCCTATCCTTGTCTATATGTCCAAGGTGGATGGGAAATTCAATTTTAGCCCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

acctctatgcttgttgtttagtgacttacagatattatttctttttaattggcagCCTATCCTTGTCTATATGTCCAAGGTGGATGGGAAATTCAATTTTAGCCCAATTAGTGTTAATTTTTTGACCGAGATTACAAAGGTTTTCTTTGCTATTG
                                tattatttcttttt  CT-rich tract
                       acttacagatattatt  TA-rich tract