1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...ttcttgtttgataaagttcatgtatctatatgctttttagctcgaggcagctttctttagatttttctgaatcctaaattagctttttcttatattttagATGAGTATGAAGCTATCAGTTGCTGATGGGCATCTTTGTAACATGGGAAGGATGATTGAAGAAATGGAGAGTAAGCTGAGGAACTCACTAGATCAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA20G31170.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATAATGAGTCATCCGGAACTTTCAGTTTATCTGGTTCAATTAGGCGTCAG ATGAGTATGAAGCTATCAGTTGCTGATGGGCATCTTTGTAACATGGGAAGGEST: gi|208131590|gb|GD930727.1|GD930727
genomic: ATAATGAGTCATCCGGAACTTTCAGTTTATCTGGTTCAATTAGGCGTCAGgcacgttcaa ... tatattttagATGAGTATGAAGCTATCAGTTGCTGATGGGCATCTTTGTAACATGGGAAGG
EST: ATAATGAGTCATCCGGAACTTTCAGTTTATCTGGTTCAATTAGGCGTCAG ATGAGTATGAAGCTATCAGTTGCTGATGGGCATCTTTGTAACATGGGAAGGEST: gi|208081444|gb|GD884324.1|GD884324
genomic: ATAATGAGTCATCCGGAACTTTCAGTTTATCTGGTTCAATTAGGCGTCAGgcacgttcaa ... tatattttagATGAGTATGAAGCTATCAGTTGCTGATGGGCATCTTTGTAACATGGGAAGG
EST: ATAATGAGTCATCCGGAACTTTCAGTTTATCTGGTTCAATTAGGCGTCAG ATGAGTATGAAGCTATCAGTTGCTGATGGGCATCTTTGTAACATGGGAAGGEST: gi|192303572|gb|FG995950.1|FG995950
genomic: ATAATGAGTCATCCGGAACTTTCAGTTTATCTGGTTCAATTAGGCGTCAGgcacgttcaa ... tatattttagATGAGTATGAAGCTATCAGTTGCTGATGGGCATCTTTGTAACATGGGAAGG
EST: ATAATGAGTCATCCGGAACTTTCAGTTTATTTGGTTCAATTAGGCGTCAG ATGAGTATGAAGCTATCAGTTGCTGATGGGCATCTTTGTAACATGGGAAGGEST: gi|193582704|gb|FK537386.1|FK537386
genomic: ATAATGAGTCATCCGGAACTTTCAGTTTATCTGGTTCAATTAGGCGTCAGgcacgttcaa ... tatattttagATGAGTATGAAGCTATCAGTTGCTGATGGGCATCTTTGTAACATGGGAAGG
EST: ATAATGAGTCATCCGGAACTTTCAGTTTATCTGGTTCAATTAGGCGTCAG ATGAGTATGAAGCTATCAGTTGCTGATGGGCATCTTTGTEST: gi|193627616|gb|FK576300.1|FK576300
genomic: ATAATGAGTCATCCGGAACTTTCAGTTTATCTGGTTCAATTAGGCGTCAGgcacgttcaa ... tatattttagATGAGTATGAAGCTATCAGTTGCTGATGGGCATCTTTGT
EST: ATAATGAGTCATCCGGAACTTTCAGTTTATCTGGTTCAATTAGGCGTCAG ATGAGTATGAAGCTATC
genomic: ATAATGAGTCATCCGGAACTTTCAGTTTATCTGGTTCAATTAGGCGTCAGgcacgttcaa ... tatattttagATGAGTATGAAGCTATC
ggcagctttctttagatttttctgaatcctaaattagctttttcttatattttagATGAGTATGAAGCTATCAGTTGCTGATGGGCATCTTTGTAACATGGGAAGGATGATTGAAGAAATGGAGAGTAAGCTGAGGAACTCACTAGATCAG
tcctaaa putative branch site (score: 2)
ctttttcttatatttt putative PPT
taaattagctttttct TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttcttgtttgataaagttcatgtatctatatgctttttagctcgaggcagctttctttagatttttctgaatcctaaattagctttttcttatattttagATGAGTATGAAGCTATCAGTTGCTGATGGGCATCTTTGTAACATGGGAAGGATGATTGAAGAAATGGAGAGTAAGCTGAGGAACTCACTAGATCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA
- -ttgtttg
- - - - - - - - - catgtat
- - - - - - - - - - - - - tatatgc