1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
...gacaggtgagatggaaatttcagactgaaaaccttgtactaagtttttgaacacctttattgtttctgatttgatgattggtttgcacatatcttttcagGACCTGAATATTGGAATTGCTTTATGGCTTGCTGCTGGTGGTGATGGATGGGTATCTGATGCAAATACATATGATAATGATGGCAATCATGTACGAATTA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA20G03040.1 |
intron # | 9 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCGAAACTAGTCATGTTATGTCCCTCATAAATCCTGCCAACACCTACATG GACCTGAATATTGGAATTGCTTTATGGCTTGCTGCTGGTGGTGATGGATGGEST: gi|4397242|gb|AI496239.1|AI496239
genomic: TCGAAACTAGTCATGTTATGTCCCTCATAAATCCTGCCAACACCTACATGgtactaatta ... atcttttcagGACCTGAATATTGGAATTGCTTTATGGCTTGCTGCTGGTGGTGATGGATGG
EST: TCGAAACTAGTCATGTTATGTCCCTCATAAATCCTGCCAACACCTACATG GACCTGAATATTGGAATTGCTTTATGGCTTGCTGCTGGTGGTGATGGATGGEST: gi|120529547|gb|EH257681.1|EH257681
genomic: TCGAAACTAGTCATGTTATGTCCCTCATAAATCCTGCCAACACCTACATGgtactaatta ... atcttttcagGACCTGAATATTGGAATTGCTTTATGGCTTGCTGCTGGTGGTGATGGATGG
EST: TCGAAACTAGTCATGTTATGTCCCTCATAAATCCTGCCAACACCTACATG GACCTGAATATTGGAATTGCTTTATGGCTTGCTGCTGGTGGTGATGGATGGEST: gi|23064094|gb|BU578867.1|BU578867
genomic: TCGAAACTAGTCATGTTATGTCCCTCATAAATCCTGCCAACACCTACATGgtactaatta ... atcttttcagGACCTGAATATTGGAATTGCTTTATGGCTTGCTGCTGGTGGTGATGGATGG
EST: TCGAAACTAGTCATGTTATGTCCCTCATAAATCCTGCCAACACCTACATG GACCTGAATATTGGAATTGCTTTATGGCTTGCTGCTGGTGGTGATGGATGG
genomic: TCGAAACTAGTCATGTTATGTCCCTCATAAATCCTGCCAACACCTACATGgtactaatta ... atcttttcagGACCTGAATATTGGAATTGCTTTATGGCTTGCTGCTGGTGGTGATGGATGG
tttgaacacctttattgtttctgatttgatgattggtttgcacatatcttttcagGACCTGAATATTGGAATTGCTTTATGGCTTGCTGCTGGTGGTGATGGATGGGTATCTGATGCAAATACATATGATAATGATGGCAATCATGTACGAATTA
tatcttttc CT-rich tract
tttattgttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gacaggtgagatggaaatttcagactgaaaaccttgtactaagtttttgaacacctttattgtttctgatttgatgattggtttgcacatatcttttcagGACCTGAATATTGGAATTGCTTTATGGCTTGCTGCTGGTGGTGATGGATGGGTATCTGATGCAAATACATATGATAATGATGGCAATCATGTACGAATTA
- - - - - - - - - - - gactgaa
- - - - - - - - - - - - - - - -ccttgta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgatgat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcacat