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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTCCTGCCTTTGATTACTTAGAGAATGCTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGGgtaagttgaaatcaagagccttgaaaatgttccgtttgaattaactctattatctatccacctgcaagaaattatgtaagatgaatgataatacccatgagtccatgactatagtttttttctcatatgatgagttgttaatgcttgtgatgatcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G36080.1
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|19270375|gb|BM886631.1|BM886631
EST:     CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGG                         GTGGATATTGCTTAT
genomic: CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGGgtaagttgaa ... tgatgatcagGTGGATATTGCTTAT
EST: gi|58023997|gb|CX710738.1|CX710738
EST:     CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGG                         GTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
genomic: CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGGgtaagttgaa ... tgatgatcagGTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
EST: gi|254332641|gb|GR844011.1|GR844011
EST:     CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGG                         GTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
genomic: CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGGgtaagttgaa ... tgatgatcagGTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
EST: gi|192312967|gb|FK003633.1|FK003633
EST:     CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGG                         GTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
genomic: CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGGgtaagttgaa ... tgatgatcagGTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
EST: gi|193464057|gb|FK427897.1|FK427897
EST:     CTTTCTTGGTCAATTCAGCTGG                         GTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
genomic: CTTTCTTGGTCAATTCAGCTGGgtaagttgaa ... tgatgatcagGTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
EST: gi|193646933|gb|FK593070.1|FK593070
EST:     CTTTCTTGGTCAATTCAGCTGG                         GTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
genomic: CTTTCTTGGTCAATTCAGCTGGgtaagttgaa ... tgatgatcagGTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
EST: gi|213590581|gb|DB973326.1|DB973326
EST:     CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGG                         GTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
genomic: CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGGgtaagttgaa ... tgatgatcagGTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
EST: gi|17021919|gb|BM092953.1|BM092953
EST:     CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGG                         GTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
genomic: CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGGgtaagttgaa ... tgatgatcagGTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
EST: gi|13252020|gb|BG362914.1|BG362914
EST:     CTCTTGGTAAATTTGCTGATGGGCCATCCTTTCTTGGTCAAATCACCTGG                         GTGGAAATTGC
genomic: CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGGgtaagttgaa ... tgatgatcagGTGGATATTGC
EST: gi|6071286|gb|AW100673.1|AW100673
EST:     CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGG                         GTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
genomic: CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGGgtaagttgaa ... tgatgatcagGTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
EST: gi|12689917|gb|BG156253.1|BG156253
EST:     CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGG                         GTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
genomic: CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGGgtaagttgaa ... tgatgatcagGTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
EST: gi|151412174|gb|EV281986.1|EV281986
EST:     CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGG                         GTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
genomic: CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGGgtaagttgaa ... tgatgatcagGTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
EST: gi|207691432|gb|GD675737.1|GD675737
EST:     CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGG                         GTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
genomic: CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGGgtaagttgaa ... tgatgatcagGTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
EST: gi|254313549|gb|GR831178.1|GR831178
EST:     CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGG                         GTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
genomic: CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGGgtaagttgaa ... tgatgatcagGTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
EST: gi|192318324|gb|FK011008.1|FK011008
EST:     CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGG                         GTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
genomic: CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGGgtaagttgaa ... tgatgatcagGTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
EST: gi|208317705|gb|GE112370.1|GE112370
EST:     CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGG                         GTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
genomic: CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGGgtaagttgaa ... tgatgatcagGTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
EST: gi|192326240|gb|FK015832.1|FK015832
EST:     CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGG                         GTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
genomic: CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGGgtaagttgaa ... tgatgatcagGTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
EST: gi|7234135|gb|AW569475.1|AW569475
EST:     CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGG                         GTGGATATTGCTTATGTTCCATATGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
genomic: CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGGgtaagttgaa ... tgatgatcagGTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
EST: gi|193678572|gb|FK615364.1|FK615364
EST:     CTTTCTTGGTCAATTCAGCTGG                         GTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
genomic: CTTTCTTGGTCAATTCAGCTGGgtaagttgaa ... tgatgatcagGTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
EST: gi|6666516|gb|AW277910.1|AW277910
EST:     CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGG                         GTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
genomic: CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGGgtaagttgaa ... tgatgatcagGTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
EST: gi|213600537|gb|DB960085.1|DB960085
EST:     CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGG                         GTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
genomic: CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGGgtaagttgaa ... tgatgatcagGTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
EST: gi|10238202|gb|BE807090.1|BE807090
EST:     CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTCCTTGGTCAATTCAGCTGG                         GTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
genomic: CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGGgtaagttgaa ... tgatgatcagGTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
EST: gi|209727125|gb|BW663267.1|BW663267
EST:     CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGG                         GTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGT
genomic: CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGGgtaagttgaa ... tgatgatcagGTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGT
EST: gi|37995424|gb|CF807013.1|CF807013
EST:     TTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGG                         GTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
genomic: TTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGGgtaagttgaa ... tgatgatcagGTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
EST: gi|254332640|gb|GR844010.1|GR844010
EST:     CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGG                         GTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
genomic: CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGGgtaagttgaa ... tgatgatcagGTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
EST: gi|192318325|gb|FK011009.1|FK011009
EST:     CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGG                         GTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
genomic: CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGGgtaagttgaa ... tgatgatcagGTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
EST: gi|9204038|gb|BE330262.1|BE330262
EST:     CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGG                         GTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAA-GAATCCCGCTCGTCTTTTGC
genomic: CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGGgtaagttgaa ... tgatgatcagGTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTT-GC
EST: gi|151406211|gb|EV276026.1|EV276026
EST:     CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGG                         GTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
genomic: CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGGgtaagttgaa ... tgatgatcagGTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
EST: gi|58024173|gb|CX710914.1|CX710914
EST:     CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGG                         GTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
genomic: CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGGgtaagttgaa ... tgatgatcagGTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
EST: gi|19452928|gb|BM954338.1|BM954338
EST:     CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGG                         GTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
genomic: CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGGgtaagttgaa ... tgatgatcagGTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
EST: gi|213602694|gb|DB978109.1|DB978109
EST:     CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGG                         ATGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
genomic: CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGGgtaagttgaa ... tgatgatcagGTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
EST: gi|10254921|gb|BE822687.1|BE822687
EST:     CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGNNCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGG                         GTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
genomic: CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGGgtaagttgaa ... tgatgatcagGTGGATATTGCTTATGTTCCATTTGTTGAAAGATTCCAGCTCGTCTTTGCT
EST: gi|298180090|gb|HO025305.1|HO025305
EST:     CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGG                         GTGGATATTGCTTA
genomic: CTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGGgtaagttgaa ... tgatgatcagGTGGATATTGCTTA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTCCTGCCTTTGATTACTTAGAGAATGCTCTTGGTAAATTTGGTGATGGGCCATTCTTTCTTGGTCAATTCAGCTGGgtaagttgaaatcaagagccttgaaaatgttccgtttgaattaactctattatctatccacctgcaagaaattatgtaagatgaatgataatacccatgagtccatgactatagtttttttctcatatgatgagttgttaatgcttgtgatgatcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG