Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ggtaatgttacggttgcattttgcagcctttcatttgtttaatgtttgttttgcatccacactgtctctctggtttattcatataactgattttgtaatttgtgcctgcaGGAACTTATTGCTAAGAGTATTGAATCTTCAGACCTTAACTTTTCAAGATACGGTGACACCTTTTTTGA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G47780.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA18G47780.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G012416_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 3
ggtaatgttacggttgcattttgcagcctttcatttgtttaatgtttgttttgcatccacactgtctctctggtttattcatataactgattttgta-atttgtgcctgcaGGAACTTATTGCTAAGAGTATTGAATCTTCAGACCTTAACTTTTCAAGATACGGTGACACCTTTTTTGA-
      | ||       | |     | |    | | ||||  | |||    ||| |  ||  | | |   || |  |||    |  ||  | |   | | || |     ||||||||| | || || ||||| || ||||||||||| ||||| ||| | |||||||||||||||||||| 
------gctattcagaaactaaatggaccaagact-gtttggtattt----tgcttttac-ttctttgattgatgcattttgtttgctattctcaaatacttttattatcagGAACTTGTCGCCAAAAGTATCGAGTCTTCAGACCTCAACTTCTCACGTTACGGTGACACCTTTTTTGAG

upper sequence: GLYMA18G47780.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM5G877316_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 3
ggtaatgttacggttgcattttgcagcctttcatttgtttaatgtttgttttgcatccacactgtctctctggtttattcatataactgattttgtaatttgtgcctgcaGGAACTTATTGCTAAGAGTATTGAATCTTCAGACCTTAACTTTTCAAGATACGGTGACACCTTTTTTGA-
  ||    |  || | ||   ||    |    |  ||||| || ||| | ||  |       ||| ||  || |  | |  |||  |  ||| |  | ||| ||    ||||||||  | || || |||||||| ||||| ||||| ||||| ||| | |||||||||||||||||||| 
-atagctatcaggatccaaactga---ccgagaactgtttgatatttttcttttact-----tgtttcattgatgcagttttatgcc--attctcaattttttgttaccagGAACTCGTCGCCAAAAGTATTGAGTCTTCCGACCTCAACTTCTCACGTTACGGTGACACCTTTTTTGAG

upper sequence: GLYMA18G47780.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT5G36230.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
ggtaatgttacggttgcattttgcagcctttcatttgtttaatgtttgttttgcatccacactgtctctctggtttattcatataactgattttgtaatttgtgcctgcaGGAACTTATTGCTAAGAGTATTGAATCTTCAGACCTTAACTTTTCAAGATACGGTGACACCTTTTTTGA-
            || | |||     |  | |    | ||||     || ||||         ||| | |    || | | |||| || | || | |  || ||      |||||||| |||| || |||||||| || ||||||||||| ||  ||||||| ||||||| ||| ||||| 
------------gtaggatt----ggtgtctagaatttttatgtcatgctttgatctggagatgtgtttgcacttaacttatattac-gcttgtttgcttggttt----agGAACTTGTTGCCAAAAGTATTGAGTCATCAGACCTTAATTTCACAAGATATGGTGACATCTTCTTTGAG

upper sequence: GLYMA18G47780.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv04s0023g00670.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
ggtaatgttacggttgcattttgcagcctttcatttgtttaatgtttgttttgcatccacactgtctctctggtttattcatataactgattttgtaatttgtgcctgcaGGAACTTATTGCTAAGAGTATTGAATCTTCAGACCTTAACTTTTCAAGATACGGTGACACCTTTTTTGA-
                      | |   |||| | ||| | |  |    | ||  |      | || |  |    | ||  |  | || || | | ||||| |   ||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| 
----------------------gtaatttttcctgtgtctgaaatcctatatgt-tttgtgtt-tcaccttatcattttggtgcagctaatatggcaatttctaaatgcagGAACTTATCGCTAAAAGCATTGAATCTTCAGACCTTAACTTCTCTAGATACGGTGACACCTTTTTTGAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|120531863|gb|EH259996.1|EH259996
EST:     GCATTCTCGGATGCAGTGGTCCAGATTTATTTGGATAATGCTGGTGATCT                         GGAACTTATTGCTAAGAGTATTGAATCTTCAGACCTTAACTTTTCAAGATA
genomic: GCATTCTCGGATGCAGTGGTCCAGATTTATTTGGATAATGCTGGTGATCTggtaatgtta ... tgtgcctgcaGGAACTTATTGCTAAGAGTATTGAATCTTCAGACCTTAACTTTTCAAGATA
EST: gi|23727845|gb|BU761958.1|BU761958
EST:     GCATTCTCGGATGCAGTGGTCCAGATTTATTTGGATAATGCTGGTGATCT                         GGAACTTATTGCTAAGAGTATTGAATCTTCAGACCTTAACTTTTCAAGATA
genomic: GCATTCTCGGATGCAGTGGTCCAGATTTATTTGGATAATGCTGGTGATCTggtaatgtta ... tgtgcctgcaGGAACTTATTGCTAAGAGTATTGAATCTTCAGACCTTAACTTTTCAAGATA
EST: gi|21889224|gb|BQ742437.1|BQ742437
EST:     GCATTCTCGGATGCAGTGGTCCAGATTTATTTGGATAATGCTGGTGATCT                         GGAACTTATTGCTAAGAGTATTGAATCTTCAGACCTTAACTTTTCAAGATA
genomic: GCATTCTCGGATGCAGTGGTCCAGATTTATTTGGATAATGCTGGTGATCTggtaatgtta ... tgtgcctgcaGGAACTTATTGCTAAGAGTATTGAATCTTCAGACCTTAACTTTTCAAGATA
EST: gi|10233547|gb|BE802435.1|BE802435
EST:     GCATTCTCGGATGCAGTGGTCCAGATTTATTTGGATAATGCTGGTGATCT                         GGAACTTATTGCTAAGAGTATTGAATCTTCAGACCTTAACTTTTCAAGATA
genomic: GCATTCTCGGATGCAGTGGTCCAGATTTATTTGGATAATGCTGGTGATCTggtaatgtta ... tgtgcctgcaGGAACTTATTGCTAAGAGTATTGAATCTTCAGACCTTAACTTTTCAAGATA
EST: gi|10709161|gb|BF008885.1|BF008885
EST:     GCATTCTCGGATGCAGTGGTCCAGATTTATTTGGATAATGCTGGTGATCT                         GGAACTTATTGCTAAGAGTATTGAATCTTCAGACCTTAACTTTTCAAGATA
genomic: GCATTCTCGGATGCAGTGGTCCAGATTTATTTGGATAATGCTGGTGATCTggtaatgtta ... tgtgcctgcaGGAACTTATTGCTAAGAGTATTGAATCTTCAGACCTTAACTTTTCAAGATA
EST: gi|17963939|gb|BM270682.1|BM270682
EST:     GCATTCTCGGATGCAGTGGTCCAGATTTATTTGGATAATGCTGGTGATCT                         GGAACTTATTGCTAAGAGTATTGAATCTTCAGACCTTAACTTTTCAAGATA
genomic: GCATTCTCGGATGCAGTGGTCCAGATTTATTTGGATAATGCTGGTGATCTggtaatgtta ... tgtgcctgcaGGAACTTATTGCTAAGAGTATTGAATCTTCAGACCTTAACTTTTCAAGATA
EST: gi|4292136|gb|AI437719.1|AI437719
EST:     GCATTCTCGGATGCAGTGGTCCAGATTTATTTGGATAATGCTGGTGATCT                         GGAACTTATTGCTAAGAGTATTGAATCTTCAGACCTTAACTTTTCAAGATA
genomic: GCATTCTCGGATGCAGTGGTCCAGATTTATTTGGATAATGCTGGTGATCTggtaatgtta ... tgtgcctgcaGGAACTTATTGCTAAGAGTATTGAATCTTCAGACCTTAACTTTTCAAGATA
EST: gi|14126644|gb|BG791082.1|BG791082
EST:     GCATTCTCGGATGCAGTGGTCCAGATTTATTTGGATAATGCTGGTGATCT                         GGAACTTATTGCTAAGAGTATTGAATCTTCAGACCTTAACTTTTCAAGATA
genomic: GCATTCTCGGATGCAGTGGTCCAGATTTATTTGGATAATGCTGGTGATCTggtaatgtta ... tgtgcctgcaGGAACTTATTGCTAAGAGTATTGAATCTTCAGACCTTAACTTTTCAAGATA
EST: gi|24135721|gb|BU926231.1|BU926231
EST:     GCATTCTCGGATGCAGTGGTCCAGATTTATTTGGATAATGCTGGTGATCT                         GGAACTTATTGCTAAGAGTATTGAATCTTCAGACCTTAACTTTTCAAGATA
genomic: GCATTCTCGGATGCAGTGGTCCAGATTTATTTGGATAATGCTGGTGATCTggtaatgtta ... tgtgcctgcaGGAACTTATTGCTAAGAGTATTGAATCTTCAGACCTTAACTTTTCAAGATA
EST: gi|23730459|gb|BU763318.1|BU763318
EST:     AGATTTATTTGGATAATGCTGGTGATCT                         GGAACTTATTGCTAAGAGTATTGAATCTTCAGACCTTAACTTTTCAAGATA
genomic: AGATTTATTTGGATAATGCTGGTGATCTggtaatgtta ... tgtgcctgcaGGAACTTATTGCTAAGAGTATTGAATCTTCAGACCTTAACTTTTCAAGATA
EST: gi|14125668|gb|BG790106.1|BG790106
EST:     GCATTCTCGGATGCAGTGGTCCAGATTTATTTGGATAATGCTGGTGATCT                         GGAACTTATTGCTAAGAGTATTGAATCTTCAGACCTTAACTTTTCAAGATA
genomic: GCATTCTCGGATGCAGTGGTCCAGATTTATTTGGATAATGCTGGTGATCTggtaatgtta ... tgtgcctgcaGGAACTTATTGCTAAGAGTATTGAATCTTCAGACCTTAACTTTTCAAGATA
EST: gi|17518498|gb|BM187540.1|BM187540
EST:     GCATTCTCGGATGCAGTGGTCCAGATTTATTTGGATAATGCTGGTGATCT                         GGAACTTATTGCTAAGAGTTTTTTATCTTCAGACCTTAACTTTTCAAGATA
genomic: GCATTCTCGGATGCAGTGGTCCAGATTTATTTGGATAATGCTGGTGATCTggtaatgtta ... tgtgcctgcaGGAACTTATTGCTAAGAGTATTGAATCTTCAGACCTTAACTTTTCAAGATA
EST: gi|19345855|gb|BM890735.1|BM890735
EST:     GCATTCTCGGATGCAGTGGTCCAGATTTATTTGGATAATGCTGGTGATCT                         GGAACTTATTGCTAAGAGTATTGAATCTTCAGACCTTAACTTTTCAAGATA
genomic: GCATTCTCGGATGCAGTGGTCCAGATTTATTTGGATAATGCTGGTGATCTggtaatgtta ... tgtgcctgcaGGAACTTATTGCTAAGAGTATTGAATCTTCAGACCTTAACTTTTCAAGATA
EST: gi|20811794|gb|BQ296272.1|BQ296272
EST:     GCATTCTCGGATGCAGTGGTCCAGATTTATTTGGATAATGCTGGTGATCT                         GGAACTTATTGCTAAGAGTATTGAATCTTCAGACCTTAACTTTTCAAGATA
genomic: GCATTCTCGGATGCAGTGGTCCAGATTTATTTGGATAATGCTGGTGATCTggtaatgtta ... tgtgcctgcaGGAACTTATTGCTAAGAGTATTGAATCTTCAGACCTTAACTTTTCAAGATA
EST: gi|151410055|gb|EV279863.1|EV279863
EST:     GCATTCTCGGATGCAGTGGTCCAGATTTATTTGGATAATGCTGGTGATCT                         GGAACTTATTGCTAAGAGTATTGAATCTTCAGACCTTAACTTTTCAAGATA
genomic: GCATTCTCGGATGCAGTGGTCCAGATTTATTTGGATAATGCTGGTGATCTggtaatgtta ... tgtgcctgcaGGAACTTATTGCTAAGAGTATTGAATCTTCAGACCTTAACTTTTCAAGATA
EST: gi|18039719|gb|BM308013.1|BM308013
EST:     GCATTCTCGGATGCAGTGGTCCAGATTTATTTGGATAATGCTGGTGATCT                         GGAACTTATTGCTAAGAGTATTGAATCTTCAGACCTTAACTTTTCAAGATA
genomic: GCATTCTCGGATGCAGTGGTCCAGATTTATTTGGATAATGCTGGTGATCTggtaatgtta ... tgtgcctgcaGGAACTTATTGCTAAGAGTATTGAATCTTCAGACCTTAACTTTTCAAGATA
EST: gi|11275114|gb|BF325437.1|BF325437
EST:     GCATTCTCGGATGCAGTGGTCCAGATTTATTTGGATAATGCTGGTGATCT                         GGAACTTATTGCTAAGAGTATTGAATCTTCAGACCTTAACTTTTCAAGATA
genomic: GCATTCTCGGATGCAGTGGTCCAGATTTATTTGGATAATGCTGGTGATCTggtaatgtta ... tgtgcctgcaGGAACTTATTGCTAAGAGTATTGAATCTTCAGACCTTAACTTTTCAAGATA
EST: gi|18041364|gb|BM309658.1|BM309658
EST:     GCATTCTCGGATGCAGTGGTCCAGATTTATTTGGATAATGCTGGTGATCT                         GGAACTTATTGCTAAGAGTATTGAATCTTCAGACCTTAACTTTTCAAGATA
genomic: GCATTCTCGGATGCAGTGGTCCAGATTTATTTGGATAATGCTGGTGATCTggtaatgtta ... tgtgcctgcaGGAACTTATTGCTAAGAGTATTGAATCTTCAGACCTTAACTTTTCAAGATA
EST: gi|151394651|gb|EV264522.1|EV264522
EST:     GCATTCTCGGATGCAGTGGTCCAGATTTATTTGGATAATGCTGGTGATCT                         GGAACTTATTGCTAAGAGTATTGAATCTTCAGACCTTAACTTTTCAAGATA
genomic: GCATTCTCGGATGCAGTGGTCCAGATTTATTTGGATAATGCTGGTGATCTggtaatgtta ... tgtgcctgcaGGAACTTATTGCTAAGAGTATTGAATCTTCAGACCTTAACTTTTCAAGATA
EST: gi|120494210|gb|EH222377.1|EH222377
EST:     GCATTCTCGGATGCAGTGGTCCAGATTTATTTGGATAATGCTGGTGATCT                         GGAACTTATTGCTAAGAGTATTGAATCTTCAGACCTTAACTTTTCAAGATA
genomic: GCATTCTCGGATGCAGTGGTCCAGATTTATTTGGATAATGCTGGTGATCTggtaatgtta ... tgtgcctgcaGGAACTTATTGCTAAGAGTATTGAATCTTCAGACCTTAACTTTTCAAGATA
EST: gi|11413000|gb|BF425020.1|BF425020
EST:     GCATTCTCGGATGCAGTGGTCCAGATTTATTTGGATAATGCTGGTGATCT                         GGAACTTATTGCTAAGAGTATTGAATCTTCAGACCTTAACTTTTCAAGATA
genomic: GCATTCTCGGATGCAGTGGTCCAGATTTATTTGGATAATGCTGGTGATCTggtaatgtta ... tgtgcctgcaGGAACTTATTGCTAAGAGTATTGAATCTTCAGACCTTAACTTTTCAAGATA
EST: gi|18041470|gb|BM309764.1|BM309764
EST:     GCATTCTCGGATGCAGTGGTCCAGATTTATTTGGATAATGCTGGTGATCT                         GGAACTTATTGCTAAGAGTATTGAATCTTCAGACCTTAACTTTTCAAGATA
genomic: GCATTCTCGGATGCAGTGGTCCAGATTTATTTGGATAATGCTGGTGATCTggtaatgtta ... tgtgcctgcaGGAACTTATTGCTAAGAGTATTGAATCTTCAGACCTTAACTTTTCAAGATA
EST: gi|209702200|gb|BW673232.1|BW673232
EST:     GCATTCTCGGATGCAGTGGTCCAGATTTATTTGGATAATGCTGGTGATCT                         GGAACTTATTGCTAAGAGTATTGAATCTTCAGACCTTAACTTTTCAAGATA
genomic: GCATTCTCGGATGCAGTGGTCCAGATTTATTTGGATAATGCTGGTGATCTggtaatgtta ... tgtgcctgcaGGAACTTATTGCTAAGAGTATTGAATCTTCAGACCTTAACTTTTCAAGATA
EST: gi|9987802|gb|BE661910.1|BE661910
EST:     GCATTCTCGGATGCAGTGGTCCAGATTTATTTGGATAATGCTGGTGATCT                         GGAACTTATTGCTAAGAGTATTGAATCTTCAGACCTTAACTTTTCAAGATA
genomic: GCATTCTCGGATGCAGTGGTCCAGATTTATTTGGATAATGCTGGTGATCTggtaatgtta ... tgtgcctgcaGGAACTTATTGCTAAGAGTATTGAATCTTCAGACCTTAACTTTTCAAGATA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tccacactgtctctctggtttattcatataactgattttgtaatttgtgcctgcaGGAACTTATTGCTAAGAGTATTGAATCTTCAGACCTTAACTTTTCAAGATACGGTGACACCTTTTTTGA
                             aactgat  putative branch site (score: 3)
                  tttattcatataactg  TA-rich tract