Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGTGCTGACCTTCTTCACACCACTTGTGGGACCCCAAACTATGTTGCCCCTGAGgtaaaattggttatacacatctctaatgtcattctcaaatattgccttgaacttttgctccttttccttttggtgatgggctacttggcttagattaacg...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G12250.2
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA17G12250.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os06g40370.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
GGTGCTGACCTTCTTCACACCACTTGTGGGACCCCAAACTATGTTGCCCCTGAGgtaaaattggttatacacatctctaatgtcattctcaaatattgccttgaacttt--tgctccttttccttttggtgatgggctacttggcttagattaacg---
|| |  | |||||||||||| |||||||| || ||||| |||||||| |||||||||  ||  | | |     |||||| | || |      ||  |   ||||||| |        ||||  ||||||  | | |||| |||  |||| |  ||    
GGAGTAGGCCTTCTTCACACAACTTGTGGAACACCAAATTATGTTGCTCCTGAGgtatgat--gctctctctctctcta-tctc-tcaatgcatggtaaattgaactgtacgaaatgttttttttttggcaaggagctaattga-ttagctacactaca
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|207706500|gb|GD688000.1|GD688000
EST:     CTGACCTTCTTCACACCACTTGTGGGACCCCAAACTATGTTGCCCCTGAG                         GTACTCAGCAATAGAGGATATGATGGTGCAGCAGCTGATGTTTGGTCATGT
genomic: CTGACCTTCTTCACACCACTTGTGGGACCCCAAACTATGTTGCCCCTGAGgtaaaattgg ... tcttttgcagGTACTCAGCAATAGAGGATATGATGGTGCAGCAGCTGATGTTTGGTCATGT
EST: gi|151394038|gb|EV263909.1|EV263909
EST:     CTGACCTTCTTCACACCACTTGTGGGACCCCAAACTATGTTGCCCCTGAG                         GTACTCAGCAATAGAGGATATGATGGTGCAGCAGCTGATGTTTGGTCATGT
genomic: CTGACCTTCTTCACACCACTTGTGGGACCCCAAACTATGTTGCCCCTGAGgtaaaattgg ... tcttttgcagGTACTCAGCAATAGAGGATATGATGGTGCAGCAGCTGATGTTTGGTCATGT
EST: gi|208045634|gb|GD838936.1|GD838936
EST:     CTGACCTTCTTCACACCACTTGTGGGACCCCAAACTATGTTGCCCCTGAG                         GTACTCAGCAATAGAGGATATGATGGTGCAGCAGCTGATGTTTGGTCATGT
genomic: CTGACCTTCTTCACACCACTTGTGGGACCCCAAACTATGTTGCCCCTGAGgtaaaattgg ... tcttttgcagGTACTCAGCAATAGAGGATATGATGGTGCAGCAGCTGATGTTTGGTCATGT