Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttggaaacattttaaatgcccactatccatttatgatcaaatgttttattttgtaagaaaagcacaattttataaattgattttatgatctttggttgaaatttcagCTTGGTTGATTGGTGTTATGCATATTGCAAGTTACGTGATTTTGATATGAACCCACGAGCACATCAAGTTTTTTATTCTGGGTGCCAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G21590.2
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|9566005|gb|BE475576.1|BE475576
EST:     ACTCGTGCAAAGTTCCTTTCAGCTGCATTGGTCACTAACATCATACAAAG                         CTTGGTTGATTGGTGTTATGCATATTGCAAGTTACGTGATTTTGATATGAA
genomic: ACTCGTGCAAAGTTCCTTTCAGCTGCATTGGTCACTAACATCATACAAAGgtttggaaac ... gaaatttcagCTTGGTTGATTGGTGTTATGCATATTGCAAGTTACGTGATTTTGATATGAA
EST: gi|15199487|gb|BI423855.1|BI423855
EST:     ACTCGTGCAAAGTTCCTTTCAGCTGCATTGGTCACTAACATCATACAAAG                         CTTGGTTGATTGGTGTTATGCATATTGCAAGTTACGTGATTTTGATATGAA
genomic: ACTCGTGCAAAGTTCCTTTCAGCTGCATTGGTCACTAACATCATACAAAGgtttggaaac ... gaaatttcagCTTGGTTGATTGGTGTTATGCATATTGCAAGTTACGTGATTTTGATATGAA
EST: gi|192298474|gb|FG988475.1|FG988475
EST:     ACTCGTGCAAAGTTCCTTTCAGCTGCATTGGTCACTAACATCATACAAAG                         CTTGGTTGATTGGTGTTATGCATATTGCAAGTTACGTGATTTTGATATGAA
genomic: ACTCGTGCAAAGTTCCTTTCAGCTGCATTGGTCACTAACATCATACAAAGgtttggaaac ... gaaatttcagCTTGGTTGATTGGTGTTATGCATATTGCAAGTTACGTGATTTTGATATGAA
EST: gi|10843968|gb|BF070884.1|BF070884
EST:     ACTCGTGCAAAGTTCCTTTCAGCTGCATTGGTCACTAACATCATACAAAG                         CTTGGTTGATTGGTGTTATGCATATTGCAAGTTACGTGATTTTGATATGAA
genomic: ACTCGTGCAAAGTTCCTTTCAGCTGCATTGGTCACTAACATCATACAAAGgtttggaaac ... gaaatttcagCTTGGTTGATTGGTGTTATGCATATTGCAAGTTACGTGATTTTGATATGAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtaagaaaagcacaattttataaattgattttatgatctttggttgaaatttcagCTTGGTTGATTGGTGTTATGCATATTGCAAGTTACGTGATTTTGATATGAACCCACGAGCACATCAAGTTTTTTATTCTGGGTGCCAG
                      aattgat  putative branch site (score: 4)
           acaattttataaattg  TA-rich tract