Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTATTCGATACTCTACTAGCTTCATTTCAGAGAACCGTATTGAATGCGTACAAGTCAAAATTTACCCAGgtactgttttgctaatcattactgtttcttacttgtgttatgtttcttgccagtactatttctgtgaaatatgttctcattagtggcgtaaattttgtttcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G21590.2
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|254333248|gb|GR850498.1|GR850498
EST:     CTTCATTTCAGAGAACCGTATTGAATGCGTACAAGTCAAAATTTACCCAG                         TATGTGATGTTCTATGCATGTGGCACTGGGACCCTGAAGGATG
genomic: CTTCATTTCAGAGAACCGTATTGAATGCGTACAAGTCAAAATTTACCCAGgtactgtttt ... tttgtttcagTATGTGATGTTCTATGCATGTG-CACTGG-ACCCTGAAGGATG
EST: gi|193475675|gb|FK439390.1|FK439390
EST:     CTTCATTTCAGAGAACCGTATTGAATGCGTACAAGTCAAAATTT-CCCAG                         TATGTGATGTTCTATG
genomic: CTTCATTTCAGAGAACCGTATTGAATGCGTACAAGTCAAAATTTACCCAGgtactgtttt ... tttgtttcagTATGTGATGTTCTATG
EST: gi|9566005|gb|BE475576.1|BE475576
EST:     AACCGTATTGAATGCGTACAAGTCAAAATTTACCCAG                         TATGTGATGTTCTATGCATGTGCACTGGACCCTGAAGGATGTGGTGTGAAA
genomic: AACCGTATTGAATGCGTACAAGTCAAAATTTACCCAGgtactgtttt ... tttgtttcagTATGTGATGTTCTATGCATGTGCACTGGACCCTGAAGGATGTGGTGTGAAA
EST: gi|15199487|gb|BI423855.1|BI423855
EST:     CTTCATTTCAGAGAACCGTATTGAATGCGTACAAGTCAAAATTTACCCAG                         TATGTGATGTTCTATGCATGTGCACTGGACCCTGAAGGATGTGGTGTGAAA
genomic: CTTCATTTCAGAGAACCGTATTGAATGCGTACAAGTCAAAATTTACCCAGgtactgtttt ... tttgtttcagTATGTGATGTTCTATGCATGTGCACTGGACCCTGAAGGATGTGGTGTGAAA
EST: gi|192298474|gb|FG988475.1|FG988475
EST:     CGTATTGAATGCGTACAAGTTCAAAATTTTACCCAG                         TATGTGATGTTCTATGCATGTGCACTGGACCCCTGAAGGATGTGGTGTGA
genomic: CGTATTGAATGCGTACAAG-TCAAAA-TTTACCCAGgtactgtttt ... tttgtttcagTATGTGATGTTCTATGCATGTGCACTGGA-CCCTGAAGGATGTGGTGTGA