Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaatcagatcaaataccagttattttcaaaatatgtggtatgaagagctaactcaccaatttttgtagGATCCAATTCCAACATCATTGCTCAAGTTAAATGTTGATTTTGTAAGTAGGGCAACAAAATTATTCCAAATAATTTTGAAATATATGGGAATTGATCCAT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G21340.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208249980|gb|GE049971.1|GE049971
EST:     AAAAGTTACATTTGAGGACATGTTGAGTTTTCAAAAG                         GATCCAATTCCAACATCATTGCTCAAGTTAAATGTTGATTTTGTAAGTAGG
genomic: AAAAGTTACATTTGAGGACATGTTGAGTTTTCAAAAGgtaatcagat ... atttttgtagGATCCAATTCCAACATCATTGCTCAAGTTAAATGTTGATTTTGTAAGTAGG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taccagttattttcaaaatatgtggtatgaagagctaactcaccaatttttgtagGATCCAATTCCAACATCATTGCTCAAGTTAAATGTTGATTTTGTAAGTAGGGCAACAAAATTATTCCAAATAATTTTGAAATATATGGGAATTGATCCAT
                                    aactcac  putative branch site (score: 2)
                                              tttttgt  putative PPT
      ttattttcaaaatatg  TA-rich tract