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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttatttatcacctagtggctattgttgttgttagagttatttagtttctatcatcacaaatgcaatcttcactttgttttggttgatgtatttttgccagATATGAACGCTTTCTAAAGATTATGATTCTAAGTGTTCTAAAGAATACACACCGTCCAGTTAAATTCTGGTTCATAAAGAACTACCTGTCTCCTCCTTTT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G20020.1
intron # 30
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|7283494|gb|AW596101.1|AW596101
EST:     GGACGCCATGGAAAAACGATTAATATCTTTTCAATTGCTTCTGGACACTT                         ATATGAACGCTNTCTAAAGATTATGATTCTAAGTGTTCTAAAGAATACACA
genomic: GGACGCCATGGAAAAACGATTAATATCTTTTCAATTGCTTCTGGACACTTgtaagtgatt ... tttttgccagATATGAACGCTTTCTAAAGATTATGATTCTAAGTGTTCTAAAGAATACACA
EST: gi|33389227|gb|CA852434.1|CA852434
EST:     GGACGCCATGGAAAAACGATTAATATCTTTTCAATTGCTTCTGGACACTT                         ATATGAACGCTTTCTAAAGATTATGATTCTAAGTGTTCTAAAGAATACACA
genomic: GGACGCCATGGAAAAACGATTAATATCTTTTCAATTGCTTCTGGACACTTgtaagtgatt ... tttttgccagATATGAACGCTTTCTAAAGATTATGATTCTAAGTGTTCTAAAGAATACACA
EST: gi|208045567|gb|GD838897.1|GD838897
EST:     GGACGCCATGGAAAAACGATTAATATCTTTTCAATTGCTTCTGGACACTT                         ATATGAACGCTTTCTAAAGATTATGATTCTAAGTGTTCTAAAGAATACACA
genomic: GGACGCCATGGAAAAACGATTAATATCTTTTCAATTGCTTCTGGACACTTgtaagtgatt ... tttttgccagATATGAACGCTTTCTAAAGATTATGATTCTAAGTGTTCTAAAGAATACACA
EST: gi|15202166|gb|BI425257.1|BI425257
EST:     GGACGCCATGGAAAAACGATTAATATCTTTTCAATTGCTTCTGGACACTT                         ATATGAACGCTTTCTAAAGATTATGATTCTAAGTGTTCTAAAGAATACACA
genomic: GGACGCCATGGAAAAACGATTAATATCTTTTCAATTGCTTCTGGACACTTgtaagtgatt ... tttttgccagATATGAACGCTTTCTAAAGATTATGATTCTAAGTGTTCTAAAGAATACACA
EST: gi|193705135|gb|FK641923.1|FK641923
EST:     GGACGCCATGGAAAAACGATTAATATCTTTTCAATTGCTTCTGGACACTT                         ATATGAACGCTTTCTAAAG
genomic: GGACGCCATGGAAAAACGATTAATATCTTTTCAATTGCTTCTGGACACTTgtaagtgatt ... tttttgccagATATGAACGCTTTCTAAAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttctatcatcacaaatgcaatcttcactttgttttggttgatgtatttttgccagATATGAACGCTTTCTAAAGATTATGATTCTAAGTGTTCTAAAGAATACACACCGTCCAGTTAAATTCTGGTTCATAAAGAACTACCTGTCTCCTCCTTTT
                                   ggttgat  putative branch site (score: 5)
                                             tttttgcc  putative PPT
                                        atgtattttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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ttatttatcacctagtggctattgttgttgttagagttatttagtttctatcatcacaaatgcaatcttcactttgttttggttgatgtatttttgccagATATGAACGCTTTCTAAAGATTATGATTCTAAGTGTTCTAAAGAATACACACCGTCCAGTTAAATTCTGGTTCATAAAGAACTACCTGTCTCCTCCTTTT

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