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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aaaatgtggcatttttgctacaactattagctatattttcttttagtttactgcctacgtattgtgccaattttcaatgccgtttttcatttcatggcagAGTTCCCTTGCTGATCTTCCTCTGAAGAACTACTACAGATATGTAGTACCATCAATG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G20020.1
intron # 24
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G20020.1 (Glycine max), 3'ss of exon 24
lower sequence: AT1G71220.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 24
--------aaaatgtggcatttttgctacaactattagctatattttcttttagtttactgcctacgtattgtgccaattttcaatgccgtttttcatttcatggcagAGTTCCCTTGCTGATCTTCCTCTGAAGAACTACTACAGATATGTAGTACCATCAATG
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tttagacaaaaaaaaagggtaattgtttc--ttattggagaaaaggaaaat--acatattgttcatgcgt----ctgacctagagttctttattcttcttattggcagAGTTCCCTTGTGGACATTCCTCTGAAAAATTACTACAGATATGTCTTACCTAATACG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtttactgcctacgtattgtgccaattttcaatgccgtttttcatttcatggcagAGTTCCCTTGCTGATCTTCCTCTGAAGAACTACTACAGATATGTAGTACCATCAATG
                                  ccgtttttcatttc  CT-rich tract
                       aattttcaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
aaaatgtggcatttttgctacaactattagctatattttcttttagtttactgcctacgtattgtgccaattttcaatgccgtttttcatttcatggcagAGTTCCCTTGCTGATCTTCCTCTGAAGAACTACTACAGATATGTAGTACCATCAATG

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- - - -ggcattt
- - - - - - - -tgctaca
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