Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtcgttgaacatgttagaaatcagtaggttcattcttacattctggtttttttttggtcttaacatgtggattgtttttatgcaacccagCAATGGATGATTTGAAGCCTGTGACACATCTTCTTGCTGTTGACATCACTTCAGGGAGTGGCTTGCATTTGCTTCGCCAAGGCTTAAATTACCTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G20020.1
intron # 17
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G20020.1 (Glycine max), 3'ss of exon 17
lower sequence: Vv12s0034g02230.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 18
gtaagtcgttgaacatgttagaaatcagtaggttcattcttacattctggtttttt--tttggtcttaacatgtg------gattgtttttatgcaacccagCAATGGATGATTTGAAGCCTGTGACACATCTTCTTGCTGTTGACATCACTTCAGGGAGTGGCTTGCATTTGCTTCGCCAAGGCTTAAATTACCTG
||||| | ||   || |||    |||| |    |  |  || || | |  ||      ||   | ||||| ||        |||    ||  || ||  ||||||| ||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||| ||| |||  ||  || | ||||||||  ||||  ||  |||||||
gtaagac-ttagtcaagttgt--atcattgcactactctttgcaatattattgcacgattgaattttaacgtggttcatatgatccaattattgtaa--cagCAATAGATGATTTGAAGCCTGTCACTCACCTTCTTGCTGTTGACATCACGTCAAGGAAAGGGATGAAATTGCTTCGTGAAGGAATACGTTACCTG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttacattctggtttttttttggtcttaacatgtggattgtttttatgcaacccagCAATGGATGATTTGAAGCCTGTGACACATCTTCTTGCTGTTGACATCACTTCAGGGAGTGGCTTGCATTTGCTTCGCCAAGGCTTAAATTACCTG
                      tcttaac  putative branch site (score: 2)
                                       tttttat  putative PPT
                                   attgtttttat  TA-rich tract