Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAGAAGCTCGCATAGGTTTTCTGTTTAGTGCCAATCAGAGTACAGATTCATTTAGCCTCCTTTTTGTGAAGGTTTTTGAAATCACTTCATCTTCATATAGgtttgtttttttaattgtggaattagttgacttttaattgattgatttattagtatttaattctgtagttttgcaaatttcttttcgaagctatgctatggttttatatcaattgtgtgaatgcatggttttatacag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G20020.1
intron # 19
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G20020.1 (Glycine max), 5'ss of exon 19
lower sequence: Vv12s0034g02230.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 20
AAGAAGCTCGCATAGGTTTTCTGTTTAGTGCCAATCAGAGTACAGATTCATTTAGCCTCCTTTTTGTGAAGGTTTTTGAAATCACTTCATCTTCATATAGgtttgtt---tttttaattgtggaattagttgacttttaattga---------ttgatttattagtatttaat-tctgtagttttgcaaatttcttttcgaagctatgctatggttt-tatatcaattgtgtgaatgcatggttttatacag
|     | ||| ||||  | || ||||||| |||||   || | ||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||   | |  ||| |    ||  | |   | |||||            |||||||  || |  || || | |   |||| ||  ||||   |   ||  |    | |||||  ||   ||||||| ||| |   |||| | || |||
AGAGTTCACGCTTAGGAGTGCTATTTAGTGTCAATCCAGGTCCTGATTCACCTAGCCTCCTTTTCGTGAAGGTTTTTGAAATCACTGCATCCTCATATAGgtttgttaagtctccaatagcattatgggctatatgttaatcatcatgtaaccttgattttatatttctttatgttttctgtttggctgattttaataaaaaaat---ttctggttggtaatccaattgtatga-tttgtggtgtcatgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|15813333|gb|BI785608.1|BI785608
EST:     TTTAGCCTCCTTTTTGTGAAGGTTTTTGAAATCACTTCATCTTCATATAG                         CCATAAGAATAACGTGTTAGACTTCTTGGAACAGTTGTGCTCACTCTATCA
genomic: TTTAGCCTCCTTTTTGTGAAGGTTTTTGAAATCACTTCATCTTCATATAGgtttgttttt ... ttttatacagCCATAAGAAGAACGTGTTAGACTTCTTGGAACAGTTGTGCTCACTCTATCA
EST: gi|213601286|gb|DB964723.1|DB964723
EST:     TTTAGCCTCCTTTTTGTGAAGGTTTTTGAAATCACTTCATCTTCATATAG                         CCATAAGAAGAACGTGTTAGACTTCTTGGAACAGTTGTGCTCACTCTATCA
genomic: TTTAGCCTCCTTTTTGTGAAGGTTTTTGAAATCACTTCATCTTCATATAGgtttgttttt ... ttttatacagCCATAAGAAGAACGTGTTAGACTTCTTGGAACAGTTGTGCTCACTCTATCA