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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaacctaaaccttctactttgatctctataatagaatatatgccttttgttcggttatggttcagatcgttagttacggtgttttaatttatttatttatttattgtaaaatcttagatctgattgttaagtgtgtttggttgcgcatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCATGGACACTGGAAGCATCACGATGTCACCGTTAAGGACGAGAAGACCCTTCTCTTCGGTGACAAGCCAGTCA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G18110.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA06G18110.5 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G046804_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 3
gtaacctaaaccttctactttgatctctataatagaatatatgccttttgttcggttatggttcagatcgttagttacggtgttttaatttatttatttatttattgtaaa-atcttagatctgattgttaagtgtgtttggttgcgcatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCATGGACACTGGAAGCATCACGATGTCACCGTTAAGGACGAGAAGACCCTTCTCTTCGGTGACAAGCCAGTCA
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--------------------------------------------gtgtcgtcgatctagcgcttg---cttcagttccgag---cgaattttgaaatccgtgtgctgtgctcatcgtggttctttgtgctccccaccccatcttccg----tagACCTACATGTTCAAGTACGACACCGTCCACGGCCACTGGAAGCACAGCGACATCACACTCAAGGACTCCAAGACCCTTCTCTTCGGTGACAAGCCGGTCA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|213615421|gb|DB965507.1|DB965507
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGACCCTTTCATCACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCATGGACACTGGAAGCATCACGAT
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EST: gi|193415151|gb|FK378851.1|FK378851
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGACCCTTTCATCACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCATGGACACTGGAAGCATCACGAT
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EST: gi|6913291|gb|AW394821.1|AW394821
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGACCCTTTCATCACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCATGGACACTGGAAGCATCACGAT
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EST: gi|8285690|gb|BE023249.1|BE023249
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGACCCTTTCATCACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCATGGACACTGGAAGCATCACGAT
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EST: gi|7795288|gb|AW780685.1|AW780685
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGACCCTTTCATCACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCATGGACACTGGAAGCATCACGAT
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EST: gi|7684741|gb|AW755389.1|AW755389
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGACCCTTTCATCACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCATGGACACTGGAAGCATCACGAT
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EST: gi|209698714|gb|BW660715.1|BW660715
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGACCCTTTCATCACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCATGGACACTGGAAGCATCACGAT
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EST: gi|193343744|gb|FK311504.1|FK311504
EST:     TGTTAGAACTCGTTGCCGT-AACGACCCTTTCATCACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCATGGACACTGGAAGCATCACGA
genomic: TGTT-GAACTCGTTGCCGTTAACGACCCTTTCATCACCACCGATTACATGgtaacctaaa ... gcgcatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCATGGACACTGGAAGCATCACGA
EST: gi|298170175|gb|HO018799.1|HO018799
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGACCCTTTCATCACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCATGGACACTGGAAGCATCACGAT
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EST: gi|15589787|gb|BI674403.1|BI674403
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGACCCTTTCATCACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACTATTTTGTTCATGGACACTGGAAGCATCACGAT
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EST: gi|193709789|gb|FK646057.1|FK646057
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGACCCTTTCATCACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCATGGACACTGGAAGCATCACGAT
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EST: gi|23728686|gb|BU762404.1|BU762404
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EST: gi|16279737|gb|BI943590.1|BI943590
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGACCCTTTCATCACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCATGGACACTGGAAGCATCACGAT
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EST: gi|298177517|gb|HO023650.1|HO023650
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGACCCTTTCATCACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCATGGACACTGGAAGCATCACGAT
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EST: gi|209712449|gb|BW671301.1|BW671301
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EST: gi|33389838|gb|CA853045.1|CA853045
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGACCCTTTCATCACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCATGGACACTGGAAGCATCACGAT
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EST: gi|18040862|gb|BM309156.1|BM309156
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGACCCTTTCATCACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCATGGACACTGGAAGCATCACGAT
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EST: gi|213604883|gb|DB960564.1|DB960564
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGACCCTTTCATCACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCATGGACACTGGAAGCATCACGAT
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EST: gi|19935259|gb|BQ080289.1|BQ080289
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGACCCTTTCATCACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCATGGACACTGGAAGCATCACGAT
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EST: gi|16276742|gb|BI942020.1|BI942020
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EST: gi|13480801|gb|BG510144.1|BG510144
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGACCCTTTCATCACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCATGGACACTGGAAGCATCACGAT
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EST: gi|10234851|gb|BE803739.1|BE803739
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EST: gi|16996510|gb|BM085882.1|BM085882
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGACCCTTTCATCACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCATGGACACTGGAAGCATCACGAT
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EST: gi|37995973|gb|CF807562.1|CF807562
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EST: gi|41146391|gb|CK606602.1|CK606602
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EST: gi|19052613|gb|BM731280.1|BM731280
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EST: gi|16277655|gb|BI942494.1|BI942494
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGACCCTTTCATCACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCATGGACACTGGAAGCATCACGAT
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EST: gi|27424004|gb|CA935524.1|CA935524
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGACCCTTTCATCACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCATGGACACTGGAAGCATCACGAT
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EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGACCCTTTCATCACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCATGGACACTGGAAGCATCACGAT
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EST: gi|209706837|gb|BW653129.1|BW653129
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGACCCTTTCATCACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCATGGACACTGGAAGCATCACGAT
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EST: gi|5057438|gb|AI735914.1|AI735914
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGACCCTTTCATCACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCATGGACACTGGAAGCATCACGAT
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EST: gi|208059062|gb|GD856140.1|GD856140
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGACCCTTTCATCACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCATGGACACTGGAAGCATCACGA
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EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGACCCTTTCATCACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCATGGACACTGGAAGCATCACGAT
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EST: gi|21286051|gb|BQ473922.1|BQ473922
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGACCCTTTCATCACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCATGGACACTGGAAGCATCACGAT
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EST: gi|10709124|gb|BF008848.1|BF008848
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGACCCTTTCATCACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCATGGACACTGGAAGCATCACGAT
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EST: gi|16280823|gb|BI944164.1|BI944164
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGACCCTTTCATCACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCATGGACACTGGAAGCATCACGAT
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EST: gi|16278226|gb|BI942793.1|BI942793
EST:     AGGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGACCCTTTCATCACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCATGGACACTGGAAGCATCACGAT
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EST: gi|298173863|gb|HO017199.1|HO017199
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGACCCTTTCATCACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCATGGACACTGGAAGCATCACGAT
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EST: gi|16278568|gb|BI942972.1|BI942972
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGACCCTTTCATCACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCATGGACACTGGAAGCATCACGAT
genomic: ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGACCCTTTCATCACCACCGATTACATGgtaacctaaa ... gcgcatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCATGGACACTGGAAGCATCACGAT
EST: gi|16278026|gb|BI942687.1|BI942687
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGACCCTTTCATCACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCATGGACACTGGAAGCATCACGAT
genomic: ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGACCCTTTCATCACCACCGATTACATGgtaacctaaa ... gcgcatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCATGGACACTGGAAGCATCACGAT
EST: gi|16277690|gb|BI942512.1|BI942512
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGACCCTTTCATCACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCATGGACACTGGAAGCATCACGAT
genomic: ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGACCCTTTCATCACCACCGATTACATGgtaacctaaa ... gcgcatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCATGGACACTGGAAGCATCACGAT
EST: gi|254320366|gb|GR826383.1|GR826383
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genomic: CACCGATTACATGgtaacctaaa ... gcgcatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCATGGACACTGGAAGCATCACGAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatttattgtaaaatcttagatctgattgttaagtgtgtttggttgcgcatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCATGGACACTGGAAGCATCACGATGTCACCGTTAAGGACGAGAAGACCCTTCTCTTCGGTGACAAGCCAGTCA
                    atctgat  putative branch site (score: 4)
     attgtaaaatctta  TA-rich tract