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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgcaattaaccgccacgcactctcacgttttttctcttcttcttatttctttccattttcaactcttctctgtttcttccgatctgatttttttcttctttcttttctgatttttcttttgttttgttttcaaatgaattgcatggatcagGCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G18110.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|213615421|gb|DB965507.1|DB965507
EST:     CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGTTCCGCAATTATCATGG                         GCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
genomic: CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGGgtatgcaatt ... catggatcagGCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
EST: gi|193415151|gb|FK378851.1|FK378851
EST:     CTCCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGG                         GCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
genomic: CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGGgtatgcaatt ... catggatcagGCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
EST: gi|6913291|gb|AW394821.1|AW394821
EST:     CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGG                         GCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
genomic: CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGGgtatgcaatt ... catggatcagGCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
EST: gi|8285690|gb|BE023249.1|BE023249
EST:     TTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGTTCCGCAATTATCATGG                         GCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
genomic: TTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGGgtatgcaatt ... catggatcagGCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
EST: gi|7795288|gb|AW780685.1|AW780685
EST:     TGCTCCGCAATTATCATGG                         GCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
genomic: TGCTCCGCAATTATCATGGgtatgcaatt ... catggatcagGCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
EST: gi|7684741|gb|AW755389.1|AW755389
EST:     CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGTTCCGCAATTATCATGG                         GCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
genomic: CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGGgtatgcaatt ... catggatcagGCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
EST: gi|209698714|gb|BW660715.1|BW660715
EST:     CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGTTCCGCAATTATCATGG                         GCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
genomic: CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGGgtatgcaatt ... catggatcagGCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
EST: gi|193343744|gb|FK311504.1|FK311504
EST:     CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGG                         GCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
genomic: CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGGgtatgcaatt ... catggatcagGCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
EST: gi|298170175|gb|HO018799.1|HO018799
EST:     CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGTTCCGCAATTATCATGG                         GCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
genomic: CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGGgtatgcaatt ... catggatcagGCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
EST: gi|15589787|gb|BI674403.1|BI674403
EST:     CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGG                         GCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
genomic: CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGGgtatgcaatt ... catggatcagGCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
EST: gi|23728686|gb|BU762404.1|BU762404
EST:     TCTGCTCCGCAATTATCATGG                         GCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
genomic: TCTGCTCCGCAATTATCATGGgtatgcaatt ... catggatcagGCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
EST: gi|16279737|gb|BI943590.1|BI943590
EST:     CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGG                         GCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
genomic: CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGGgtatgcaatt ... catggatcagGCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
EST: gi|298177517|gb|HO023650.1|HO023650
EST:     CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGTTCCGCAATTATCATGG                         GCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
genomic: CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGGgtatgcaatt ... catggatcagGCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
EST: gi|209712449|gb|BW671301.1|BW671301
EST:     CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGTTCCGCAATTATCATGG                         GCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
genomic: CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGGgtatgcaatt ... catggatcagGCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
EST: gi|33389838|gb|CA853045.1|CA853045
EST:     CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGTTCCGCAATTATCATGG                         GCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
genomic: CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGGgtatgcaatt ... catggatcagGCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
EST: gi|18040862|gb|BM309156.1|BM309156
EST:     CTCCAACCGCACTTCTGTTCCGCAATTATCATGG                         GCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
genomic: CTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGGgtatgcaatt ... catggatcagGCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
EST: gi|207680724|gb|GD662774.1|GD662774
EST:     CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGG                         GCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
genomic: CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGGgtatgcaatt ... catggatcagGCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
EST: gi|213604883|gb|DB960564.1|DB960564
EST:     CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGTTCCGCAATTATCATGG                         GCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
genomic: CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGGgtatgcaatt ... catggatcagGCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
EST: gi|16276742|gb|BI942020.1|BI942020
EST:     CCTACTCCAACCGCACTTCTGTTCCGCAATTATCATGG                         GCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
genomic: CCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGGgtatgcaatt ... catggatcagGCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
EST: gi|13480801|gb|BG510144.1|BG510144
EST:     AACCGCACTTCTGTTCCGCAATTATCATGG                         GCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
genomic: AACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGGgtatgcaatt ... catggatcagGCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
EST: gi|16996510|gb|BM085882.1|BM085882
EST:     CTACTCCAACCGCACTTCTGTTCCGCAATTATCATGG                         GCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
genomic: CTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGGgtatgcaatt ... catggatcagGCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
EST: gi|37995973|gb|CF807562.1|CF807562
EST:     CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGTTCCGCAATTATCATGG                         GCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
genomic: CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGGgtatgcaatt ... catggatcagGCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
EST: gi|41146391|gb|CK606602.1|CK606602
EST:     CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGG                         GCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
genomic: CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGGgtatgcaatt ... catggatcagGCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
EST: gi|19052613|gb|BM731280.1|BM731280
EST:     CTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGG                         GCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
genomic: CTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGGgtatgcaatt ... catggatcagGCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
EST: gi|16279120|gb|BI943268.1|BI943268
EST:     TCCGCAATTATCATGG                         GCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
genomic: TCCGCAATTATCATGGgtatgcaatt ... catggatcagGCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
EST: gi|16277655|gb|BI942494.1|BI942494
EST:     CCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGG                         GCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
genomic: CCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGGgtatgcaatt ... catggatcagGCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
EST: gi|213619910|gb|DB971169.1|DB971169
EST:     CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGTTCCGCAATTATCATGG                         GCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
genomic: CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGGgtatgcaatt ... catggatcagGCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
EST: gi|209706837|gb|BW653129.1|BW653129
EST:     CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGTTCCGCAATTATCATGG                         GCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
genomic: CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGGgtatgcaatt ... catggatcagGCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
EST: gi|5057438|gb|AI735914.1|AI735914
EST:     CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGG                         GCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
genomic: CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGGgtatgcaatt ... catggatcagGCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
EST: gi|208059062|gb|GD856140.1|GD856140
EST:     TCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTAATCAATGG                         GCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
genomic: TCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATT-ATC-ATGGgtatgcaatt ... catggatcagGCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
EST: gi|13480027|gb|BG509370.1|BG509370
EST:     CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGG                         GCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
genomic: CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGGgtatgcaatt ... catggatcagGCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
EST: gi|21286051|gb|BQ473922.1|BQ473922
EST:     CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGG                         GCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
genomic: CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGGgtatgcaatt ... catggatcagGCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
EST: gi|10709124|gb|BF008848.1|BF008848
EST:     CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGTTCCGCAATTATCATGG                         GCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
genomic: CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGGgtatgcaatt ... catggatcagGCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
EST: gi|16280823|gb|BI944164.1|BI944164
EST:     CTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGG                         GCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
genomic: CTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGGgtatgcaatt ... catggatcagGCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
EST: gi|298173863|gb|HO017199.1|HO017199
EST:     CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGTTCCGCAATTATCATGG                         GCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
genomic: CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGGgtatgcaatt ... catggatcagGCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
EST: gi|16278568|gb|BI942972.1|BI942972
EST:     AATTATCATGG                         GCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
genomic: AATTATCATGGgtatgcaatt ... catggatcagGCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
EST: gi|16278026|gb|BI942687.1|BI942687
EST:     CTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGG                         GCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
genomic: CTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGGgtatgcaatt ... catggatcagGCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
EST: gi|254320366|gb|GR826383.1|GR826383
EST:     CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGG                         GCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
genomic: CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGGgtatgcaatt ... catggatcagGCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
EST: gi|213598038|gb|DB972226.1|DB972226
EST:     CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGTTCCGCAATTATCATGG                         GCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
genomic: CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGGgtatgcaatt ... catggatcagGCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
EST: gi|33388557|gb|CA851764.1|CA851764
EST:     CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGTTCCGNNNTTATCATGG                         GCAAGGTCAAGATCGGAATCAATG
genomic: CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGGgtatgcaatt ... catggatcagGCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
EST: gi|254334654|gb|GR844439.1|GR844439
EST:     GCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGG                         GCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
genomic: GCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGGgtatgcaatt ... catggatcagGCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
EST: gi|213614731|gb|DB973074.1|DB973074
EST:     CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGTTCCGCAATTATCATGG                         GCAAGATCAAGATCGGAATCAACG
genomic: CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGGgtatgcaatt ... catggatcagGCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
EST: gi|19935462|gb|BQ080451.1|BQ080451
EST:     CGCAATTATCATGG                         GCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
genomic: CGCAATTATCATGGgtatgcaatt ... catggatcagGCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
EST: gi|213613859|gb|DB960894.1|DB960894
EST:     CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGTTCCGCAATTATCATGG                         GCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
genomic: CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGGgtatgcaatt ... catggatcagGCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
EST: gi|16996118|gb|BM085490.1|BM085490
EST:     GCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGG                         GCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
genomic: GCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGGgtatgcaatt ... catggatcagGCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
EST: gi|7925288|gb|AW831314.1|AW831314
EST:     CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGG                         GCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
genomic: CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGGgtatgcaatt ... catggatcagGCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
EST: gi|13181221|gb|BG352561.1|BG352561
EST:     CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGG                         GCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
genomic: CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGGgtatgcaatt ... catggatcagGCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
EST: gi|16283227|gb|BI945437.1|BI945437
EST:     CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGG                         GCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
genomic: CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGGgtatgcaatt ... catggatcagGCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
EST: gi|24206250|gb|BU965503.1|BU965503
EST:     ACCGCACTTCTGTTCCGCAATTATCATGG                         GCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
genomic: ACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGGgtatgcaatt ... catggatcagGCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
EST: gi|209725750|gb|BW659879.1|BW659879
EST:     CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGTTCCGCAATTATCATGG                         GCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
genomic: CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGGgtatgcaatt ... catggatcagGCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
EST: gi|209709457|gb|BW681186.1|BW681186
EST:     CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGTTCCGCAATTATCATGG                         GCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
genomic: CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGGgtatgcaatt ... catggatcagGCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
EST: gi|298187906|gb|HO031863.1|HO031863
EST:     CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGTTCCGCAATTATCATGG                         GCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
genomic: CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGGgtatgcaatt ... catggatcagGCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
EST: gi|7926082|gb|AW832108.1|AW832108
EST:     CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGTTCCGCAATTATCATGG                         GCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
genomic: CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGGgtatgcaatt ... catggatcagGCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
EST: gi|7041962|gb|AW471856.1|AW471856
EST:     CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGG                         GCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
genomic: CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGGgtatgcaatt ... catggatcagGCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
EST: gi|151402933|gb|EV272746.1|EV272746
EST:     CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGG                         GCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
genomic: CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGGgtatgcaatt ... catggatcagGCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
EST: gi|15663200|gb|BI700571.1|BI700571
EST:     CTTCTGCTACTTCCTACTCCAACCGCACTTCTGCTCCGCAATTATCATGG                         GCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
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 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tctttcttttctgatttttcttttgttttgttttcaaatgaattgcatggatcagGCAAGGTCAAGATCGGAATCAACG
        ttctgat  putative branch site (score: 3)
             atttttcttttgtttt  TA-rich tract