1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
...tgctaatatgtagaaacaatctctatttacagtttgattgtttgcaactaattttttggaggtactattaaagatgacatgcacttgttatgtgtttcagGTTGAATATGATTTCAAGTACTATAAAGTGGATATGGCAACGGATTTCCAACTGCTAGTTTTGTCAGAGGGGAAATCAAATATCTTGCCAGCTGATGTAA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA04G39990.1 |
intron # | 11 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TAGGGGTAGAGAATACAAGGCTGCTGAAAAATTTAATGGAATAGCAAAAG GTTGAATATGATTTCAAGTACTATAAAGTGGATATGGCAACGGATTTCCAAEST: gi|5605823|gb|AI899921.1|AI899921
genomic: TAGGGGTAGAGAATACAAGGCTGCTGAAAAATTTAATGGAATTGCAAAAGgtaattgttt ... tgtgtttcagGTTGAATATGATTTCAAGTACTATAAAGTGGATATGGCAACGGATTTCCAA
EST: TAGGGGTAGAGAATACAAGGCTGCTGAAAAATTTAATGGAATTGCAAAAG GTTGAATATGATTTCAAGTACTATAAAGTGGATATGGCAACGGATTTCCAA
genomic: TAGGGGTAGAGAATACAAGGCTGCTGAAAAATTTAATGGAATTGCAAAAGgtaattgttt ... tgtgtttcagGTTGAATATGATTTCAAGTACTATAAAGTGGATATGGCAACGGATTTCCAA
aactaattttttggaggtactattaaagatgacatgcacttgttatgtgtttcagGTTGAATATGATTTCAAGTACTATAAAGTGGATATGGCAACGGATTTCCAACTGCTAGTTTTGTCAGAGGGGAAATCAAATATCTTGCCAGCTGATGTAA
aactaat putative branch site (score: 2)
tactattaaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgctaatatgtagaaacaatctctatttacagtttgattgtttgcaactaattttttggaggtactattaaagatgacatgcacttgttatgtgtttcagGTTGAATATGATTTCAAGTACTATAAAGTGGATATGGCAACGGATTTCCAACTGCTAGTTTTGTCAGAGGGGAAATCAAATATCTTGCCAGCTGATGTAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - tatgtag
- - - - - - - - caatctc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtttgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catgcac