Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGGCATGCTTTTCGGGGACGAGGACGAGGACGAGGCTATGGTGTGCAGCCAGTTGGTTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCCACCTCCACCACGTGgtaagcatgcaagtctacaaaatttagatttcatgatgatgaagataaattgttagtgcttaaattataacttttgtttttcctgataacattttgagta...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA04G39480.2
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18038948|gb|BM307242.1|BM307242
EST:     AGTTGGTTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCCACCTCCACCACGTG                         GCCGTGGCCGTGGAAGGGGAAGAGGCCGAGGCCGTGGCCGGGGAAGGGACC
genomic: AGTTGGTTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCCACCTCCACCACGTGgtaagcatgc ... gatttttcagGCCGTGGCCGTGGAAGGGGAAGAGGCCGAGGCCGTGGCCGGGGAAGGGACC
EST: gi|17021047|gb|BM092081.1|BM092081
EST:     CTCCACCTCCACCACGTG                         GCCGTGGCCGTGGAAGGGGAAGAGGCCGAGGCCGTGGCCGGGGAAGGGACC
genomic: CTCCACCTCCACCACGTGgtaagcatgc ... gatttttcagGCCGTGGCCGTGGAAGGGGAAGAGGCCGAGGCCGTGGCCGGGGAAGGGACC
EST: gi|18730125|gb|BM525698.1|BM525698
EST:     AGTTGGTTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCCACCTCCACCACGTG                         GCCGTGGCCGTGGAAGGGGAAGAGGCCGAGGCCGTGGCCGGNGAAGGGACC
genomic: AGTTGGTTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCCACCTCCACCACGTGgtaagcatgc ... gatttttcagGCCGTGGCCGTGGAAGGGGAAGAGGCCGAGGCCGTGGCCGGGGAAGGGACC
EST: gi|298175000|gb|HO017995.1|HO017995
EST:     AGTTGGTTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCCACCTCCACCACGTG                         GCCGTGGCCGTGGAAGGGGAAGAGGCCGAGGCCGTGGCCGGGGAAGGGACC
genomic: AGTTGGTTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCCACCTCCACCACGTGgtaagcatgc ... gatttttcagGCCGTGGCCGTGGAAGGGGAAGAGGCCGAGGCCGTGGCCGGGGAAGGGACC
EST: gi|254331475|gb|GR843432.1|GR843432
EST:     AGTTGGTTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCCACCTCCACCACGTG                         GCCGTGGCCGTGGAAGGGGAAGAGGCCGAGGCCGTGGCCGGGGAAGGGACC
genomic: AGTTGGTTACTATGACTATGGTGAATATGATGCTCCACCTCCACCACGTGgtaagcatgc ... gatttttcagGCCGTGGCCGTGGAAGGGGAAGAGGCCGAGGCCGTGGCCGGGGAAGGGACC