1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
GAAAAAATGACCCAAATCATGTTTGAGACCTTCAATGTGCCTGCCATGTATGTGGCCATCCAAGCTGTCCTCTCCCTATATGCAAGTGGTCGCACAACTGgtttgtatttgtatccatctgtttcaattcatagttttgtcatcacattgttctttccctgaatcaaatactttctgaaacag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA04G39380.2 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TGTGGCCATCCAAGCTGTCCTCTCCCTATATGCAAGTGGTCGCACAACTG GTATTGTTTTGGACTCTGGCGATGGTGTTAGTCACACTGTGCCAATCTATGEST: gi|192297835|gb|FG993159.1|FG993159
genomic: TGTGGCCATCCAAGCTGTCCTCTCCCTATATGCAAGTGGTCGCACAACTGgtttgtattt ... tctgaaacagGTATTGTTTTGGACTCTGGCGATGGTGTTAGTCACACTGTGCCAATCTATG
EST: TGTGGCCATCCAAGCTGTCCTCTCCCTATATGCAAGTGGTCGCACAACTG GTATTGTTTTGGACTCTGGCGATGGTGTTAGTCACACTGTGCCAATCTATGEST: gi|209716758|gb|BW682240.1|BW682240
genomic: TGTGGCCATCCAAGCTGTCCTCTCCCTATATGCAAGTGGTCGCACAACTGgtttgtattt ... tctgaaacagGTATTGTTTTGGACTCTGGCGATGGTGTTAGTCACACTGTGCCAATCTATG
EST: TGTGGCCATCCAAGCTGTCCTCTCCCTATATGCAAGTGGTCGCACAACTG GTATTGTTTTGGACTCTGGCGATGGTGTTAGTCACACTGTGCCAATCTATGEST: gi|213613929|gb|DB971046.1|DB971046
genomic: TGTGGCCATCCAAGCTGTCCTCTCCCTATATGCAAGTGGTCGCACAACTGgtttgtattt ... tctgaaacagGTATTGTTTTGGACTCTGGCGATGGTGTTAGTCACACTGTGCCAATCTATG
EST: TGTGGCCATCCAAGCTGTCCTCTCCCTATATGCAAGTGGTCGCACAACTG GTATTGTTTTGGACTCTGGCGATGGTGTTAGTCACACTGTGCCAATCTATGEST: gi|209728231|gb|BW651666.1|BW651666
genomic: TGTGGCCATCCAAGCTGTCCTCTCCCTATATGCAAGTGGTCGCACAACTGgtttgtattt ... tctgaaacagGTATTGTTTTGGACTCTGGCGATGGTGTTAGTCACACTGTGCCAATCTATG
EST: TGTGGCCATCCAAGCTGTCCTCTCCCTATATGCAAGTGGTCGCACAACTG GTATTGTTTTGGACTCTGGCGATGGTGTTAGTCACACTGTGCCAATCTATGEST: gi|105635023|gb|DW247741.1|DW247741
genomic: TGTGGCCATCCAAGCTGTCCTCTCCCTATATGCAAGTGGTCGCACAACTGgtttgtattt ... tctgaaacagGTATTGTTTTGGACTCTGGCGATGGTGTTAGTCACACTGTGCCAATCTATG
EST: TGTGGCCATCCAAGCTGTCCTCTCCCTATATGCAAGTGGTCGCACAACTG GTATTGTTTTGGACTCTGGCGATGGTGTTAGTCACACTGTGCCAATCTATGEST: gi|18710715|gb|BM522518.1|BM522518
genomic: TGTGGCCATCCAAGCTGTCCTCTCCCTATATGCAAGTGGTCGCACAACTGgtttgtattt ... tctgaaacagGTATTGTTTTGGACTCTGGCGATGGTGTTAGTCACACTGTGCCAATCTATG
EST: TGTGGCCATCCAAGCTGTCCTCTCCCTATATGCAAGTGGTCGCACAACTG GTATTGTTTTGGACTCTGGCGATGGTGTTAGTCACACTGTGCCAATCTATEST: gi|213588561|gb|DB957625.1|DB957625
genomic: TGTGGCCATCCAAGCTGTCCTCTCCCTATATGCAAGTGGTCGCACAACTGgtttgtattt ... tctgaaacagGTATTGTTTTGGACTCTGGCGATGGTGTTAGTCACACTGTGCCAATCTAT
EST: TGTGGCCATCCAAGCTGTCCTCTCCCTATATGCAAGTGGTCGCACAACTG GTATTGTTTTGGACTCTGGCGATGGTGTTAGTCACACTGTGCCAATCTATGEST: gi|209712751|gb|BW681605.1|BW681605
genomic: TGTGGCCATCCAAGCTGTCCTCTCCCTATATGCAAGTGGTCGCACAACTGgtttgtattt ... tctgaaacagGTATTGTTTTGGACTCTGGCGATGGTGTTAGTCACACTGTGCCAATCTATG
EST: TGTGGCCATCCAAGCTGTCCTCTCCCTATATGCAAGTGGTCGCACAACTG GTATTGTTTTGGACTCTGGCGATGGTGTTAGTCACACTGTGCCAATCTATG
genomic: TGTGGCCATCCAAGCTGTCCTCTCCCTATATGCAAGTGGTCGCACAACTGgtttgtattt ... tctgaaacagGTATTGTTTTGGACTCTGGCGATGGTGTTAGTCACACTGTGCCAATCTATG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GAAAAAATGACCCAAATCATGTTTGAGACCTTCAATGTGCCTGCCATGTATGTGGCCATCCAAGCTGTCCTCTCCCTATATGCAAGTGGTCGCACAACTGgtttgtatttgtatccatctgtttcaattcatagttttgtcatcacattgttctttccctgaatcaaatactttctgaaacag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG