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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cacccgaatgagcagcagagcgtgcaacggacgcagcttaccgttacgcacgccccgcttcttgaccttcaccttgtgccttctgcatctcctcctgcagATCTTCCCCTCCAAGTTCCAGAACAAGACCAACGGCGTGACCCCCCGCCGCTGGCTGGCCTGGTGCAACCCCGAGCTGGCGCAGCTCATCACCGAGGCGC

Basic information

species Chlamydomonas reinhardtii
transcript EDO98385
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|8286637|gb|BE024196.1|BE024196
EST:     CCATCCACTCCAACATCGTCAAGGACGAGATCCTCAACGACTTCTACGAG                         ATCTTCCCCTCCAAGTTCCAGAACAAGACCAACGGCGTGACCCCCCGCCGC
genomic: CCATCCACTCCAACATCGTCAAGGACGAGATCCTCAACGACTTCTACGAGgtaagcagaa ... cctcctgcagATCTTCCCCTCCAAGTTCCAGAACAAGACCAACGGCGTGACCCCCCGCCGC






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

acgcacgccccgcttcttgaccttcaccttgtgccttctgcatctcctcctgcagATCTTCCCCTCCAAGTTCCAGAACAAGACCAACGGCGTGACCCCCCGCCGCTGGCTGGCCTGGTGCAACCCCGAGCTGGCGCAGCTCATCACCGAGGCGC
              tcttgac  putative branch site (score: 3)
                                 ccttctgcatctcctc  putative PPT
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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cacccgaatgagcagcagagcgtgcaacggacgcagcttaccgttacgcacgccccgcttcttgaccttcaccttgtgccttctgcatctcctcctgcagATCTTCCCCTCCAAGTTCCAGAACAAGACCAACGGCGTGACCCCCCGCCGCTGGCTGGCCTGGTGCAACCCCGAGCTGGCGCAGCTCATCACCGAGGCGC

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-acccgaa
- - - - - agcagca
- - - - - - - - - - - - - - ggacgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -acgcacg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - accttca
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