Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCAATGATCTATGGTAGAGGAGCAATGCCAACAGGGATGCAAATGGTTCCAATGCTTCTTCCCGATGGCCGAGTTGGCTATGTTCTgtaagtcgatggttcttgtaaacaaatttgttgatccttctctattgattcatatttactttcgcttaataaataaccaatatggattgctgtgcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G00830.1
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT4G00830.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA03G42150.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
CCAATGATCTATGGTAGAGGAGCAATGCCAACAGGGATGCAAATGGTTCCAATGCTTCTTCCCGATGGCCGAGTTGGCTATGTTCTgtaagtcgatggttcttgtaaacaaatttgttgatccttctctattgattcatatttactttcgcttaataaataaccaatatggattgctgtgcag
|||||||| ||||| || ||  |||||||| |||| |||||||||||||||||| |  | || ||||| ||| ||||||||||||||||||| | |    ||  |  | | | ||     ||||| | | |||||  ||| |  |||   ||| |||  |     |||||  |||| |     
CCAATGATATATGGCAGGGGTCCAATGCCAGCAGGAATGCAAATGGTTCCAATGATGTTACCAGATGGTCGAATTGGCTATGTTCTgtaagttggtacacctgatgtatatagtttcatttccttatat-ttgat--ataatgccttaatcttcata--ttgttgatatg--ttgcag-----

upper sequence: AT4G00830.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA19G44860.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
CCAATGATCTATGGTAGAGGAGCAATGCCAACAGGGATGCAAATGGTTCCAATGCTTCTTCCCGATGGCCGAGTTGGCTATGTTCTgtaagtcgatggttcttgtaaacaaatttgttgatccttctctattgattcatatttactttcgcttaataaataaccaatatggattgctgtgcag
|||||||| |||||||| ||  |||||||| |||| |||||||||||||||||| |  | || || || ||| ||||||||||||||||||| | |    ||  |    | ||   || ||     | ||||    |||| |  |||   ||| |||  |     |||||  || | |     
CCAATGATATATGGTAGGGGTCCAATGCCAGCAGGAATGCAAATGGTTCCAATGGTGTTACCAGACGGTCGAATTGGCTATGTTCTgtaagttggtacaactgatgt-tacatagtttcatttccttttatttga-cataatgccttaatcttcata--ttggtgatatg--ttacag-----

upper sequence: AT4G00830.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 8
lower sequence: Vv15s0048g02700.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 8
CCAATGATCTATGGTAGAGGAGCAATGCCAACAGGGATGCAAATGGTTCCAATGCTTCTTCCCGATGGCCGAGTTGGCTATGTTCTgtaagtcgatggttcttgtaaacaaatttgttgatccttctctattgattcatatttactttcgct-taataaataaccaatatggattgctgtgcag
||| |||| |||||||| ||  |||||||| |||| ||||| ||||| |||||| | || || ||||| ||| ||||||||||||||||||| |  | | |||  |||  |  | ||    ||| || |     | || | |   |||   | ||    ||| |     | |     | |||||
CCAGTGATATATGGTAGGGGGCCAATGCCAGCAGGAATGCATATGGTGCCAATGGTGCTACCAGATGGTCGAATTGGCTATGTTCTgtaagttgcagttccttccaaatta--tggtcatccctacttttccactgcagaatggtttttcttatagcttata-ctggccttggcaattatgcag

upper sequence: AT4G00830.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 8
lower sequence: EFJ30810 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 8
CCAATGATCTATGGTAGAGGAGCAATGCCAACAGGGATGCAAATGGTTCCAATGCTTCTTCCCGATGGCCGAGTTGGCTATGTTCTgtaagtcgatggttcttgtaaacaaatttgttgatccttctctat-tgattcatatttactttcgcttaataaataaccaatatggattgctgtgcag
||  ||||||||||  | ||  |    ||  | || |||  |||||||||||| |  ||||| ||||||||  ||||||||||||||||||| | | |||        |    ||   | |     |   | || | | ||                                           
CCTTTGATCTATGGACGCGGGCCTCCTCCCGCTGGTATGACAATGGTTCCAATCCAACTTCCAGATGGCCGGCTTGGCTATGTTCTgtaagtagcttgtttcaagtttcgcgcttagagctaagatttggtgtgctgcgtag------------------------------------------

upper sequence: AT4G00830.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 8
lower sequence: EFJ22830 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 8
CCAATGATCTATGGTAGAGGAGCAATGCCAACAGGGATGCAAATGGTTCCAATGCTTCTTCCCGATGGCCGAGTTGGCTATGTTCTgtaagtcgatggttcttgtaaacaaatttgttgatccttctctattgattcatatttactttcgcttaataaataaccaatatggattgctgtgcag
||  ||||||||||  | ||  |    ||  | || |||  |||||||||||| |  ||||| ||||||||  ||||||||||||||||||| | | |||        ||| |||   | |         | ||   |   || | |  |||   ||                          
CCTTTGATCTATGGACGCGGGCCTCCTCCCGCTGGTATGACAATGGTTCCAATCCAACTTCCAGATGGCCGGCTTGGCTATGTTCTgtaagtagcttgttt-------caagtttcgcgct---------tagagctaagatttcctgtgctgcgtag-------------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|47829721|gb|CK119405.1|CK119405
EST:     ATGCAAATGGTTCCAATGCTTCTTCCCGATGGCCGAGTTGGCTATGTTCT                         GCAACAGCCTGGTATGCCGATGGCAGCAGCACCACCACAACGACCAAGAAG
genomic: ATGCAAATGGTTCCAATGCTTCTTCCCGATGGCCGAGTTGGCTATGTTCTgtaagtcgat ... tgctgtgcagGCAACAGCCTGGTATGCCGATGGCAGCAGCACCACCACAACGACCAAGAAG
EST: gi|47828154|gb|CK117838.1|CK117838
EST:     ATGCAAATGGTTCCAATGCTTCTTCCCGATGGCCGAGTTGGCTATGTTCT                         GCAACAGTCTGGTATGCCGATGGCAGCAGCACCACCACAACGACCAAGAAG
genomic: ATGCAAATGGTTCCAATGCTTCTTCCCGATGGCCGAGTTGGCTATGTTCTgtaagtcgat ... tgctgtgcagGCAACAGCCTGGTATGCCGATGGCAGCAGCACCACCACAACGACCAAGAAG
EST: gi|125061167|gb|EL129806.1|EL129806
EST:     TGCAAATGGTTCCAATGCTTCTTCCCGTATGGCCGAGTTGGCTATGTTCT                         GCAACAGCCTGGTATGCCGATGGCAGCAGCACCACCACAACG
genomic: TGCAAATGGTTCCAATGCTTCTTCCCG-ATGGCCGAGTTGGCTATGTTCTgtaagtcgat ... tgctgtgcagGCAACAGCCTGGTATGCCGATGGCAGCAGCACCACCACAACG
EST: gi|164156552|gb|EL969403.1|EL969403
EST:     ATGCAAATGGTTCCAATGCTTCTTCCCGATGGCCGAGTTGGCTATGTTCT                         GCAACAGCCTG
genomic: ATGCAAATGGTTCCAATGCTTCTTCCCGATGGCCGAGTTGGCTATGTTCTgtaagtcgat ... tgctgtgcagGCAACAGCCTG