Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TACTCCTGCCCCCTTTGTGCATCCCACGTTTGGTGGTTTTGCTGCGGCTCCTTACGGTGCTATGGGTGCCGGTTTGGGTATTGCCGGTAGTTTTAGTCAGgtatatatgtttctaagaaagagctgtttgtcatccttgactagtcttatcagccattgttttgtgtaacgtttggttttaattttgcattgagcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G00830.1
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|47829721|gb|CK119405.1|CK119405
EST:     CTTACGGTGCTATGGGTGCCGGTTTGGGTATTGCCGGTAGTTTTAGTCAG                         CCAATGATCTATGGTAGAGGAGCAATGCCAACAGGGATGCAAATGGTTCCA
genomic: CTTACGGTGCTATGGGTGCCGGTTTGGGTATTGCCGGTAGTTTTAGTCAGgtatatatgt ... cattgagcagCCAATGATCTATGGTAGAGGAGCAATGCCAACAGGGATGCAAATGGTTCCA
EST: gi|47828154|gb|CK117838.1|CK117838
EST:     CTTACGGTGCTATGGGTGCCGGTTTGGGTATTGCCGGTAGTTTTAGTCAG                         CCAATGATCTATGGTAGAGGAGCAATGCCAACAGGGATGCAAATGGTTCCA
genomic: CTTACGGTGCTATGGGTGCCGGTTTGGGTATTGCCGGTAGTTTTAGTCAGgtatatatgt ... cattgagcagCCAATGATCTATGGTAGAGGAGCAATGCCAACAGGGATGCAAATGGTTCCA
EST: gi|125033917|gb|EL106186.1|EL106186
EST:     GGGTGCCGGTTTGGGTATTGCCGGTAGTTTTAGTCAG                         CCAATGATCTATGGTAGAGGAGCAATGCCAACAGGGATGCAAATGGTTCCA
genomic: GGGTGCCGGTTTGGGTATTGCCGGTAGTTTTAGTCAGgtatatatgt ... cattgagcagCCAATGATCTATGGTAGAGGAGCAATGCCAACAGGGATGCAAATGGTTCCA