Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatatatgtttctaagaaagagctgtttgtcatccttgactagtcttatcagccattgttttgtgtaacgtttggttttaattttgcattgagcagCCAATGATCTATGGTAGAGGAGCAATGCCAACAGGGATGCAAATGGTTCCAATGCTTCTTCCCGATGGCCGAGTTGGCTATGTTCT

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G00830.1
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT4G00830.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA03G42150.1 (Glycine max), 3'ss of exon 7
------------gtata-tatgtttctaagaaagagctgtttgtcatccttgactagtcttatcagcca-ttgttttgtgtaacgtttggttttaattttgcattgagcagCCAATGATCTATGGTAGAGGAGCAATGCCAACAGGGATGCAAATGGTTCCAATGCTTCTTCCCGATGGCCGAGTTGGCTATGTTCT
             || |  || | | || |   ||  | |||||  | ||||  |  | || |   | | ||  ||||  |   ||  | |||||  | ||  |||| ||||||||||| ||||| || ||  |||||||| |||| |||||||||||||||||| |  | || ||||| ||| |||||||||||||
gtatttactgagttacaacatatatttatggttgatgtatttgt--ttcttgttttattttttgtcctaatttgtttggatcttgtgggtttttatgtatgt-ttgaacagCCAATGATATATGGCAGGGGTCCAATGCCAGCAGGAATGCAAATGGTTCCAATGATGTTACCAGATGGTCGAATTGGCTATGTTCT

upper sequence: AT4G00830.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA19G44860.1 (Glycine max), 3'ss of exon 7
------------gtata-tatgtttctaagaaagagctgtttgtcatccttgactagtcttatcagccattgt-tttgtgtaacgtttggttttaattttgcattgagcagCCAATGATCTATGGTAGAGGAGCAATGCCAACAGGGATGCAAATGGTTCCAATGCTTCTTCCCGATGGCCGAGTTGGCTATGTTCT
             || |  || | | ||     ||  | |||||  | ||||| |  |  | |   | | | | ||||  |   ||  | |||||    ||  |||| ||||||||||| |||||||| ||  |||||||| |||| |||||||||||||||||| |  | || || || ||| |||||||||||||
gtatttactgagttacaacatatatttatagttgatgtatttgt--ttcttgatttattctttgtcctaatctgtttggatcttgtgggtttttatggatgttttgaacagCCAATGATATATGGTAGGGGTCCAATGCCAGCAGGAATGCAAATGGTTCCAATGGTGTTACCAGACGGTCGAATTGGCTATGTTCT

upper sequence: AT4G00830.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA03G42150.2 (Glycine max), 3'ss of exon 7
------------gtata-tatgtttctaagaaagagctgtttgtcatccttgactagtcttatcagcca-ttgttttgtgtaacgtttggttttaattttgcattgagcagCCAATGATCTATGGTAGAGGAGCAATGCCAACAGGGATGCAAATGGTTCCAATGCTTCTTCCCGATGGCCGAGTTGGCTATGTTCT
             || |  || | | || |   ||  | |||||  | ||||  |  | || |   | | ||  ||||  |   ||  | |||||  | ||  |||| ||||||||||| ||||| || ||  |||||||| |||| |||||||||||||||||| |  | || ||||| ||| ||||||||     
gtatttactgagttacaacatatatttatggttgatgtatttgt--ttcttgttttattttttgtcctaatttgtttggatcttgtgggtttttatgtatgt-ttgaacagCCAATGATATATGGCAGGGGTCCAATGCCAGCAGGAATGCAAATGGTTCCAATGATGTTACCAGATGGTCGAATTGGCTAT-----

upper sequence: AT4G00830.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 7
lower sequence: Vv15s0048g02700.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
gtatatatgtttctaagaaagagctgtttgtcatccttgactagtcttatcagccattgttttg--tgtaacgtttggttttaattttgcattgagcagCCAATGATCTATGGTAGAGGAGCAATGCCAACAGGGATGCAAATGGTTCCAATGCTTCTTCCCGATGGCCGAGTTGGCTATGTTCT
     ||||||    ||   |  |  ||   | |        | |  | |     || | ||    | |||| |  || |||       |||  | |||||| |||| |||||||| ||  |||||||| |||| ||||| ||||| |||||| | || || ||||| ||| |||||||||||||
----gtatgttagcgagcttgcaccattctccttgtcccttgatttatgttccttatcggttaaattttaacctaaggatttg--cacacatcaa-cagCCAGTGATATATGGTAGGGGGCCAATGCCAGCAGGAATGCATATGGTGCCAATGGTGCTACCAGATGGTCGAATTGGCTATGTTCT

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|47829721|gb|CK119405.1|CK119405
EST:     CTTACGGTGCTATGGGTGCCGGTTTGGGTATTGCCGGTAGTTTTAGTCAG                         CCAATGATCTATGGTAGAGGAGCAATGCCAACAGGGATGCAAATGGTTCCA
genomic: CTTACGGTGCTATGGGTGCCGGTTTGGGTATTGCCGGTAGTTTTAGTCAGgtatatatgt ... cattgagcagCCAATGATCTATGGTAGAGGAGCAATGCCAACAGGGATGCAAATGGTTCCA
EST: gi|47828154|gb|CK117838.1|CK117838
EST:     CTTACGGTGCTATGGGTGCCGGTTTGGGTATTGCCGGTAGTTTTAGTCAG                         CCAATGATCTATGGTAGAGGAGCAATGCCAACAGGGATGCAAATGGTTCCA
genomic: CTTACGGTGCTATGGGTGCCGGTTTGGGTATTGCCGGTAGTTTTAGTCAGgtatatatgt ... cattgagcagCCAATGATCTATGGTAGAGGAGCAATGCCAACAGGGATGCAAATGGTTCCA
EST: gi|125033917|gb|EL106186.1|EL106186
EST:     GGGTGCCGGTTTGGGTATTGCCGGTAGTTTTAGTCAG                         CCAATGATCTATGGTAGAGGAGCAATGCCAACAGGGATGCAAATGGTTCCA
genomic: GGGTGCCGGTTTGGGTATTGCCGGTAGTTTTAGTCAGgtatatatgt ... cattgagcagCCAATGATCTATGGTAGAGGAGCAATGCCAACAGGGATGCAAATGGTTCCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agtcttatcagccattgttttgtgtaacgtttggttttaattttgcattgagcagCCAATGATCTATGGTAGAGGAGCAATGCCAACAGGGATGCAAATGGTTCCAATGCTTCTTCCCGATGGCCGAGTTGGCTATGTTCT
                                  ttttaat  putative branch site (score: 3)
                             tttggttttaatttt  TA-rich tract