Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtcgatggttcttgtaaacaaatttgttgatccttctctattgattcatatttactttcgcttaataaataaccaatatggattgctgtgcagGCAACAGCCTGGTATGCCGATGGCAGCAGCACCACCACAACGACCAAGAAGAAATGACCGGAATAACGGCTCAAGCGGAGGGTCAGGCAGAGATAACAGT

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G00830.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|47829721|gb|CK119405.1|CK119405
EST:     ATGCAAATGGTTCCAATGCTTCTTCCCGATGGCCGAGTTGGCTATGTTCT                         GCAACAGCCTGGTATGCCGATGGCAGCAGCACCACCACAACGACCAAGAAG
genomic: ATGCAAATGGTTCCAATGCTTCTTCCCGATGGCCGAGTTGGCTATGTTCTgtaagtcgat ... tgctgtgcagGCAACAGCCTGGTATGCCGATGGCAGCAGCACCACCACAACGACCAAGAAG
EST: gi|47828154|gb|CK117838.1|CK117838
EST:     ATGCAAATGGTTCCAATGCTTCTTCCCGATGGCCGAGTTGGCTATGTTCT                         GCAACAGTCTGGTATGCCGATGGCAGCAGCACCACCACAACGACCAAGAAG
genomic: ATGCAAATGGTTCCAATGCTTCTTCCCGATGGCCGAGTTGGCTATGTTCTgtaagtcgat ... tgctgtgcagGCAACAGCCTGGTATGCCGATGGCAGCAGCACCACCACAACGACCAAGAAG
EST: gi|125061167|gb|EL129806.1|EL129806
EST:     TGCAAATGGTTCCAATGCTTCTTCCCGTATGGCCGAGTTGGCTATGTTCT                         GCAACAGCCTGGTATGCCGATGGCAGCAGCACCACCACAACG
genomic: TGCAAATGGTTCCAATGCTTCTTCCCG-ATGGCCGAGTTGGCTATGTTCTgtaagtcgat ... tgctgtgcagGCAACAGCCTGGTATGCCGATGGCAGCAGCACCACCACAACG
EST: gi|164156552|gb|EL969403.1|EL969403
EST:     ATGCAAATGGTTCCAATGCTTCTTCCCGATGGCCGAGTTGGCTATGTTCT                         GCAACAGCCTG
genomic: ATGCAAATGGTTCCAATGCTTCTTCCCGATGGCCGAGTTGGCTATGTTCTgtaagtcgat ... tgctgtgcagGCAACAGCCTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tattgattcatatttactttcgcttaataaataaccaatatggattgctgtgcagGCAACAGCCTGGTATGCCGATGGCAGCAGCACCACCACAACGACCAAGAAGAAATGACCGGAATAACGGCTCAAGCGGAGGGTCAGGCAGAGATAACAGT
                            aaataac  putative branch site (score: 2)
                       ttaataaataaccaat  TA-rich tract