1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
gtagtgcttcatctcagttggtttattatacaaattgcaaggttcaaaaactcagttagctgaaagtagatcagaattttgaacactttgagtttatatacccatcatattaagaactgttcttgatgaacagGTTGCTTCTGGTCAAGTTGCTAGCACGGGTGCTGTTGTTATGAACTATGTTCAGAAGATTTCAGATAAG
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT3G20000.1 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTCGGAAGTCGGGAATAGGCTATGCTGCTAGATACGAGACAGATAAAATG GTTGCTTCTGGTCAAGTTGCTAGCACGGGTGCTGTTGTTATGAACTATGTTEST: gi|164033366|gb|ES017634.1|ES017634
genomic: CTCGGAAGTCGGGAATAGGCTATGCTGCTAGATACGAGACAGATAAAATGgtagtgcttc ... tgatgaacagGTTGCTTCTGGTCAAGTTGCTAGCACGGGTGCTGTTGTTATGAACTATGTT
EST: TAGGCTATGCCGCTAGATACGAGACAGATAAAATG GTTGCTTCTGGTCAAGTTGCTAGCACGGGTGCTGTTGTTATGAACTATGTTEST: gi|86078167|gb|DR373924.1|DR373924
genomic: TAGGCTATGCTGCTAGATACGAGACAGATAAAATGgtagtgcttc ... tgatgaacagGTTGCTTCTGGTCAAGTTGCTAGCACGGGTGCTGTTGTTATGAACTATGTT
EST: GAAGTCGGGAATAGGCTATGCTSCTAGATACGAGACAGATAAAATG GTTGCTTCTGGTCAAGTTGCTAGCACGGGTGCTGTTGTTATGAACTATGTTEST: gi|86076058|gb|DR371815.1|DR371815
genomic: GAAGTCGGGAATAGGCTATGCTGCTAGATACGAGACAGATAAAATGgtagtgcttc ... tgatgaacagGTTGCTTCTGGTCAAGTTGCTAGCACGGGTGCTGTTGTTATGAACTATGTT
EST: GCTATGCTGCTAGATACGAGACAGATAAAATG GTTGCTTCTGGTCAAGTTGCTAGCACGGGTGCTATTGTTATGAACTATGTTEST: gi|116432713|gb|EG475305.1|EG475305
genomic: GCTATGCTGCTAGATACGAGACAGATAAAATGgtagtgcttc ... tgatgaacagGTTGCTTCTGGTCAAGTTGCTAGCACGGGTGCTGTTGTTATGAACTATGTT
EST: CTCGGAAGTCGGGAATAGGCTATGCTGCTAGATACGAGACAGATAAAATG GTTGCTTCTGGTCAAGTTGCTAGCACGGGTGCTGTTGTTATGAACTATGTT
genomic: CTCGGAAGTCGGGAATAGGCTATGCTGCTAGATACGAGACAGATAAAATGgtagtgcttc ... tgatgaacagGTTGCTTCTGGTCAAGTTGCTAGCACGGGTGCTGTTGTTATGAACTATGTT
ttgaacactttgagtttatatacccatcatattaagaactgttcttgatgaacagGTTGCTTCTGGTCAAGTTGCTAGCACGGGTGCTGTTGTTATGAACTATGTTCAGAAGATTTCAGATAAG
tcttgat putative branch site (score: 4)
ctgttctt CT-rich tract
tttgagtttatata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtagtgcttcatctcagttggtttattatacaaattgcaaggttcaaaaactcagttagctgaaagtagatcagaattttgaacactttgagtttatatacccatcatattaagaactgttcttgatgaacagGTTGCTTCTGGTCAAGTTGCTAGCACGGGTGCTGTTGTTATGAACTATGTTCAGAAGATTTCAGATAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT