Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATAACAAATGAGGAACATATGTCACAAGCAATGTTCAACTTTGATTACATGgtatgaaaattctctgtatataataatttcctatccttgtgatgtacctttttattatacagtatttggttcattgagtttttttaactgtttttatctcacatttatgtag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G20000.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|47829613|gb|CK119297.1|CK119297
EST:     TAACAAATGAGGAACATATGTCACAAGCAATGTTCAACTTTGATTACATG                         GGATCAGACTACAGAGCTCAGCTTCAACTTGGACAGAGTGCCCTAATTGGA
genomic: TAACAAATGAGGAACATATGTCACAAGCAATGTTCAACTTTGATTACATGgtatgaaaat ... atttatgtagGGATCAGACTACAGAGCTCAGCTTCAACTTGGACAGAGTGCCCTAATTGGA
EST: gi|86035192|gb|DR330945.1|DR330945
EST:     TAACAAATGAGGAACATATGTCACAAGCAATGTTCAACTTTGATTACATG                         GGATCAGACTACAGAGCTCAGCTTC
genomic: TAACAAATGAGGAACATATGTCACAAGCAATGTTCAACTTTGATTACATGgtatgaaaat ... atttatgtagGGATCAGACTACAGAGCTCAGCTTC
EST: gi|86035206|gb|DR330959.1|DR330959
EST:     TAACAAATGAGGAACATATGTCACAAGCAATGTTCAACTTTGATTACATG                         GGATCAGACTACAGAGCTCAGCTTCAACTTGGACAGAGTGCCCTAATTGGA
genomic: TAACAAATGAGGAACATATGTCACAAGCAATGTTCAACTTTGATTACATGgtatgaaaat ... atttatgtagGGATCAGACTACAGAGCTCAGCTTCAACTTGGACAGAGTGCCCTAATTGGA
EST: gi|86035207|gb|DR330960.1|DR330960
EST:     TAACAAATGAGGAACATATGTCACAAGCAATGTTCAACTTTGATTACATG                         GGATCAGACTACAGAGCTCAGCTTCAACTTGGACAGAGTGCCCTAATTGGA
genomic: TAACAAATGAGGAACATATGTCACAAGCAATGTTCAACTTTGATTACATGgtatgaaaat ... atttatgtagGGATCAGACTACAGAGCTCAGCTTCAACTTGGACAGAGTGCCCTAATTGGA
EST: gi|86035215|gb|DR330968.1|DR330968
EST:     TAACAAATGAGGAACATATGTCACAANNNATGTTCAACTTTGATTACATG                         GGATCAGACTACAGAGCTCAGCTTCAACCTTGGACAGAGTGCCCTAATTGG
genomic: TAACAAATGAGGAACATATGTCACAAGCAATGTTCAACTTTGATTACATGgtatgaaaat ... atttatgtagGGATCAGACTACAGAGCTCAGCTTCAAC-TTGGACAGAGTGCCCTAATTGG
EST: gi|125044071|gb|EL116340.1|EL116340
EST:     AATGTTCAACTTTGATTACATG                         GGATCAGACTACAGAGCTCAGCTTCAACTTGGACAGAGTGACCCTAATTGG
genomic: AATGTTCAACTTTGATTACATGgtatgaaaat ... atttatgtagGGATCAGACTACAGAGCTCAGCTTCAACTTGGACAGAGTG-CCCTAATTGG
EST: gi|86035199|gb|DR330952.1|DR330952
EST:     TAACAAATGAGGAACATATGTCACAAGCAATGTTCAACTTTGATTACATG                         GGATCAGACTACAGAGCTCAGCTTCAACTTGGACAGAGTGCCCTAATTGGA
genomic: TAACAAATGAGGAACATATGTCACAAGCAATGTTCAACTTTGATTACATGgtatgaaaat ... atttatgtagGGATCAGACTACAGAGCTCAGCTTCAACTTGGACAGAGTGCCCTAATTGGA
EST: gi|86035201|gb|DR330954.1|DR330954
EST:     TAACAAATGAGGAACATATGTCACAAGCAATGTTCAACTTTGATTACATG                         GGATCAGACTACAGAGCTCAGCTTCAACTTGGACAGAGTGCCCTAATTGGA
genomic: TAACAAATGAGGAACATATGTCACAAGCAATGTTCAACTTTGATTACATGgtatgaaaat ... atttatgtagGGATCAGACTACAGAGCTCAGCTTCAACTTGGACAGAGTGCCCTAATTGGA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ATAACAAATGAGGAACATATGTCACAAGCAATGTTCAACTTTGATTACATGgtatgaaaattctctgtatataataatttcctatccttgtgatgtacctttttattatacagtatttggttcattgagtttttttaactgtttttatctcacatttatgtag

- - - - - - - - - - - -  AAGCAA