Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaacgtttttggtaatcagctgttttaatatttttattgtcatgaaaaatatgtgaaaatgacaaagtaaatatgcagTTGCTGCTCATCGGAAGGGTAATGACTGATGGTAGACTAAATGCGAGACTGAAAGCAGATTTAACTGATAAGTTAGTTGTGAAGGCGAATGCTCTG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G20000.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86035196|gb|DR330949.1|DR330949
EST:     AAATTCCAACAGCCCATTATGAGTTTGGTGCCAATTATTATGACCCAAAG                         TTGCTGCTCATCGGAAGGGTAATGACTGATGGTAGACTAAATGCGAGACTG
genomic: AAATTCCAACAGCCCATTATGAGTTTGGTGCCAATTATTATGACCCAAAGgtaacgtttt ... aaatatgcagTTGCTGCTCATCGGAAGGGTAATGACTGATGGTAGACTAAATGCGAGACTG
EST: gi|86035193|gb|DR330946.1|DR330946
EST:     AAATTCCAACAGCCCATTATGAGTTTGGTGCCAATTATTATGACCCAAAG                         TTGCTGCTCATCGGAAGGGTAATGACTGATGGTAGACTAAATGCGAGACTG
genomic: AAATTCCAACAGCCCATTATGAGTTTGGTGCCAATTATTATGACCCAAAGgtaacgtttt ... aaatatgcagTTGCTGCTCATCGGAAGGGTAATGACTGATGGTAGACTAAATGCGAGACTG
EST: gi|86035214|gb|DR330967.1|DR330967
EST:     AAATTCCAACAGCCCATTATGAGTTTGGTGCCAATTATTATGACCCAAAG                         TTGCTGCTCATCGGAAGGGTAATGACTGATGGTAGACTAAATGCGAGACTG
genomic: AAATTCCAACAGCCCATTATGAGTTTGGTGCCAATTATTATGACCCAAAGgtaacgtttt ... aaatatgcagTTGCTGCTCATCGGAAGGGTAATGACTGATGGTAGACTAAATGCGAGACTG
EST: gi|86035211|gb|DR330964.1|DR330964
EST:     AAATTCCAACAGCCCATTATGAGTTTGGTGCCAATTATTATGACCCAAAG                         TTGCTGCTCATCGGAAGGGTAATGACTGATG
genomic: AAATTCCAACAGCCCATTATGAGTTTGGTGCCAATTATTATGACCCAAAGgtaacgtttt ... aaatatgcagTTGCTGCTCATCGGAAGGGTAATGACTGATG
EST: gi|86035194|gb|DR330947.1|DR330947
EST:     AAATTCCAACAGCCCATTATGAGTTTGGTGCCAATTATTATGACCCAAAG                         TTGCTGCTCATCGGAAGGGTAATGACTGATGGTAGACTAAATGCGAGACTG
genomic: AAATTCCAACAGCCCATTATGAGTTTGGTGCCAATTATTATGACCCAAAGgtaacgtttt ... aaatatgcagTTGCTGCTCATCGGAAGGGTAATGACTGATGGTAGACTAAATGCGAGACTG
EST: gi|86035209|gb|DR330962.1|DR330962
EST:     AAATTCCAACAGCCCATTATGAGTTTGGTGCCAATTATTATGACCCAAAG                         TTGCTGCTCATCGGAAGGGTAATGACTGATGGTAGACTAAATGCGAGACTG
genomic: AAATTCCAACAGCCCATTATGAGTTTGGTGCCAATTATTATGACCCAAAGgtaacgtttt ... aaatatgcagTTGCTGCTCATCGGAAGGGTAATGACTGATGGTAGACTAAATGCGAGACTG
EST: gi|47829613|gb|CK119297.1|CK119297
EST:     AAATTCCAACAGCCCATTATGAGTTTGGTGCCAATTATTATGACCCAAAG                         TTGCTGCTCATCGGAAGGGTAATGACTGATGGTAGACTAAATGCGAGACTG
genomic: AAATTCCAACAGCCCATTATGAGTTTGGTGCCAATTATTATGACCCAAAGgtaacgtttt ... aaatatgcagTTGCTGCTCATCGGAAGGGTAATGACTGATGGTAGACTAAATGCGAGACTG
EST: gi|86035198|gb|DR330951.1|DR330951
EST:     AAATTCCAACAGCCCATTATGAGTTTGGTGCCAATTATTATGACCCAAAG                         TTGCTGCTCATCGGAAGGGTAATGACTGATGGTAGACTAAATGCGAGACTG
genomic: AAATTCCAACAGCCCATTATGAGTTTGGTGCCAATTATTATGACCCAAAGgtaacgtttt ... aaatatgcagTTGCTGCTCATCGGAAGGGTAATGACTGATGGTAGACTAAATGCGAGACTG
EST: gi|86035210|gb|DR330963.1|DR330963
EST:     AAATTCCAACAGCCCATTATGAGTTTGGTGCCAATTATTATGACCCAAAG                         TTGCTGCTCATCGGAAGGGTAATGACTGATGGTAGACTAAATGCGAGACTG
genomic: AAATTCCAACAGCCCATTATGAGTTTGGTGCCAATTATTATGACCCAAAGgtaacgtttt ... aaatatgcagTTGCTGCTCATCGGAAGGGTAATGACTGATGGTAGACTAAATGCGAGACTG
EST: gi|86035192|gb|DR330945.1|DR330945
EST:     AAATTCCAACAGCCCATTATGAGTTTGGTGCCAATTATTATGACCCAAAG                         TTGCTGCTCATCGGAAGGGTAATGACTGATGGTAGACTAAATGCGAGACTG
genomic: AAATTCCAACAGCCCATTATGAGTTTGGTGCCAATTATTATGACCCAAAGgtaacgtttt ... aaatatgcagTTGCTGCTCATCGGAAGGGTAATGACTGATGGTAGACTAAATGCGAGACTG
EST: gi|86035212|gb|DR330965.1|DR330965
EST:     AAATTCCAACAGCCCATTATGAGTTTGGTGCCAATTATTATGACCCAAAG                         TTGCTGCTCATCGGAAGGGTAATGACTGATGGTAGACTAAATGCGAGACTG
genomic: AAATTCCAACAGCCCATTATGAGTTTGGTGCCAATTATTATGACCCAAAGgtaacgtttt ... aaatatgcagTTGCTGCTCATCGGAAGGGTAATGACTGATGGTAGACTAAATGCGAGACTG
EST: gi|86035204|gb|DR330957.1|DR330957
EST:     AAATTCCAACAGCCCATTATGAGTTTGGTGCCAATTATTATGACCCAAAG                         TTGCTGCTCATCGGAAGGGTAATGACTGATGGTAGACTAAATGCGAGACTG
genomic: AAATTCCAACAGCCCATTATGAGTTTGGTGCCAATTATTATGACCCAAAGgtaacgtttt ... aaatatgcagTTGCTGCTCATCGGAAGGGTAATGACTGATGGTAGACTAAATGCGAGACTG
EST: gi|86035188|gb|DR330941.1|DR330941
EST:     AAWTTCCAACAGCCCATTATGAGTTTGGTGCCAATTATTATGACCCAAAG                         TTGSTGCTCATCGGAAGGGTAATGACTGATGGTAGAMCTAAATGCGAGACT
genomic: AAATTCCAACAGCCCATTATGAGTTTGGTGCCAATTATTATGACCCAAAGgtaacgtttt ... aaatatgcagTTGCTGCTCATCGGAAGGGTAATGACTGATGGTAGA-CTAAATGCGAGACT
EST: gi|86035208|gb|DR330961.1|DR330961
EST:     AAATTCCAACAGCCCATTATGAGTTTGGTGCCAATTATTATGACCCAAAG                         TTGCTGCTCATCGGAAGGGTAATGACTGATGGTAGACT
genomic: AAATTCCAACAGCCCATTATGAGTTTGGTGCCAATTATTATGACCCAAAGgtaacgtttt ... aaatatgcagTTGCTGCTCATCGGAAGGGTAATGACTGATGGTAGACT
EST: gi|86035195|gb|DR330948.1|DR330948
EST:     AAATTCCAACAGCCCATTATGAGTTTGGTGCCAATTATTATGACCCAAAG                         TTGCTGCTCATCGGAAGGGTAATGACTGATGGTAGACTAAATGCGAGACTG
genomic: AAATTCCAACAGCCCATTATGAGTTTGGTGCCAATTATTATGACCCAAAGgtaacgtttt ... aaatatgcagTTGCTGCTCATCGGAAGGGTAATGACTGATGGTAGACTAAATGCGAGACTG
EST: gi|86035187|gb|DR330940.1|DR330940
EST:     AAATTCCAACAGCCCATTATGAGTTTGGTGCCAATTATTATGACCCAAAG                         TTGCTGCTCATCGGAAGGGTAATGACTGATGGTAGACTAAATGCGAGACTG
genomic: AAATTCCAACAGCCCATTATGAGTTTGGTGCCAATTATTATGACCCAAAGgtaacgtttt ... aaatatgcagTTGCTGCTCATCGGAAGGGTAATGACTGATGGTAGACTAAATGCGAGACTG
EST: gi|86035206|gb|DR330959.1|DR330959
EST:     AAATTCCAACAGCCCATTATGAGTTTGGTGCCAATTATTATGACCCAAAG                         TTGCTGCTCATCGGAAGGGTAATGACTGATAGTAGACTAAATGCGAGACTG
genomic: AAATTCCAACAGCCCATTATGAGTTTGGTGCCAATTATTATGACCCAAAGgtaacgtttt ... aaatatgcagTTGCTGCTCATCGGAAGGGTAATGACTGATGGTAGACTAAATGCGAGACTG
EST: gi|86035197|gb|DR330950.1|DR330950
EST:     AAATTCCAACAGCCCATTATGAGTTTGGTGCCAATTATTATGACCCAAAG                         TTGCTGCTCATCGGAAGGGTAATGACTGATGGTAGACTAAATGCGAGACTG
genomic: AAATTCCAACAGCCCATTATGAGTTTGGTGCCAATTATTATGACCCAAAGgtaacgtttt ... aaatatgcagTTGCTGCTCATCGGAAGGGTAATGACTGATGGTAGACTAAATGCGAGACTG
EST: gi|86035189|gb|DR330942.1|DR330942
EST:     AAATTCCAACAGCCCATTATGAGTTTGGTGCCAATTATTATGACCCAAAG                         TTGCTGCTCATCGGAAGGGTAATGACTGATGG
genomic: AAATTCCAACAGCCCATTATGAGTTTGGTGCCAATTATTATGACCCAAAGgtaacgtttt ... aaatatgcagTTGCTGCTCATCGGAAGGGTAATGACTGATGG
EST: gi|86035207|gb|DR330960.1|DR330960
EST:     AAATTCCAACAGCCCATTATGAGTTTGGTGCCAATTATTATGACCCAAAG                         TTGCTGCTCATCGGAAGGGTAATGACTGATGGTAGACTAAATGCGAGACTG
genomic: AAATTCCAACAGCCCATTATGAGTTTGGTGCCAATTATTATGACCCAAAGgtaacgtttt ... aaatatgcagTTGCTGCTCATCGGAAGGGTAATGACTGATGGTAGACTAAATGCGAGACTG
EST: gi|86035215|gb|DR330968.1|DR330968
EST:     AAATTCCAACAGCCCATTATGAGTTTGGTGCCAATTATTATGACCCAAAG                         TTGCTGCTCATCGGAAGGGTAATGACTGATGGTAGACTAAATGCGAGACTG
genomic: AAATTCCAACAGCCCATTATGAGTTTGGTGCCAATTATTATGACCCAAAGgtaacgtttt ... aaatatgcagTTGCTGCTCATCGGAAGGGTAATGACTGATGGTAGACTAAATGCGAGACTG
EST: gi|86035190|gb|DR330943.1|DR330943
EST:     AAATTCCAACAGCCCATTATGAGTTTGGTGCCAATTATTATGACCCAAAG                         TTGCTGCTCATCGGAA
genomic: AAATTCCAACAGCCCATTATGAGTTTGGTGCCAATTATTATGACCCAAAGgtaacgtttt ... aaatatgcagTTGCTGCTCATCGGAA
EST: gi|86035202|gb|DR330955.1|DR330955
EST:     AAATTCCAACAGCCCATTATGAGTTTGGTGCCAATTATTATGACCCAAAG                         TTGCTGCTCATCGGAAGGGTAATGACTGATGGTAGACTAAATGCGAGACTG
genomic: AAATTCCAACAGCCCATTATGAGTTTGGTGCCAATTATTATGACCCAAAGgtaacgtttt ... aaatatgcagTTGCTGCTCATCGGAAGGGTAATGACTGATGGTAGACTAAATGCGAGACTG
EST: gi|86035199|gb|DR330952.1|DR330952
EST:     AAATTCCAACAGCCCATTATGAGTTTGGTGCCAATTATTATGACCCAAAG                         TTGCTGCTCATCGGAAGGGTAATGACTGATGGTAGACTAAATGCGAGACTG
genomic: AAATTCCAACAGCCCATTATGAGTTTGGTGCCAATTATTATGACCCAAAGgtaacgtttt ... aaatatgcagTTGCTGCTCATCGGAAGGGTAATGACTGATGGTAGACTAAATGCGAGACTG
EST: gi|86035201|gb|DR330954.1|DR330954
EST:     AAATTCCAACAGCCCATTATGAGTTTGGTGCCAATTATTATGACCCNNNG                         TTGCTGCTCATCGGAAGGGTAATGACTGATGGTAGACTAAATGCGAGACTG
genomic: AAATTCCAACAGCCCATTATGAGTTTGGTGCCAATTATTATGACCCAAAGgtaacgtttt ... aaatatgcagTTGCTGCTCATCGGAAGGGTAATGACTGATGGTAGACTAAATGCGAGACTG
EST: gi|86035216|gb|DR330969.1|DR330969
EST:     AAATTCCAACAGCCCATTATGAGTTTGGTGCCAATTATTATGACCCAAAG                         TTGCTGCTCATCGGAAGGGTAATGACTGATGGTAGACTAAATGCGAGACTG
genomic: AAATTCCAACAGCCCATTATGAGTTTGGTGCCAATTATTATGACCCAAAGgtaacgtttt ... aaatatgcagTTGCTGCTCATCGGAAGGGTAATGACTGATGGTAGACTAAATGCGAGACTG
EST: gi|86035205|gb|DR330958.1|DR330958
EST:     AAATTCCAACAGCC-ATTATGAGTTTGGTGCCAATTATTATGACC-AAAG                         TTGCTGCTCATCGGAAGGGTA
genomic: AAATTCCAACAGCCCATTATGAGTTTGGTGCCAATTATTATGACCCAAAGgtaacgtttt ... aaatatgcagTTGCTGCTCATCGGAAGGGTA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttaatatttttattgtcatgaaaaatatgtgaaaatgacaaagtaaatatgcagTTGCTGCTCATCGGAAGGGTAATGACTGATGGTAGACTAAATGCGAGACTGAAAGCAGATTTAACTGATAAGTTAGTTGTGAAGGCGAATGCTCTG
 ttttaat  putative branch site (score: 3)
     tatttttattgtcatg  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaacgtttttggtaatcagctgttttaatatttttattgtcatgaaaaatatgtgaaaatgacaaagtaaatatgcagTTGCTGCTCATCGGAAGGGTAATGACTGATGGTAGACTAAATGCGAGACTGAAAGCAGATTTAACTGATAAGTTAGTTGTGAAGGCGAATGCTCTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAGAT