Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATTTGTACAAAGGTACGGCCTGCAAATGATGAAGAACTTCCTTCTTTGTATATTGAGGAGTACAGgtatggatttttacacccagctgtaggatttaagatcaggttcatgcatcaccattcagttcagaattatcatatattcgtagcctaagttcttatggca...

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G05520.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|164159719|gb|ES004129.1|ES004129
EST:     CTTTGTATATTGAGGAGTACAG                         ATATGCTCTTGATGCTGAAATCCAGAGATATGTTAGTGAATCTTATCCGAA
genomic: CTTTGTATATTGAGGAGTACAGgtatggattt ... ctcattacagATATGCTCTTGATGCTGAAATCCAGAGATATGTTAGTGAATCTTATCCGAA
EST: gi|86039969|gb|DR335724.1|DR335724
EST:     CGGCCTGCAAATGATGAAGAACTTCCTTCTTTGTATATTGAGGAGTACAG                         ATATGCTCTTGATTCTGAAATCCAGAGAWTATGTTAGTGAATCTTATCCG
genomic: CGGCCTGCAAATGATGAAGAACTTCCTTCTTTGTATATTGAGGAGTACAGgtatggattt ... ctcattacagATATGCTCTTGATGCTGAAATCCAGAGA-TATGTTAGTGAATCTTATCCG
EST: gi|86039958|gb|DR335713.1|DR335713
EST:     CGGCCTGCAAATGATGAAGAACTTCCTTCTTTGTATATTGAGGAGTACAG                         ATACGCTCTTGATGCTGAWATCCAGAGATATGTTAGTGA
genomic: CGGCCTGCAAATGATGAAGAACTTCCTTCTTTGTATATTGAGGAGTACAGgtatggattt ... ctcattacagATATGCTCTTGATGCTGAAATCCAGAGATATGTTAGTGA
EST: gi|86039968|gb|DR335723.1|DR335723
EST:     CGGCCTGCAAATGATGAAGAACTTCCTTCTTTGTATATTGAGGAGTACAG                         ATATGCTCTTGATGCTGAAATCCAGAGATATGTTAGTGAATCTTATCCGAA
genomic: CGGCCTGCAAATGATGAAGAACTTCCTTCTTTGTATATTGAGGAGTACAGgtatggattt ... ctcattacagATATGCTCTTGATGCTGAAATCCAGAGATATGTTAGTGAATCTTATCCGAA
EST: gi|86039957|gb|DR335712.1|DR335712
EST:     CGGCCTGCAAATGATGAAGAACTTCCTTCTTTGTATATTGAGGAGTACAG                         ATATGCTCTTGATGCTGAA-TCCAGAGATATGTTAGTGAATCTTATCCGAG
genomic: CGGCCTGCAAATGATGAAGAACTTCCTTCTTTGTATATTGAGGAGTACAGgtatggattt ... ctcattacagATATGCTCTTGATGCTGAAATCCAGAGATATGTTAGTGAATCTTATCCGAA
EST: gi|86039966|gb|DR335721.1|DR335721
EST:     CGGCCTGCAAATGATGAAGAACTTCCTTCTTTGTATATTGAGGAGTACAG                         ATATGCTCTTGATGCTGAAATCCAGAGATATGTTAGTGAATCTTATCCGAA
genomic: CGGCCTGCAAATGATGAAGAACTTCCTTCTTTGTATATTGAGGAGTACAGgtatggattt ... ctcattacagATATGCTCTTGATGCTGAAATCCAGAGATATGTTAGTGAATCTTATCCGAA
EST: gi|19878114|gb|AU238945.1|AU238945
EST:     CGGCCTGCAAATGATGAAGAACTTCCTTCTTTGTATATTGAGGAGTACAG                         ATATGCTCTTGATGCTGAAATCCAGAGATATGTTAGTGAATCTTATCCGAA
genomic: CGGCCTGCAAATGATGAAGAACTTCCTTCTTTGTATATTGAGGAGTACAGgtatggattt ... ctcattacagATATGCTCTTGATGCTGAAATCCAGAGATATGTTAGTGAATCTTATCCGAA
EST: gi|164124252|gb|EL995826.1|EL995826
EST:     TGAGGAGTACAG                         ATATGCTCTTGATGCTGAAATCCAGAGATATGTTAGTGAATCTTATCCGAA
genomic: TGAGGAGTACAGgtatggattt ... ctcattacagATATGCTCTTGATGCTGAAATCCAGAGATATGTTAGTGAATCTTATCCGAA
EST: gi|86039965|gb|DR335720.1|DR335720
EST:     CGGCCTGCAAATGATGAAGAACTTCCTTCTTTGTATATTGAGGAGTACAG                         ATATGCTCTTGATGCTGAAATCCAGAGATATGTTAGTG
genomic: CGGCCTGCAAATGATGAAGAACTTCCTTCTTTGTATATTGAGGAGTACAGgtatggattt ... ctcattacagATATGCTCTTGATGCTGAAATCCAGAGATATGTTAGTG
EST: gi|86039959|gb|DR335714.1|DR335714
EST:     CGGCCTGCAAATGATGAAGAACTTCCTTCTTTGTATATTGAGGAGTACAG                         ATATGCTCTTGATGCTGAAATCCAGAGATATGTTAGTGAATCTTATCCGAA
genomic: CGGCCTGCAAATGATGAAGAACTTCCTTCTTTGTATATTGAGGAGTACAGgtatggattt ... ctcattacagATATGCTCTTGATGCTGAAATCCAGAGATATGTTAGTGAATCTTATCCGAA
EST: gi|86039962|gb|DR335717.1|DR335717
EST:     CGGCCTGCAAATGATGAAGAACTTCCTTCTTTGTATATTGAGGAGTACAG                         ATATGCTCTTGATGCTGAAATCCAGAGATATGTTAGTGAATCTTATCCGAA
genomic: CGGCCTGCAAATGATGAAGAACTTCCTTCTTTGTATATTGAGGAGTACAGgtatggattt ... ctcattacagATATGCTCTTGATGCTGAAATCCAGAGATATGTTAGTGAATCTTATCCGAA
EST: gi|86039967|gb|DR335722.1|DR335722
EST:     CGGCCTGCAAATGATGAAGAACTTCCTTCTTTGTATATTGAGGAGTACAG                         ATATGCTCTTGATGCTGAAATCCAGAGATATGTTAGTGAATCTTATCCGAA
genomic: CGGCCTGCAAATGATGAAGAACTTCCTTCTTTGTATATTGAGGAGTACAGgtatggattt ... ctcattacagATATGCTCTTGATGCTGAAATCCAGAGATATGTTAGTGAATCTTATCCGAA
EST: gi|86039960|gb|DR335715.1|DR335715
EST:     CGGCCTGCAAATGATGAAGAACTTCCTTCTTTGTATATTGAGGAGTACAG                         ATATGCTCTTGATGCTGAAATCCAGAGATATGTTAGTGAATCTTATCCGAA
genomic: CGGCCTGCAAATGATGAAGAACTTCCTTCTTTGTATATTGAGGAGTACAGgtatggattt ... ctcattacagATATGCTCTTGATGCTGAAATCCAGAGATATGTTAGTGAATCTTATCCGAA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ATTTGTACAAAGGTACGGCCTGCAAATGATGAAGAACTTCCTTCTTTGTATATTGAGGAGTACAGgtatggatttttacacccagctgtaggatttaagatcaggttcatgcatcaccattcagttcagaattatcatatattcgtagcctaagttcttatggca

- - - - - - - - - - - - - -  TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG