1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...agaagtttaggaataaagggcaatgaacctggagtgatctacattatttttgtcttactgctgaatacatatgttgaaaaggttgttttgctcattacagATATGCTCTTGATGCTGAAATCCAGAGATATGTTAGTGAATCTTATCCGAAAGGTATGTCTGCAGTTAATTGTGTGAAAGGGAAAGATAATGAGGGTCCA
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT3G05520.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTTTGTATATTGAGGAGTACAG ATATGCTCTTGATGCTGAAATCCAGAGATATGTTAGTGAATCTTATCCGAAEST: gi|86039969|gb|DR335724.1|DR335724
genomic: CTTTGTATATTGAGGAGTACAGgtatggattt ... ctcattacagATATGCTCTTGATGCTGAAATCCAGAGATATGTTAGTGAATCTTATCCGAA
EST: CGGCCTGCAAATGATGAAGAACTTCCTTCTTTGTATATTGAGGAGTACAG ATATGCTCTTGATTCTGAAATCCAGAGAWTATGTTAGTGAATCTTATCCGEST: gi|86039958|gb|DR335713.1|DR335713
genomic: CGGCCTGCAAATGATGAAGAACTTCCTTCTTTGTATATTGAGGAGTACAGgtatggattt ... ctcattacagATATGCTCTTGATGCTGAAATCCAGAGA-TATGTTAGTGAATCTTATCCG
EST: CGGCCTGCAAATGATGAAGAACTTCCTTCTTTGTATATTGAGGAGTACAG ATACGCTCTTGATGCTGAWATCCAGAGATATGTTAGTGAEST: gi|86039968|gb|DR335723.1|DR335723
genomic: CGGCCTGCAAATGATGAAGAACTTCCTTCTTTGTATATTGAGGAGTACAGgtatggattt ... ctcattacagATATGCTCTTGATGCTGAAATCCAGAGATATGTTAGTGA
EST: CGGCCTGCAAATGATGAAGAACTTCCTTCTTTGTATATTGAGGAGTACAG ATATGCTCTTGATGCTGAAATCCAGAGATATGTTAGTGAATCTTATCCGAAEST: gi|86039957|gb|DR335712.1|DR335712
genomic: CGGCCTGCAAATGATGAAGAACTTCCTTCTTTGTATATTGAGGAGTACAGgtatggattt ... ctcattacagATATGCTCTTGATGCTGAAATCCAGAGATATGTTAGTGAATCTTATCCGAA
EST: CGGCCTGCAAATGATGAAGAACTTCCTTCTTTGTATATTGAGGAGTACAG ATATGCTCTTGATGCTGAA-TCCAGAGATATGTTAGTGAATCTTATCCGAGEST: gi|86039966|gb|DR335721.1|DR335721
genomic: CGGCCTGCAAATGATGAAGAACTTCCTTCTTTGTATATTGAGGAGTACAGgtatggattt ... ctcattacagATATGCTCTTGATGCTGAAATCCAGAGATATGTTAGTGAATCTTATCCGAA
EST: CGGCCTGCAAATGATGAAGAACTTCCTTCTTTGTATATTGAGGAGTACAG ATATGCTCTTGATGCTGAAATCCAGAGATATGTTAGTGAATCTTATCCGAAEST: gi|19878114|gb|AU238945.1|AU238945
genomic: CGGCCTGCAAATGATGAAGAACTTCCTTCTTTGTATATTGAGGAGTACAGgtatggattt ... ctcattacagATATGCTCTTGATGCTGAAATCCAGAGATATGTTAGTGAATCTTATCCGAA
EST: CGGCCTGCAAATGATGAAGAACTTCCTTCTTTGTATATTGAGGAGTACAG ATATGCTCTTGATGCTGAAATCCAGAGATATGTTAGTGAATCTTATCCGAAEST: gi|164124252|gb|EL995826.1|EL995826
genomic: CGGCCTGCAAATGATGAAGAACTTCCTTCTTTGTATATTGAGGAGTACAGgtatggattt ... ctcattacagATATGCTCTTGATGCTGAAATCCAGAGATATGTTAGTGAATCTTATCCGAA
EST: TGAGGAGTACAG ATATGCTCTTGATGCTGAAATCCAGAGATATGTTAGTGAATCTTATCCGAAEST: gi|86039965|gb|DR335720.1|DR335720
genomic: TGAGGAGTACAGgtatggattt ... ctcattacagATATGCTCTTGATGCTGAAATCCAGAGATATGTTAGTGAATCTTATCCGAA
EST: CGGCCTGCAAATGATGAAGAACTTCCTTCTTTGTATATTGAGGAGTACAG ATATGCTCTTGATGCTGAAATCCAGAGATATGTTAGTGEST: gi|86039959|gb|DR335714.1|DR335714
genomic: CGGCCTGCAAATGATGAAGAACTTCCTTCTTTGTATATTGAGGAGTACAGgtatggattt ... ctcattacagATATGCTCTTGATGCTGAAATCCAGAGATATGTTAGTG
EST: CGGCCTGCAAATGATGAAGAACTTCCTTCTTTGTATATTGAGGAGTACAG ATATGCTCTTGATGCTGAAATCCAGAGATATGTTAGTGAATCTTATCCGAAEST: gi|86039962|gb|DR335717.1|DR335717
genomic: CGGCCTGCAAATGATGAAGAACTTCCTTCTTTGTATATTGAGGAGTACAGgtatggattt ... ctcattacagATATGCTCTTGATGCTGAAATCCAGAGATATGTTAGTGAATCTTATCCGAA
EST: CGGCCTGCAAATGATGAAGAACTTCCTTCTTTGTATATTGAGGAGTACAG ATATGCTCTTGATGCTGAAATCCAGAGATATGTTAGTGAATCTTATCCGAAEST: gi|86039967|gb|DR335722.1|DR335722
genomic: CGGCCTGCAAATGATGAAGAACTTCCTTCTTTGTATATTGAGGAGTACAGgtatggattt ... ctcattacagATATGCTCTTGATGCTGAAATCCAGAGATATGTTAGTGAATCTTATCCGAA
EST: CGGCCTGCAAATGATGAAGAACTTCCTTCTTTGTATATTGAGGAGTACAG ATATGCTCTTGATGCTGAAATCCAGAGATATGTTAGTGAATCTTATCCGAAEST: gi|86039960|gb|DR335715.1|DR335715
genomic: CGGCCTGCAAATGATGAAGAACTTCCTTCTTTGTATATTGAGGAGTACAGgtatggattt ... ctcattacagATATGCTCTTGATGCTGAAATCCAGAGATATGTTAGTGAATCTTATCCGAA
EST: CGGCCTGCAAATGATGAAGAACTTCCTTCTTTGTATATTGAGGAGTACAG ATATGCTCTTGATGCTGAAATCCAGAGATATGTTAGTGAATCTTATCCGAA
genomic: CGGCCTGCAAATGATGAAGAACTTCCTTCTTTGTATATTGAGGAGTACAGgtatggattt ... ctcattacagATATGCTCTTGATGCTGAAATCCAGAGATATGTTAGTGAATCTTATCCGAA
atttttgtcttactgctgaatacatatgttgaaaaggttgttttgctcattacagATATGCTCTTGATGCTGAAATCCAGAGATATGTTAGTGAATCTTATCCGAAAGGTATGTCTGCAGTTAATTGTGTGAAAGGGAAAGATAATGAGGGTCCA
gtcttac putative branch site (score: 3)
ttttgctc putative PPT
aatacatat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| agaagtttaggaataaagggcaatgaacctggagtgatctacattatttttgtcttactgctgaatacatatgttgaaaaggttgttttgctcattacagATATGCTCTTGATGCTGAAATCCAGAGATATGTTAGTGAATCTTATCCGAAAGGTATGTCTGCAGTTAATTGTGTGAAAGGGAAAGATAATGAGGGTCCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - gaataaa
- - - - - - - - - - caatgaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaataca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaaaagg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgttttg