Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gtcctgcatcaccttttcatattttttgaagatgttatgggaaaactgtttagtgtttattcgctgcgagatatcgtaatactgttttgttgaatctcagGTGATTGTCTCATCTTACAGTGAAATTAATGAAAATGAGTACCTTGATCCAAGAACTGCCCAGGTTGCCATAGTTGATCATGTTAAACAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G05520.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86039969|gb|DR335724.1|DR335724
EST:     ACAACAAAACTCACATGATTTGCCTTGAAATGCCCAGTGGAGCTGGTGAT                         GTGATTGTCTCATCTTACAGTGAAATTAATGAAAATGAGTACCTTGATCCA
genomic: ACAACAAAACTCACATGATTTGCCTTGAAATGCCCAGTGGAGCTGGTGATgtgagttagc ... tgaatctcagGTGATTGTCTCATCTTACAGTGAAATTAATGAAAATGAGTACCTTGATCCA
EST: gi|86039958|gb|DR335713.1|DR335713
EST:     ACAACAAAACTCACATGATTTGCCTTGAAATGCCCAGTGGAGCTGGTGAT                         GTGATTGTCTCATCTTACAGTGAAATTAATGAAAATGAGTACCTTGATCCA
genomic: ACAACAAAACTCACATGATTTGCCTTGAAATGCCCAGTGGAGCTGGTGATgtgagttagc ... tgaatctcagGTGATTGTCTCATCTTACAGTGAAATTAATGAAAATGAGTACCTTGATCCA
EST: gi|86039968|gb|DR335723.1|DR335723
EST:     ACAACAAAACTCACATGATTTGCCTTGAAATGCCCAGTGGAGCTGGTGAT                         GTGATTGTCTCATCTTACAGTGAAATTAATGAAAATGAGTACCTTGATCCA
genomic: ACAACAAAACTCACATGATTTGCCTTGAAATGCCCAGTGGAGCTGGTGATgtgagttagc ... tgaatctcagGTGATTGTCTCATCTTACAGTGAAATTAATGAAAATGAGTACCTTGATCCA
EST: gi|86039957|gb|DR335712.1|DR335712
EST:     ACAACAAAACTCACATGATTTGCCTTGAAATGCCCAGTGGAGCTGGTGAT                         GTGATTGTCTCATCTTACAGTGAAATTAATGAAAATCAGTACCTTGATCCA
genomic: ACAACAAAACTCACATGATTTGCCTTGAAATGCCCAGTGGAGCTGGTGATgtgagttagc ... tgaatctcagGTGATTGTCTCATCTTACAGTGAAATTAATGAAAATGAGTACCTTGATCCA
EST: gi|86039966|gb|DR335721.1|DR335721
EST:     ACAACAAAACTCACATGATTTGCCTTGAAATGCCCAGTGGAGCTGGTGAT                         GTGATTGTCTCATCTTACAGTGAAATTAATGAAAATGAGTACCTTGATCCA
genomic: ACAACAAAACTCACATGATTTGCCTTGAAATGCCCAGTGGAGCTGGTGATgtgagttagc ... tgaatctcagGTGATTGTCTCATCTTACAGTGAAATTAATGAAAATGAGTACCTTGATCCA
EST: gi|86039961|gb|DR335716.1|DR335716
EST:     CAACAAAACTCACATGATTTGCCTTGAAATGCCCAGTGGAGCTGGGTGAT                         GTGATTGTCTCATCTTACAGTGAAATTAATGAAAATGAGTACCTTGATCC
genomic: CAACAAAACTCACATGATTTGCCTTGAAATGCCCAGTGGAGCTGG-TGATgtgagttagc ... tgaatctcagGTGATTGTCTCATCTTACAGTGAAATTAATGAAAATGAGTACCTTGATCC
EST: gi|19878114|gb|AU238945.1|AU238945
EST:     ACAACAAAACTCACATGATTTGCCTTGAAATGCCCAGTGGAGCTGGTGAT                         GTGATTGTCTCATCTTACAGTGAAATTAATGAAAATGAGTACCTTGATCCA
genomic: ACAACAAAACTCACATGATTTGCCTTGAAATGCCCAGTGGAGCTGGTGATgtgagttagc ... tgaatctcagGTGATTGTCTCATCTTACAGTGAAATTAATGAAAATGAGTACCTTGATCCA
EST: gi|116467036|gb|EG509628.1|EG509628
EST:     ACAACAAAACTCACATGATTTGCCTTGAAATGCCCAGTGGAGCTGGTGAT                         GTGATTGTCTCATCTTACAGTGAAATTAATGAAAATGAGTACCTTGATCCA
genomic: ACAACAAAACTCACATGATTTGCCTTGAAATGCCCAGTGGAGCTGGTGATgtgagttagc ... tgaatctcagGTGATTGTCTCATCTTACAGTGAAATTAATGAAAATGAGTACCTTGATCCA
EST: gi|86039964|gb|DR335719.1|DR335719
EST:     ACAACAAAACTCACATGATTTGCCTTGAAATGCCCAGTGGAGCTGGTGAT                         GTGATTGTCTCATCTTACAGTGAAATTAATGAAAATCAGTACCTTGATCCA
genomic: ACAACAAAACTCACATGATTTGCCTTGAAATGCCCAGTGGAGCTGGTGATgtgagttagc ... tgaatctcagGTGATTGTCTCATCTTACAGTGAAATTAATGAAAATGAGTACCTTGATCCA
EST: gi|86039965|gb|DR335720.1|DR335720
EST:     ACAACAAAACTCACATGATTTGCCTTGAAATGCCCAGTGGAGCTGGTGAT                         GTGATTGTCTCATCTTACAGTGAAATTAATGAAAATGAGTACCTTGATCCA
genomic: ACAACAAAACTCACATGATTTGCCTTGAAATGCCCAGTGGAGCTGGTGATgtgagttagc ... tgaatctcagGTGATTGTCTCATCTTACAGTGAAATTAATGAAAATGAGTACCTTGATCCA
EST: gi|86039959|gb|DR335714.1|DR335714
EST:     ACAACAAAACTCACATGATTTGCCTTGAAATGCCCAGTGGAGCTGGTGAT                         GTGATTGTCTCATCTTACAGTGAAATTAATGAAAATGAGTACCTTGATCCA
genomic: ACAACAAAACTCACATGATTTGCCTTGAAATGCCCAGTGGAGCTGGTGATgtgagttagc ... tgaatctcagGTGATTGTCTCATCTTACAGTGAAATTAATGAAAATGAGTACCTTGATCCA
EST: gi|86039962|gb|DR335717.1|DR335717
EST:     ACAACAAAACTCACATGATTTGCCTTGAAATGCCCAGTGGAGCTGGTGAT                         GTGATTGTCTCATCTTACAGTGAAATTAATGAAAATGAGTACCTTGATCCA
genomic: ACAACAAAACTCACATGATTTGCCTTGAAATGCCCAGTGGAGCTGGTGATgtgagttagc ... tgaatctcagGTGATTGTCTCATCTTACAGTGAAATTAATGAAAATGAGTACCTTGATCCA
EST: gi|86039967|gb|DR335722.1|DR335722
EST:     ACAACAAAACTCACATGATTTGCCTTGAAATGCCCAGTGGAGCTGGTGAT                         GTGATTGTCTCATCTTACAGTGAAATTAATGAAAATGAGTACCTTGATCCA
genomic: ACAACAAAACTCACATGATTTGCCTTGAAATGCCCAGTGGAGCTGGTGATgtgagttagc ... tgaatctcagGTGATTGTCTCATCTTACAGTGAAATTAATGAAAATGAGTACCTTGATCCA
EST: gi|86039960|gb|DR335715.1|DR335715
EST:     ACAACAAAACTCACATGATTTGCCTTGAAATGCCCAGTGGAGCTGGTGAT                         GTGATTGTCTCATCTTACAGTGAAATTAATGAAAATGAGTACCTTGATCCA
genomic: ACAACAAAACTCACATGATTTGCCTTGAAATGCCCAGTGGAGCTGGTGATgtgagttagc ... tgaatctcagGTGATTGTCTCATCTTACAGTGAAATTAATGAAAATGAGTACCTTGATCCA
EST: gi|164114007|gb|ES111243.1|ES111243
EST:     TTTGCCTTGAAATGCCCAGTGGAGCTGGTGAT                         GTGATTGTCTCATCTTACAGTGAAATTAAATGAAAATAGAGTACCTTGATC
genomic: TTTGCCTTGAAATGCCCAGTGGAGCTGGTGATgtgagttagc ... tgaatctcagGTGATTGTCTCATCTTACAGTGAAATTAA-TGAAAAT-GAGTACCTTGATC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctgtttagtgtttattcgctgcgagatatcgtaatactgttttgttgaatctcagGTGATTGTCTCATCTTACAGTGAAATTAATGAAAATGAGTACCTTGATCCAAGAACTGCCCAGGTTGCCATAGTTGATCATGTTAAACAG
                                       ttttgtt  CT-rich tract
        tgtttatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtcctgcatcaccttttcatattttttgaagatgttatgggaaaactgtttagtgtttattcgctgcgagatatcgtaatactgttttgttgaatctcagGTGATTGTCTCATCTTACAGTGAAATTAATGAAAATGAGTACCTTGATCCAAGAACTGCCCAGGTTGCCATAGTTGATCATGTTAAACAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC
- - - catcacc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaaaact
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgttttg