Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagttcactccttaacgtcaattacaaaaaccaacttagctttaccatcactaagatctaattgtctcgaatcatcatcattccagCAACCAACGTAGCACAACTGCAACTTCGATCG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G32940.1
intron # 21
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86087969|gb|DR383728.1|DR383728
EST:     GGTTTCTCCCCCGATGACTTGCAGAATCTCATCCATTCTCTCTCCTATGT                         CAACCAACGTAGCACAACTGCAACTTCGATCG
genomic: GGTTTCTCCCCCGATGACTTGCAGAATCTCATCCATTCTCTCTCCTATGTgtaagttcac ... atcattccagCAACCAACGTAGCACAACTGCAACTTCGATCG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

caacttagctttaccatcactaagatctaattgtctcgaatcatcatcattccagCAACCAACGTAGCACAACTGCAACTTCGATCG
                        atctaat  putative branch site (score: 3)
                                              tcattcc  putative PPT
                        atctaatt  TA-rich tract