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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagtaaattgattttacattcaatattatgaaatttacatccactacttggcaattttccataagaatgccgcactaattctttcatttcccttgaattgattgtaatatgtctcttttaccttgaattctgtagGTACATCGAAGATAATCCTCAATATGCGGAGTCGAGTGTTTATTTGCTCAAATTTCGTCAACTCCAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G73430.2
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116477890|gb|EG520482.1|EG520482
EST:     TCAAACTCAAACTTTCTCCCACTACTGAAACGGCTGGATGAGTGCATATC                         GTACATCGAAGATAATCCTCAATATGCGGAGTCGAGTGTTTATTTGCTCAA
genomic: TCAAACTCAAACTTTCTCCCACTACTGAAACGGCTGGATGAGTGCATATCgtgagtaaat ... aattctgtagGTACATCGAAGATAATCCTCAATATGCGGAGTCGAGTGTTTATTTGCTCAA






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctttcatttcccttgaattgattgtaatatgtctcttttaccttgaattctgtagGTACATCGAAGATAATCCTCAATATGCGGAGTCGAGTGTTTATTTGCTCAAATTTCGTCAACTCCAG
               aattgat  putative branch site (score: 4)
               aattgattgtaatat  TA-rich tract