1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' | 19 5' 3' | 20 5' 3' |
21 5' 3' | 22 5' 3' | 23 5' 3' | 24 5' 3' | 25 5' 3' |
gtaagtccatttctctgcaactttatcaaccatgtatattatctttggctggtttgtatatgtgcggttacttgttctaatcccttatgtttgaacccaaatctcttgcgctaattactttgaatactaaatgtgcatcatcatccgatgatatgttttatattcagGACAAATATAGTGGAAGCTCATACGCAAGTGGAGTCTTTGCTCAAAGCTGAGTACTCAGCTGAAGAACAAGCCAATATTAATATGATCTCCATTCAGGAT
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT1G73430.2 |
intron # | 25 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTCTATTTGCAAAACCCATCAACAAGGACCATACTTTTCAAGCCGATCAA GACAAATATAGTGGAAGCTCATACGCAAGTGGAGTCTTTGCTCAAAGCTGAEST: gi|124780992|gb|EH870935.1|EH870935
genomic: CTCTATTTGCAAAACCCATCAACAAGGACCATACTTTTCAAGCCGATCAAgtaagtccat ... ttatattcagGACAAATATAGTGGAAGCTCATACGCAAGTGGAGTCTTTGCTCAAAGCTGA
EST: CTTTTCAAGCCGATCAA GACAAATATAGTGGAAGCTCATACGCAAGTGGAGTCTTTGCTCAAAGCTGAEST: gi|116477889|gb|EG520481.1|EG520481
genomic: CTTTTCAAGCCGATCAAgtaagtccat ... ttatattcagGACAAATATAGTGGAAGCTCATACGCAAGTGGAGTCTTTGCTCAAAGCTGA
EST: CTTTATTTGCAAAACCCATCAACAAGGACCATACTTTTCAAGCCGATCAA GACAAATATAGTGGAAGCTCATACGCAAGTGGAGTCTTTGCTCAAAGCTGAEST: gi|124935866|gb|EL012817.1|EL012817
genomic: CTCTATTTGCAAAACCCATCAACAAGGACCATACTTTTCAAGCCGATCAAgtaagtccat ... ttatattcagGACAAATATAGTGGAAGCTCATACGCAAGTGGAGTCTTTGCTCAAAGCTGA
EST: CTCTATTTGCAAAACCCATCAACAAGGACCATACTTTTCAAGCCGATCAA GACAAATATAGTGGAAGCTCATACGCAAGTGGAGTCTTTGCTCAAAGEST: gi|116477896|gb|EG520488.1|EG520488
genomic: CTCTATTTGCAAAACCCATCAACAAGGACCATACTTTTCAAGCCGATCAAgtaagtccat ... ttatattcagGACAAATATAGTGGAAGCTCATACGCAAGTGGAGTCTTTGCTCAAAG
EST: CTTTATTTGCAAAACCCATCAACAAGGACCATACTTTTCAAGCCGATCAA GACAAATATAGTGGAAGCTCATACGCAAGTGGAGTCTTTGCTCAAAGCTGA
genomic: CTCTATTTGCAAAACCCATCAACAAGGACCATACTTTTCAAGCCGATCAAgtaagtccat ... ttatattcagGACAAATATAGTGGAAGCTCATACGCAAGTGGAGTCTTTGCTCAAAGCTGA
aattactttgaatactaaatgtgcatcatcatccgatgatatgttttatattcagGACAAATATAGTGGAAGCTCATACGCAAGTGGAGTCTTTGCTCAAAGCTGAGTACTCAGCTGAAGAACAAGCCAATATTAATATGATCTCCATTCAGGAT
tactaaa putative branch site (score: 1)
atgatatgttttatat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagtccatttctctgcaactttatcaaccatgtatattatctttggctggtttgtatatgtgcggttacttgttctaatcccttatgtttgaacccaaatctcttgcgctaattactttgaatactaaatgtgcatcatcatccgatgatatgttttatattcagGACAAATATAGTGGAAGCTCATACGCAAGTGGAGTCTTTGCTCAAAGCTGAGTACTCAGCTGAAGAACAAGCCAATATTAATATGATCTCCATTCAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC