Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgggtttgatcttcgtttttatttgttttagctgtctgtttaatccaaggaatagacggtatggaaaatctaccttacaaatgggtatttgctctctttggatgactttacagGTCTTGTAGGACGTAATGGTACCGGAAAAACAACTTTTTTGAGGTATATGGCTATGCATGCTATAGAGGGTATTCCTACTAATTGCCAGATATTGCATGT

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G64550.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT1G64550.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv02s0025g02160.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
gtgggtttgatcttcgtttttatttgttttagctgtctgtttaatccaaggaatagacggtatggaaaatctaccttacaaatgggtatttgctctctttggatgactttacagGTCTTGTAGGACGTAATGGTACCGGAAAAACAACTTTTTTGAGGTATATGGCTATGCATGCTATAGAGGGTATTCCTACTAATTGCCAGATATTGCATGT
        || ||||  ||| || |  | ||  ||||| |  ||||  |  | || |   ||      || |   ||    |||  |   |||  | |     ||  | |||||| ||||||||| | |||||||| || |||||||||||  | ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||  || ||||||||||| |||||
--------gaacttc--tttgatgttatctaa-tgtctatccaatcataatagta-ataataatttggatttggttttttgatgtattactgccatatacttttg--tatacagGCCTTGTAGGAAGAAATGGTACTGGCAAAACAACTTTCCTTAGGTACATGGCTATGCATGCTATTGATGGTATTCCTAAGAACTGCCAGATATTACATGT


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtatggaaaatctaccttacaaatgggtatttgctctctttggatgactttacagGTCTTGTAGGACGTAATGGTACCGGAAAAACAACTTTTTTGAGGTATATGGCTATGCATGCTATAGAGGGTATTCCTACTAATTGCCAGATATTGCATGT
             accttac  putative branch site (score: 3)
      aaaatcta  TA-rich tract