Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATGTGGTTTCACCGACCTCTAAGAGCCGACGAGTGGTTGCTCTATGTGgtagttttttctatccttgtttcttatgaacatttcagatcaaatgtttgttcagaataaatgaaaatgatttttggtatagagttgttttataaacttgtttgctgtaagaggttcacccacttacaacacaaaggatgctgcttgcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G01710.1
intron # 15
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|164080288|gb|ES175377.1|ES175377
EST:     CTAAGAGCCGACGAGTGGTTGCTCTATGTG                         ATTGTGAGTCCAACTGCGCATGAGACCCGTGGTTTTG
genomic: CTAAGAGCCGACGAGTGGTTGCTCTATGTGgtagtttttt ... ctgcttgcagATTGTGAGTCCAACTGCGCATGAGACCCGTGGTTTTG
EST: gi|164192453|gb|ES031749.1|ES031749
EST:     GATGTGGTTTCACCGACCTCTAAGAGCCGACGAGTGGTTGCTCTATGTG                         ATTGTGAGTCCAACTGCGCATGAGACCCGTGGTTTTGT
genomic: GATGTGGTTTCACCGACCTCTAAGAGCCGACGAGTGGTTGCTCTATGTGgtagtttttt ... ctgcttgcagATTGTGAGTCCAACTGCGCATGAGACCCGTGGTTTTGT
EST: gi|164056936|gb|ES099954.1|ES099954
EST:     GATGTGGTTTCACCGACCTCTAAGAGCCGACGAGTGGTTGCTCTATGTG                         ATTGTGAAGTACCAACTGCGCATGAGACCCGTGGTTTTGT
genomic: GATGTGGTTTCACCGACCTCTAAGAGCCGACGAGTGGTTGCTCTATGTGgtagtttttt ... ctgcttgcagATTGTGA-GT-CCAACTGCGCATGAGACCCGTGGTTTTGT
EST: gi|19797542|gb|AU229328.1|AU229328
EST:     GATGT-GTTTCACCGACCTCTAAGAGCCGACGAGTGGTTGCTCTATGTG                         ATTGTGAGTCCAACTGCGCATGAGACCCCTGGTTTTGTGACTGGTCAAATG
genomic: GATGTGGTTTCACCGACCTCTAAGAGCCGACGAGTGGTTGCTCTATGTGgtagtttttt ... ctgcttgcagATTGTGAGTCCAACTGCGCATGAGACCCGTGGTTTTGTGACTGGTCAAATG