1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gtgattgttttgtttattgcaaattatctcttccacacgtgtaccaattagattgaactaaacatgttttggttttgcagATGTGGATATCGAAGGGTGAATATGATGAGTCTGGTCCATCCATTGTCCACAGGAAGTGCTTCTAAGTCCAAAAGAAATGCTTTAATGGTGAGTTATGTT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA04G39380.2 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTGTTTGGATTGGAGGATCAATCCTTGCATCCCTCAGCACCTTCCAGCAG ATGTGGATATCGAAGGGTGAATATGATGAGTCTGGTCCATCCATTGTCCACEST: gi|26059734|gb|CA802648.1|CA802648
genomic: GTGTTTGGATTGGAGGATCAATCCTTGCATCCCTCAGCACCTTCCAGCAGgtgattgttt ... ggttttgcagATGTGGATATCGAAGGGTGAATATGATGAGTCTGGTCCATCCATTGTCCAC
EST: GTGTTTGGATTGGAGGATCAATCCTTGCATCCCTCAGCACCTTCCAGCAG ATGTGGATATCGAAGGGTGAATATGATGAGTCTGGTCCATCCATTGTCCACEST: gi|208062241|gb|GD858919.1|GD858919
genomic: GTGTTTGGATTGGAGGATCAATCCTTGCATCCCTCAGCACCTTCCAGCAGgtgattgttt ... ggttttgcagATGTGGATATCGAAGGGTGAATATGATGAGTCTGGTCCATCCATTGTCCAC
EST: GTGTTTGGATTGGAGGATCAATCCTTGCATCCCTCAGCACCTTCCAGCAG ATGTGGATATCGAAGGGTGAATATGATGAGTCTGGTCCATCCATTGTCCACEST: gi|21602335|gb|BQ612666.1|BQ612666
genomic: GTGTTTGGATTGGAGGATCAATCCTTGCATCCCTCAGCACCTTCCAGCAGgtgattgttt ... ggttttgcagATGTGGATATCGAAGGGTGAATATGATGAGTCTGGTCCATCCATTGTCCAC
EST: GGAGGATCAATCCTTGCATCCCTCAGCACCTTCCAGCAG ATGTGGATATCGAAGGGTGAATATGATGAGTCTGGTCCATCCATTGTCCACEST: gi|208055901|gb|GD851998.1|GD851998
genomic: GGAGGATCAATCCTTGCATCCCTCAGCACCTTCCAGCAGgtgattgttt ... ggttttgcagATGTGGATATCGAAGGGTGAATATGATGAGTCTGGTCCATCCATTGTCCAC
EST: GTGTTTGGATTGGAGGATCAATCCTTGCATCCCTCAGCACCTTCCAGCAG ATGTGGATATCGAAGGGTGAATATGATGAGTCTGGTCCATCCATTGTCCACEST: gi|193675632|gb|FK615698.1|FK615698
genomic: GTGTTTGGATTGGAGGATCAATCCTTGCATCCCTCAGCACCTTCCAGCAGgtgattgttt ... ggttttgcagATGTGGATATCGAAGGGTGAATATGATGAGTCTGGTCCATCCATTGTCCAC
EST: GNGTTTGGATTGGAGGATCAATCCTTGCATCCCTCAGCACCTTCCAGCAG ATGTGGATATCGAAGGGTGAATATGATGAGTCTGGTCCATCCATTGTCCACEST: gi|19937773|gb|BQ081416.1|BQ081416
genomic: GTGTTTGGATTGGAGGATCAATCCTTGCATCCCTCAGCACCTTCCAGCAGgtgattgttt ... ggttttgcagATGTGGATATCGAAGGGTGAATATGATGAGTCTGGTCCATCCATTGTCCAC
EST: GTGTTTGGATTGGAGGATCAATCCTTGCATCCCTCAGCACCTTCCAGCAG ATGTGGATATCGAAGGGTGAATATGATGAGTCTGGTCCATCCATTGTCCACEST: gi|214009896|gb|DB988012.1|DB988012
genomic: GTGTTTGGATTGGAGGATCAATCCTTGCATCCCTCAGCACCTTCCAGCAGgtgattgttt ... ggttttgcagATGTGGATATCGAAGGGTGAATATGATGAGTCTGGTCCATCCATTGTCCAC
EST: GTGTTTGGATTGGAGGATCAATCCTTGCATCCCTCAGCACCTTCCAGCAG ATGTGGATATCGAAGGGTGAATATGATGAGTCTGGTCCATCCATTGTCGACEST: gi|209715057|gb|BW677100.1|BW677100
genomic: GTGTTTGGATTGGAGGATCAATCCTTGCATCCCTCAGCACCTTCCAGCAGgtgattgttt ... ggttttgcagATGTGGATATCGAAGGGTGAATATGATGAGTCTGGTCCATCCATTGTCCAC
EST: GTGTTTGGATTGGAGGATCAATCCTTGCATCCCTCAGCACCTTCCAGCAG ATGTGGATATCGAAGGGTGAATATGATGAGTCTGGTCCATCCATTGTCCACEST: gi|208239711|gb|GE036739.1|GE036739
genomic: GTGTTTGGATTGGAGGATCAATCCTTGCATCCCTCAGCACCTTCCAGCAGgtgattgttt ... ggttttgcagATGTGGATATCGAAGGGTGAATATGATGAGTCTGGTCCATCCATTGTCCAC
EST: GGATTGGAGGATCAATCCTTGCATCCCTCAGCACCTTCCAGCAG ATGTGGATATCGAGGGGTGAATATGATGAGTCTGGTCCATCCATTGTCCAC
genomic: GGATTGGAGGATCAATCCTTGCATCCCTCAGCACCTTCCAGCAGgtgattgttt ... ggttttgcagATGTGGATATCGAAGGGTGAATATGATGAGTCTGGTCCATCCATTGTCCAC
atctcttccacacgtgtaccaattagattgaactaaacatgttttggttttgcagATGTGGATATCGAAGGGTGAATATGATGAGTCTGGTCCATCCATTGTCCACAGGAAGTGCTTCTAAGTCCAAAAGAAATGCTTTAATGGTGAGTTATGTT
aactaaa putative branch site (score: 2)
aattagatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgattgttttgtttattgcaaattatctcttccacacgtgtaccaattagattgaactaaacatgttttggttttgcagATGTGGATATCGAAGGGTGAATATGATGAGTCTGGTCCATCCATTGTCCACAGGAAGTGCTTCTAAGTCCAAAAGAAATGCTTTAATGGTGAGTTATGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA