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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttatacatatcttttctcgttatcctctaaatattttcctataataagtggtatttagtttgtccatagtccatacatctgacaaagtttaatcatccagGTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTGCTGTTTTTGGCCTTGGAACAGTTGGACTTGCA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G824600_T03
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78120688|gb|DV539072.1|DV539072
EST:     ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTG                         GTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
genomic: ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTGgtatgttctt ... aatcatccagGTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
EST: gi|149001497|gb|EE038802.2|EE038802
EST:     ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTG                         GTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
genomic: ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTGgtatgttctt ... aatcatccagGTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
EST: gi|149072277|gb|EE160534.2|EE160534
EST:     ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTG                         GTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGGTGTTG
genomic: ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTGgtatgttctt ... aatcatccagGTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
EST: gi|211040047|gb|FL419088.1|FL419088
EST:     ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTG                         GTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
genomic: ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTGgtatgttctt ... aatcatccagGTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
EST: gi|31359124|gb|CD443481.1|CD443481
EST:     ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTG                         GTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGNCAA-GGTTGAATCTGGCTCAGTTGTT
genomic: ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTGgtatgttctt ... aatcatccagGTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTG-CAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTT
EST: gi|211036986|gb|FL384639.1|FL384639
EST:     CAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCAGGTTGTGGTGTTCCTACTG                         GTCNTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTT
genomic: CAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTC-GGTTGTGGTGTTCCTACTGgtatgttctt ... aatcatccagGTC-TTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTT
EST: gi|211527705|gb|FL414610.1|FL414610
EST:     ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTG                         GTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
genomic: ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTGgtatgttctt ... aatcatccagGTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
EST: gi|148930859|gb|EC873272.2|EC873272
EST:     ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTG                         GTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
genomic: ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTGgtatgttctt ... aatcatccagGTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
EST: gi|31355865|gb|CD440222.1|CD440222
EST:     ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTG                         GTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
genomic: ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTGgtatgttctt ... aatcatccagGTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
EST: gi|74034792|gb|DT535283.1|DT535283
EST:     ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTG                         GTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
genomic: ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTGgtatgttctt ... aatcatccagGTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
EST: gi|91873470|gb|EB403427.1|EB403427
EST:     ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTG                         GTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
genomic: ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTGgtatgttctt ... aatcatccagGTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
EST: gi|149107259|gb|EE189142.2|EE189142
EST:     ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTG                         GTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
genomic: ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTGgtatgttctt ... aatcatccagGTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
EST: gi|149103654|gb|EE289058.2|EE289058
EST:     ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTG                         GTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
genomic: ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTGgtatgttctt ... aatcatccagGTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
EST: gi|211334202|gb|FL380510.1|FL380510
EST:     ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTG                         GTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
genomic: ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTGgtatgttctt ... aatcatccagGTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
EST: gi|148972824|gb|EE023810.2|EE023810
EST:     ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTG                         GTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
genomic: ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTGgtatgttctt ... aatcatccagGTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
EST: gi|148967436|gb|EE018664.2|EE018664
EST:     ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTG                         GTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
genomic: ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTGgtatgttctt ... aatcatccagGTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
EST: gi|149055770|gb|EE156478.2|EE156478
EST:     ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTG                         GTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
genomic: ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTGgtatgttctt ... aatcatccagGTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
EST: gi|211384815|gb|FL395209.1|FL395209
EST:     ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTG                         GTCTCGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAAGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
genomic: ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTGgtatgttctt ... aatcatccagGTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
EST: gi|211392726|gb|FL395705.1|FL395705
EST:     ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTG                         GTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
genomic: ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTGgtatgttctt ... aatcatccagGTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
EST: gi|31355257|gb|CD439614.1|CD439614
EST:     ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTG                         GTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGGTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
genomic: ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTGgtatgttctt ... aatcatccagGTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
EST: gi|91053436|gb|EB163854.1|EB163854
EST:     ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTG                         GTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
genomic: ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTGgtatgttctt ... aatcatccagGTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
EST: gi|211288478|gb|FL412711.1|FL412711
EST:     ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTG                         GTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
genomic: ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTGgtatgttctt ... aatcatccagGTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
EST: gi|31355494|gb|CD439851.1|CD439851
EST:     ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTG                         GTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
genomic: ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTGgtatgttctt ... aatcatccagGTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
EST: gi|78092173|gb|DV520547.1|DV520547
EST:     ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTG                         GTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
genomic: ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTGgtatgttctt ... aatcatccagGTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
EST: gi|211271449|gb|FL402756.1|FL402756
EST:     ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTG                         GTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
genomic: ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTGgtatgttctt ... aatcatccagGTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
EST: gi|211087315|gb|FL378413.1|FL378413
EST:     ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTG                         GTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
genomic: ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTGgtatgttctt ... aatcatccagGTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
EST: gi|148971977|gb|EE022778.2|EE022778
EST:     ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTG                         GTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
genomic: ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTGgtatgttctt ... aatcatccagGTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
EST: gi|31355047|gb|CD439404.1|CD439404
EST:     ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTG                         GTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
genomic: ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTGgtatgttctt ... aatcatccagGTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
EST: gi|84980461|gb|DW530810.1|DW530810
EST:     ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTG                         GTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
genomic: ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTGgtatgttctt ... aatcatccagGTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
EST: gi|211356389|gb|FL426375.1|FL426375
EST:     ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTG                         GTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
genomic: ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTGgtatgttctt ... aatcatccagGTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
EST: gi|148951255|gb|EC896953.2|EC896953
EST:     ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTG                         GTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
genomic: ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTGgtatgttctt ... aatcatccagGTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
EST: gi|71429708|gb|DR810758.1|DR810758
EST:     ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTG                         GTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
genomic: ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTGgtatgttctt ... aatcatccagGTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
EST: gi|148969452|gb|EE020260.2|EE020260
EST:     ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTG                         GTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
genomic: ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTGgtatgttctt ... aatcatccagGTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
EST: gi|84980410|gb|DW530759.1|DW530759
EST:     ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTG                         GTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
genomic: ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTGgtatgttctt ... aatcatccagGTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
EST: gi|20811111|gb|BQ295589.1|BQ295589
EST:     ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTG                         GTCTTGGAGCG
genomic: ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTGgtatgttctt ... aatcatccagGTCTTGGAGCG
EST: gi|31355949|gb|CD440306.1|CD440306
EST:     ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTG                         GTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG
genomic: ACAGGCACCCTTAGATAAAGTCTGCCTGCTCGGTTGTGGTGTTCCTACTGgtatgttctt ... aatcatccagGTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aagtggtatttagtttgtccatagtccatacatctgacaaagtttaatcatccagGTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTGCTGTTTTTGGCCTTGGAACAGTTGGACTTGCA
      tatttagttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ttatacatatcttttctcgttatcctctaaatattttcctataataagtggtatttagtttgtccatagtccatacatctgacaaagtttaatcatccagGTCTTGGAGCGGTGTGGAATACTGCAAAGGTTGAATCTGGCTCAGTTGTTGCTGTTTTTGGCCTTGGAACAGTTGGACTTGCA

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