Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gattgtatgatactttcaagtttagaaacaggaagcttgttgctatgattgatgtggacaggaaatatgggcataccattattaacaaactcacttgcagAGGTTTTGATGATGAGATGAGAGCTATTGTTGCAAGCAACCTTGAGGGAAGGGGAATCAAGTTGCATCCAGGGACAAATCTCTCTGAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G806449_T01
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G806449_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os02g56850.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
------gattgtatgatactttcaagtttagaaacaggaagcttgttgctatgattgatgtggacaggaaatatgggcataccattattaacaaactcacttgcagAGGTTTTGATGATGAGATGAGAGCTATTGTTGCAAGCAACCTTGAGGGAAGGGGAATCAAGTTGCATCCAGGGACAAATCTCTCTGAG
      ||  | |||  | | |||  ||||  | |   ||  |    |||||   | | |     |   |  |||   |    ||    ||   ||| | |||||||||||| ||||||||||||||  |  |||||||||| ||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||| ||||||
tatggagaaagaatgccaatgtcatttttattagccaaaatttcaa-gctattgattacggttctatccaccatgatta----atggcgaattgactaa-ttgcagAGGTTTCGATGATGAGATGAGGACGGTTGTTGCAAGTAACCTTGAGGGAAGGGGAATCAGATTACATCCAGGGACAAATCTATCTGAG

upper sequence: GRMZM5G806449_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA16G27210.1 (Glycine max), 3'ss of exon 8
--gattgtatgatactttcaagtttagaaacaggaagcttgttgctatgattgatgtggacaggaaatatgggcataccattattaacaaactcacttgcagAGGTTTTGATGATGAGATGAGAGCTATTGTTGCAAGCAACCTTGAGGGAAGGGGAATCAAGTTGCATCCAGGGACAAATCTCTCTGAG
    || | |||||      | | |             ||      ||  ||| |||    || | |  |       |  | | |||  || ||  ||||||||||||||||||||| |||||||||   || ||||| || ||||| || |||||||| || ||||||||| |||| ||| |  |  ||
gaagttttctgataacactcattattccttagtttttgttaacatcatttttgctgtttgtagcataccttactccccactgaataa--aattctgttgcagAGGTTTTGATGATGAAATGAGAGCTGCAGTGGCAAGAAATCTTGAAGGCAGGGGAATTAATTTGCATCCAAGGACCAATTTGACACAG

upper sequence: GRMZM5G806449_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA02G08180.1 (Glycine max), 3'ss of exon 7
gattgtatgatactttcaagtttagaaacaggaagcttgttgctatgattgatgtggacaggaaatatgggcatacc--attattaac------aaactcacttgcagAGGTTTTGATGATGAGATGAGAGCTATTGTTGCAAGCAACCTTGAGGGAAGGGGAATCAAGTTGCATCCAGGGACAAATCTCTCTGAG
   | |||  ||||  |     ||  || |||  || |  | |  |  ||  ||   |||  |  | | | ||||||  | |    ||      ||| ||  ||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||| || ||||| || |||||||| || ||||||||| |||| |||||  |  ||
--gtttatactactcac-----tattaataggttgcattattccctagtttttgctaacatcatttttag-cataccttactccccactgaataaaattctgttgcagAGGTTTTGATGATGAAATGAGAGCTGTAGTTGCAAGAAATCTTGAAGGCAGGGGAATTAATTTGCATCCAAGGACCAATCTGACACAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211287654|gb|FL367858.1|FL367858
EST:     GGGATGGGTGCTGAAGTAGATTTGTTTTATCGAAGAGATCTTCCTCTAAG                         AGGTTTTGATGATGAGATGAGAGCTATTGTTGCAAGCAACCTTGAGGGAAG
genomic: GGGATGGGTGCTGAAGTAGATTTGTTTTATCGAAGAGATCTTCCTCTAAGgtttgtaatt ... tcacttgcagAGGTTTTGATGATGAGATGAGAGCTATTGTTGCAAGCAACCTTGAGGGAAG
EST: gi|211462691|gb|FL336836.1|FL336836
EST:     GGGATGGGTGCTGAAGTAGATTTGTTTTATCGAAGAGATCTTCCTCTAAG                         AGGTTTTGATGATGAGATGAGAGCTATTGTTGCAAGCAACCTTGAGGGAAG
genomic: GGGATGGGTGCTGAAGTAGATTTGTTTTATCGAAGAGATCTTCCTCTAAGgtttgtaatt ... tcacttgcagAGGTTTTGATGATGAGATGAGAGCTATTGTTGCAAGCAACCTTGAGGGAAG
EST: gi|211123447|gb|FL321141.1|FL321141
EST:     GGGATGGGTGCTGAAGTAGATTTGTTTTATCGAAGAGATCTTCCTCTAAG                         AGGTTTTGATGATGAGATGAGAGCTATTGTTGCAAGCAACCTTGAGGGAAG
genomic: GGGATGGGTGCTGAAGTAGATTTGTTTTATCGAAGAGATCTTCCTCTAAGgtttgtaatt ... tcacttgcagAGGTTTTGATGATGAGATGAGAGCTATTGTTGCAAGCAACCTTGAGGGAAG
EST: gi|67026810|gb|CO455559.1|CO455559
EST:     GGGATGGGTGCTGAAGTAGATTTGTTTTATCGAAAAGATCTTCCTTTAAG                         AGGTTTTGATGATGAGATGAGAGCTATTGTTGCAAGCAACCTTGAGGGAAG
genomic: GGGATGGGTGCTGAAGTAGATTTGTTTTATCGAAGAGATCTTCCTCTAAGgtttgtaatt ... tcacttgcagAGGTTTTGATGATGAGATGAGAGCTATTGTTGCAAGCAACCTTGAGGGAAG
EST: gi|24934176|gb|CA452394.1|CA452394
EST:     GGGATGGGTGCTGAAGTAGATTTGTTNTATCGAAGAGATCTTCCTCTAAG                         AAGTTTTGATGATGAGATGAGAGCTATTGTTGCCAGCAACCTTGAGGGAAG
genomic: GGGATGGGTGCTGAAGTAGATTTGTTTTATCGAAGAGATCTTCCTCTAAGgtttgtaatt ... tcacttgcagAGGTTTTGATGATGAGATGAGAGCTATTGTTGCAAGCAACCTTGAGGGAAG
EST: gi|211135367|gb|FL349825.1|FL349825
EST:     GGGATGGGTGCTGAAGTAGATTTGTTTTATCGAAGAGATCTTCCTCTAAG                         ANGTTTTGATGATGAGATGAGAGCTATTGTTGCAAGCAACCTTGAGGGAAG
genomic: GGGATGGGTGCTGAAGTAGATTTGTTTTATCGAAGAGATCTTCCTCTAAGgtttgtaatt ... tcacttgcagAGGTTTTGATGATGAGATGAGAGCTATTGTTGCAAGCAACCTTGAGGGAAG
EST: gi|32794339|gb|CD946575.1|CD946575
EST:     GATCTTCCTCTAAG                         AGGTTTTGATGATGAGATGAGAGCTATTGTTGCAAGCAACCTTGAGGGAAG
genomic: GATCTTCCTCTAAGgtttgtaatt ... tcacttgcagAGGTTTTGATGATGAGATGAGAGCTATTGTTGCAAGCAACCTTGAGGGAAG
EST: gi|24934507|gb|CA452725.1|CA452725
EST:     GGGATGGGTGCTGAAGTAGATTTGTTTTATCGAAGAGATCTTCCTCTAAG                         AGGTTTTGATGATGAGATGAGAGCTATTGTTGCAAGCAACCTTGAGGGAAG
genomic: GGGATGGGTGCTGAAGTAGATTTGTTTTATCGAAGAGATCTTCCTCTAAGgtttgtaatt ... tcacttgcagAGGTTTTGATGATGAGATGAGAGCTATTGTTGCAAGCAACCTTGAGGGAAG
EST: gi|211396212|gb|FL320934.1|FL320934
EST:     GGGATGGGTGCTGAAGTAGATTTGTTTTATCGAAGAGATCTTCCTCTAAG                         AGGTTTTGATGATGAGATGAGAGCTATTGTTGCAAGCAACCTTGAGGGAAG
genomic: GGGATGGGTGCTGAAGTAGATTTGTTTTATCGAAGAGATCTTCCTCTAAGgtttgtaatt ... tcacttgcagAGGTTTTGATGATGAGATGAGAGCTATTGTTGCAAGCAACCTTGAGGGAAG
EST: gi|47961736|gb|CN844445.1|CN844445
EST:     GGTGCTGAAGTAGATTTGTTTTATCGAAAAGATCTTCCTTTAAG                         AGGTTTTGATGATGAGATGAGAGCTATTGTTGCAAGCAACCTTGAGGGAAG
genomic: GGTGCTGAAGTAGATTTGTTTTATCGAAGAGATCTTCCTCTAAGgtttgtaatt ... tcacttgcagAGGTTTTGATGATGAGATGAGAGCTATTGTTGCAAGCAACCTTGAGGGAAG
EST: gi|211460047|gb|FL333663.1|FL333663
EST:     GGGATGGGTGCTGAAGTAGATTTGTTTTATCGAAGAGATCTTCCTCTAAG                         AGGTTTTGATGATGAGATGAGAGCTATTGTTGCAAGCAACCTTGAGGGAAG
genomic: GGGATGGGTGCTGAAGTAGATTTGTTTTATCGAAGAGATCTTCCTCTAAGgtttgtaatt ... tcacttgcagAGGTTTTGATGATGAGATGAGAGCTATTGTTGCAAGCAACCTTGAGGGAAG
EST: gi|51593048|gb|CV072194.1|CV072194
EST:     GGGATGGGTGCTGAAGTAGATTTGTTTTATCGAAAAGATCTTCCTTTAAG                         AGGTTTTGATGATGAGATGAGAGCTATTGTTGCAAGCAACCTTGAGGGAAG
genomic: GGGATGGGTGCTGAAGTAGATTTGTTTTATCGAAGAGATCTTCCTCTAAGgtttgtaatt ... tcacttgcagAGGTTTTGATGATGAGATGAGAGCTATTGTTGCAAGCAACCTTGAGGGAAG
EST: gi|33942527|gb|CF349127.1|CF349127
EST:     GGGATGGGTGCTGAAGTAGATTTGTTTTATCGAAAAGATCTTCCTTTAAG                         AGGTTTTGATGATGAGATGAGAGCTATTGTTGCAAGCAACCTTGAGGGAAG
genomic: GGGATGGGTGCTGAAGTAGATTTGTTTTATCGAAGAGATCTTCCTCTAAGgtttgtaatt ... tcacttgcagAGGTTTTGATGATGAGATGAGAGCTATTGTTGCAAGCAACCTTGAGGGAAG
EST: gi|211540781|gb|FL336428.1|FL336428
EST:     GGGATGGGTGCTGAAGTAGATTTGTTTTATCGAAGAGATCTTCCTCTAAG                         AGGTTTTGATGATGAGATGAGAGCTATTGTTGCAAGCAACCTTGAGGGAAG
genomic: GGGATGGGTGCTGAAGTAGATTTGTTTTATCGAAGAGATCTTCCTCTAAGgtttgtaatt ... tcacttgcagAGGTTTTGATGATGAGATGAGAGCTATTGTTGCAAGCAACCTTGAGGGAAG
EST: gi|148994377|gb|EE034060.2|EE034060
EST:     GGGATGGGTGCTGAAGTAGATTTGTTTTATCGAAGAGATCTTCCTCTA-G                         AAGGTTTTGATGATGAGATGAGAGCTATTGTTGCAAGCAACCTTTGAGG
genomic: GGGATGGGTGCTGAAGTAGATTTGTTTTATCGAAGAGATCTTCCTCTAAGgtttgtaatt ... tcacttgcagA-GGTTTTGATGATGAGATGAGAGCTATTGTTGCAAGCAACCTT-GAGG
EST: gi|211318389|gb|FL341246.1|FL341246
EST:     GGGATGGGTGCTGAAGTAGATTTGTTTTATCGAAGAGATCTTCCTCTAAG                         ANGTTTTGATGATGAGATGAGAGCTATTGTTGCAAGCAACCTTGAGGGAAG
genomic: GGGATGGGTGCTGAAGTAGATTTGTTTTATCGAAGAGATCTTCCTCTAAGgtttgtaatt ... tcacttgcagAGGTTTTGATGATGAGATGAGAGCTATTGTTGCAAGCAACCTTGAGGGAAG
EST: gi|24934516|gb|CA452734.1|CA452734
EST:     GGGATGGGTGCTGAAGTAGATTTGTTTTATCGAAGAGATCTTCCTCTAAG                         AGGTTTTGATGATGAGATGAGAGCTATTGTTGCAAGCAACCTTGAGGGAAG
genomic: GGGATGGGTGCTGAAGTAGATTTGTTTTATCGAAGAGATCTTCCTCTAAGgtttgtaatt ... tcacttgcagAGGTTTTGATGATGAGATGAGAGCTATTGTTGCAAGCAACCTTGAGGGAAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgattgatgtggacaggaaatatgggcataccattattaacaaactcacttgcagAGGTTTTGATGATGAGATGAGAGCTATTGTTGCAAGCAACCTTGAGGGAAGGGGAATCAAGTTGCATCCAGGGACAAATCTCTCTGAG
                                            ctcactt  CT-rich tract
                                attattaacaaact  TA-rich tract